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Fichiers sur les tableaux phytosociologiques (Données brutes)

Il faut utiliser ces fichiers en correspondance avec les fichiers Station, et les fichiers Flore.

Noms de fichiers

Pour des raisons historiques, les tableaux phytosociologiques sont rangés dans 3 dossiers :

• tableaux : publications 1 à 180 = données des 1ères années de la Banque. Même structure générale que les autres fichiers T* sauf que le numéro de synonymie se trouve calé en colonnes 75 à 80 (Taille maximum des cartes perforées).
• rlv : publications 181 à 318 + 384 = suite temporelle. Il me semble que cÂ’est le même format de lecture que pour les Tableaux.
• T : publications 321 à 3500 + 6001 à 6200 = fichiers standards
• Les numéros 3501 à 6000 sont réservés pour les données catalanes..
• Dans ce dossier, certains fichiers sont en double exemplaire (racine/sous-dossier zippé), mais dans les sous-dossiers zippés, il manque cartains fichiers : 6 fichiers dans T6 et 1 dans T7)... Il faut donc plutôt utiliser les fichiers à la racine.

Les fichiers sont nommés T puis 6 chiffres.
Quand le nom change d'une dizaine (001010), il s'agit en général d'un fichier contenant les publications dont les numéros sont à 3 chiffres.
Quand le nom change d'une ou deux unités (601602), il s'agit généralement d'un fichier contenant des publications dont le numéro est à 4 chiffres.
Attention, le fichier T381383 contient les publications 381 à 383.

Quelques fichiers ont une extension PRC (signifie version précédente). Ils peuvent être supprimer : ils sont remplacés par le fichier de même nom (et sans extension) qui est en principe plus récent ou plus volumineux.

Codage des taxons

Vous risquez de trouver ces cas de figure Â…

• Dans les tableaux standards, colonnes 4 à 8

C 1-16596 CODAGE INITIAL DES TAXONS DE FOURNIER FFVVF,

• généralement

C 1-9500 CODE FINAL DE FOURNIER

• dans les tableaux NV*.

C 1-22037 CODE DE FLORA EUROPAEA

• Ces numéros se trouvent à la place du code FFVVF (colonnes 4 à 8)

C 20001-42037 CODAGE INITIAL DES TAXONS DE FLORA EUROPAEA

• dans les fichiers T*.

C 10001-32037 CODE FINAL DE FLORA EUROPAEA

• dans les fichiers NV*.

C 1- 1331 CODE DES BRYOPHYTES

• Ces numéros se trouvent à la place du code FFVVF (colonnes 4 à 8)

C 90001-91331 CODAGE INITIAL DES TAXONS DE BRYOPHYTES

• dans les tableaux T*.

C 40001-41331 CODE FINAL DES BRYOPHYTES

• dans les fichiers NV*.

=> penser à créer filtre sur code et voir programmes Gestion des plantes E et CVE

• 1 à 16596 : codage initial de fournier (SOPHYCPL),
• 20001 à 42037 : codage initial flora europea (FLOEUR.BIS),
• 90001-91331 : codage initial des bryophytes (??? dans 1ere doc, BRYOFY ou CODEBRY)

Pour les données de Brisse et Grandjouan (i.e. publication n°3) et pour celle de Patrice de Ruffray, (i.e. publication n°100) : 1-9500 CODE FINAL DE FOURNIER.

Certaines espèces sont sans code. Il vaut mieux les garder (sans pouvoir les utiliser numériquement), simplement lorsque vous retournez dans le document original. Ou bien vous pouvez coder cette malheureuse observation, ou bien elle vous sert simplement de repérage dans le tableau. Là effectivement il y a une donnée absente ou incompréhensible, etc.

Composition des tableaux

Un tableau (depuis le titre jusqu’à la fin ‘9999999999999’) a toujours la même structure. Il faut avoir présent à l’esprit que les formats présentés ci-dessous avaient pour support des cartes « perforées ». Une carte correspondait à une ligne. Elle comportait 80 colonnes. Les zones contenant les observations sont inscrites généralement entre les colonnes 11 et 70 incluses. La zone 1 à 10 contenait des repérages ou des codages. A la fin, à partir de 71, des commentaires ou des informations supplémentaires telles que les synonymies.Cette structure est codée en colonne 80 par un chiffre de 2 à 7 max.

