Très grand arbre à feuilles persistantes atteignant 60 mètres, avec un tronc de 4 mètres de diamètre et une écorce rouge-brun qui pèle en bandes verticales. En France, il atteint 30 à 40 mètres de hauteur.
Les feuilles sont arrangées en spirale, comme des épines, de 0,5 à 1 cm de long et les cônes lécanie, 2 à 3 cm de diamètre avec 20 à 40 écailles légèrement imbriquées qui portent, sur leur face inférieure, des bosses blanches et jaunes d'où s'échappent en saison de nombreux grains de pollen. Ce pollen serait le principal responsable du rhume des foins japonais, le kafunsho (????, litt. « maladie du pollen »). La longue persistance des branches rend indispensable l'élagage de pénétration. Il est superficiellement similaire au séquoia géant (Sequoiadendron giganteum), dont il peut être différencié par les écailles plus rapprochées du rameau et des cônes plus petits (4 à 6 cm pour le séquoia), et une écorce plus dure (épaisse, molle et spongieuse pour le séquoia).
C'est une essence de lumière et de climat tempéré à hiver doux qui aime des températures moyennes annuelles entre 8 et 14 °C. Il exige une forte pluviosité, à peu près 1 000 mm par an. Sensible à la neige lourde mais résistant au vent. Le cryptomère aime les sols filtrants et profonds, faiblement acides et bien alimentés en eau. Il tolère les sols faiblement calcaires si ceux-ci ne sont pas trop secs ni superficiels