Stage : Influence du protocole d’échantillonnage sur l’inventaire des amibes à thèque colonisant les mousses
PatriNat – unité co-habilitée par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), l’Office française de la biodiversité (OFB) et le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) – a pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité.
Au sein du MNHN, PatriNat est rattachée à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement du Muséum (DGD REVE), et a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et géodiversité de France métropolitaine et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l’environnement passé et actuel. Cette expertise et l’ingénierie associée porte sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d’informations et à l’application de ces connaissances pour l’appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.
Les microorganismes dominent la biodiversité mondiale et sont à l’origine de processus écologiques et biogéochimiques clés. Cependant, l’effort de recherche international s’est concentré principalement sur les bactéries et, dans une moindre mesure, sur les champignons.
Au niveau écosystémique, les mousses abritent une grande diversité de microorganismes qui est néanmoins très peu documentée. Le microbiome muscinal est constitué de communautés diverses qui sont cruciales pour le fonctionnement de l’écosystème et jouent un rôle clé dans le cycle des nutriments et leur assimilation par la mousse. Les communautés microbiennes sont des indicatrices très sensibles des effets du changement climatique, de la pollution atmosphérique et de la menace des agents pathogènes dans les écosystèmes. Ils sont par conséquent de très bons indicateurs de l’impact des pressions environnementales et de l’état de santé des écosystèmes. Parmi les organismes constituant le microbiome muscinal, figurent les amibes à thèque (AT).
Le dispositif BRAMM (Biosurveillance des Retombées Atmosphériques Métalliques par les Mousses) est un dispositif français de surveillance de la qualité de l’air à partir des mousses terrestres. Il permet de cartographier, à l’échelle nationale (France métropolitaine), les niveaux de concentrations en contaminants (éléments métalliques et azote) accumulés dans des mousses. 6 campagnes de prélèvement (1996, 2000, 2006, 2011, 2016, 2021) ont été menées sur plus de 450 sites ruraux et forestiers. L’ensemble des échantillons collectés puis séchés et broyés, sont conservés dans une bryothèque.
Dès lors se pose la question de recherche suivante, est-il possible d’utiliser ces échantillons broyés pour caractériser et quantifier morphologiquement les communautés d’amibe a thèque ?
Vos objectifs seront de valider l’usage des échantillons de mousses conservés dans la bryothèque pour inventorier les amibes à thèque muscinales. Pour ce faire, vous testerez chaque étape de la chaine de traitement des échantillons (prélèvement, tri, séchage, broyage, conservation). Le travail proposé porte sur une observation en microscopie inversée de ces échantillons de mousses afin de répondre aux questions suivantes :
- les étapes du protocole BRAMM, sont-elles sources de perte en AT ?
- peut-on caractériser quantitativement et qualitativement les pertes en AT à l’issue de chaque étape ?
- peut on utiliser la bryothèque pour caractériser l’influence des contaminants atmosphériques sur la diversité en AT ?
Conditions administratives requises
Être titulaire au minimum d’un diplôme de niveau bac
Qualification requises
Au-delà des compétences classiques attendues (curiosité, motivation, rigueur, autonomie et goût du travail en équipe), le⋅la candidat⋅e sélectionné⋅e devra réunir les compétences suivantes :
- expérience en microscopie
- capacité à savoir lire et suivre une clé de détermination
- goût pour la reconnaissance d’organismes via des critères morphologiques
- Type de contrat : Stage (BTS, BUT, Licence pro, Master 1,…)
- Durée : 2 mois
- Rémunération : non rémunéré
- Date de prise de fonction : en fonction du⋅de la candidat⋅e
- Lieu : Muséum national d’Histoire naturelle, Jardin de Plantes, Paris, FRANCE
Le dossier de candidature est à envoyer avant le 29 février 2024 à : caroline.meyer@mnhn.fr avec la mention : « Stage Amibes à thèque et mousses ».
Ce dossier comprendra :
- un curriculum vitae détaillé et tous les travaux susceptibles d’éclairer le jury ;
- une lettre de motivation.
Pour toute précision, les candidat⋅e⋅s sont invité⋅e⋅s à prendre contact au préalable avec : caroline.meyer@mnhn.fr et/ ou sebastien.leblond@mnhn.fr