Un⋅e ingénieur⋅e données et métadonnées scientifiques du PNDB pour PatriNat

L’unité de service Patrinat- co-habilitée par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), l’Office français de la biodiversité (OFB), le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et l’institut de Recherche pour le Développement (IRD)– a pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité.

Au sein du MNHN, PatriNat est rattachée à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement du Muséum (DGD REVE), et a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et géodiversité de France métropolitaine et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l’environnement passé et actuel. Cette expertise et l’ingénierie associée porte sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d’informations et à l’application de ces connaissances pour l’appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.

En 2018, le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation a inscrit sur sa feuille de route la création d’une nouvelle infrastructure intitulée Pôle National de données de biodiversité (PNDB).

Les missions du PNDB s’inscrivent dans une approche FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), et consistent à :

1. fournir un accès aux jeux de données et de métadonnées, à des services associés et à des produits dérivés des analyses ;
2. promouvoir l’animation scientifique pour identifier les lacunes et favoriser l’émergence de dispositifs portés par des communautés d’utilisateurs et producteurs ;
3. faciliter le partage des pratiques avec les autres communautés de recherche, favoriser le partage des données et leur réutilisation, s’insérer dans la réflexion de la future infrastructure Système Terre.
4. favoriser la cohérence avec les efforts nationaux, européens et internationaux relatifs à l’accès et à l’exploitation des données de recherche sur la biodiversité, à la promotion de produits et services.

Le PNDB appuie sa stratégie nationale sur les dispositifs déjà mis en place, notamment le nœud français du Global Biodiversity Information Facilities (GBIF), le système d’information sur le patrimoine naturel (SINP), le système d’information biodiversité (SIB) portés par Patrinat (OFB, CNRS, MNHN), l’UAR BBEES, (CNRS-MNHN) et le Centre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité (CESAB – FRB).

Lien vers le site web PNDB : https://www.pndb.fr/

Dans le cadre d’un projet de plusieurs années mêlant intelligence artificielle et biodiversité, le PNDB a pour mission de mettre à disposition du projet des données de biodiversité marines. C’est notamment dans ce cadre qu’un profil d’ingénieur données/métadonnées est recherché.

Lien vers le challenge ANR IA BIODIV : https://www.fondationbiodiversite.fr/la-frb-en-action/nos-implications/challenge-ia-biodiv/

Lien vers le portail du projet : https://data.pndb.fr/portals/IA-BiodivNet

Dans le cadre de la participation du PNDB au challenge ANR IA-Biodiv débuté le 1 février 2021 et se terminant le 31 juillet 2026, la personne recrutée aura notamment pour mission d’identifier et rendre accessible les jeux de données de biodiversité d’intérêt.

Activités

1. Poursuivre l’état des lieux en cours des données de biodiversité et données auxiliaires (télédétection, climat, …) mobilisables dans le cadre du projet, une cinquantaine de jeux de données, et dans le cadre des activités PNDB.
2. Structurer les métadonnées à mettre à disposition des consortiums participants en utilisant le standard de métadonnée EML (Ecological Metadata Language) les ressources terminologiques d’intérêt (notamment celles regroupées au sein de Bioportal / Ecoportal / Agroportal)
3. Veiller à l’application des critères PNDB de qualités de métadonnées ainsi que l’organisation des flux de données / métadonnées du PNDB sur ces jeux de données ainsi que sur l’ensemble des données / métadonnées du PNDB
4. Participer aux activités d’animation du projet et du PNDB sur la gestion et partage des métadonnées

Partenaires internes : Equipes PatriNat, autres unités du MNHN, autres unités de l’OFB

Partenaires externes : FRB, LNE, CNRS, Etablissement de recherche, MESRI

Qualifications et expériences requises

• Titulaire au minimum d’un diplôme de niveau « Master 2 », d’une école ou de l’université dans le domaine de la bio-informatique / informatique et/ou des sciences de la vie
• Connaissance et expérience en gestion et traitement de données et métadonnées en sciences de la vie et environnement

Qualifications et expériences souhaitées

• Connaissance souhaitée du langage R
• Un intérêt pour le domaine d’application, l’écologie, et une expérience dans l’utilisation de standards comme l’EML (Ecological Metadata Language) et outils associés (Metacat, morpho, …)
• Connaissance de l’utilisation de vocabulaires contrôlés, d’ontologies de domaine (BioPortal) et de technologies du web sémantique (RDF, Sparql, virtuoso, …)
• Connaissance des données de biodiversité, dont données marines

Qualités recherchées

• Force de proposition et autonomie
• Goût de l’interaction, de la collaboration et du travail en groupe
• Culture du service à l’utilisateur
• Aisance en expression orale et écrite
• Bonne capacité d’écoute
• Curiosité, créativité
• Intérêt pour la science ouverte

Modalités de recrutement

• Type de contrat : CDD de projet
• Durée : 12 mois renouvelable
• Rémunération : selon expérience
• Date de prise de fonction : à partir du 1 juin 2023

Les avantages

• Remboursement de 50% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
• Télétravail possible jusqu’à deux jours par semaine en fonction du cycle de travail
• Prise en charge partielle de votre mutuelle
• Un comité social et une association sportive et culturelle
• Accès illimité aux sites de l’établissement avec invités

Le dossier de candidature est à déposer avant le 30/04/2023 sur la plateforme de recrutement du Muséum via ce lien : https://recrutement.mnhn.fr/offre-emploi-490.html-o=6

Ce dossier comprendra :

• un curriculum vitae détaillé et tous les travaux susceptibles d’éclairer le jury ;
• une lettre de motivation.

Pour toute précision, les candidats sont invités à prendre contact au préalable avec :

Responsable de la coordination scientifique et technique PNDB : Yvan Le Bras yvan.le-bras@mnhn.fr