• SÂ’il nÂ’y a pas dÂ’indication : cÂ’est le format Tableau standard : titre, données = CODE de 5 chiffres, n lignes x m relevés, Fin = ‘9999Â’
• 2 : 10 numéros par lignes, code de 5 chiffres, suivi de lÂ’abondance.(+ à 5) ; les lignes dÂ’un même relevé sont numérotées de 1 à 9 en colonne 10. En effet, autrefois, ces données étaient mises sur des cartes perforées. Il fallait pouvoir les retrier éventuellement.
• 6 : 10 numéros à 4 chiffres,Â’-‘,abondance (+ à 5). Pour la référence n°3 (mes données phytoclimatiques), les n°s des postes clim. Figurent dans les colonnes 2 à 7.
• 7 : Concerne uniquement la référence n°100. 10 numéros de 4 chiffres, abondance. Le numéro de carte se trouve en colonnes 72-73. Le numéro du poste météorologique en colonnes 8 à 10.

Premier format de données phytosociologiques – une plante par ligne - tableau standard

http://sophy.u-3mrs.fr/tabphyto.htm

Les données sont enregistrées à raison d’une plante par ligne qui comporte successivement 3 parties.

La première partie comporte :

• un numéro de ligne (3 caractères) : quelques exceptions lettres à la place de numéro, lettres et numéros mélangés,
• le code de la plante (5 caractères) = voir codage des taxons,
• la strate : généralement 1 à 5 : 1 pour ce qui est petit, 5 pour les plus grands arbres.
  • 1 = semis ou jeunes plantes (ligneuses)
  • 3 = taille broussailles jusqu’à 2m env.,
  • 5 = grands arbres.
  • Les valeurs intermédiaires correspondent à des strates intermédiaires.
  • Exception bien française : 7, 8 et 9 toujours associées à un même code de plante, cette fois, correspondent à plusieurs TIS (peu utilisé heureusement).
• 1 séparateur visuel (1 caractère) : B = Bryophytes, F = Fournier, * séparateur habituel.

La deuxième partie :

• la série des abondances à raison dÂ’une valeur par relevé dans la colonne correspondante (valeurs de + à 5) comme dans le tableau phytosociologique original : même dispositions en lignes et en colonnes, mêmes valeurs.

La troisième partie (présente uniquement pour certaines lignes) est destinée à la récupération de précision taxonomique, ou au contrôle des données (notamment lors de leur relecture) :

• un second code repéré par une ou des lettres (9 caractères : *7 caractères*) : par exemple CI pour Code informatisé de la Flore de France, S pour syntri ou N pour Standard (Non = pas de code supplémentaire)
• le nom du taxon correspondant au second code.

Cette troisième partie peut présenter plusieurs variantes qui se ressemblent :

• un séparateur (3 à 60 caractères d'espacement),
• un code à 6 chiffres, parfois les zéros sont remplacés par des espaces dans ce code (colonne 75) : le numéro dÂ’ordre dans le fichier de ces codages supplémentaires. Il est assez voisin du code effectif. La différence est due à des ajouts, des « enlèvements », Â…
  • ou un commentaire
  • ou seulement le nom d'espèce précédé de * (sans code à 9 caractères), comme pour la publication 2489 : ces données proviennent de fichiers déjà informatisés, en provenance notamment de la base de lÂ’ENGREF à Nancy, ou encore de J.-M. ROYER et de bien dÂ’autres..

ex Début des données phytosociologiques de la référence numéro 1 tableau 2
°°°1°°2°°8°RELEVES°DANS°L'°ALYSSO-FESTUCETUM°GLAUCAE,°P.°115,°BARBE.
°°103521°°°°°12°+
°°211443°°°++°2
°°310456°°+°°°°3°3

Deuxième type de formats de données phytosociologiques – 10 plantes disposées en ligne

Il en existe trois formats différents détectés par une valeur non nulle en colonne 80 du titre du tableau. Ils n’étaient utilisés que sur cartes perforées (pour en limiter le nombre) ce qui nÂ’est plus le cas depuis le début des années 90. Le type « 2 » est le plus fréquent. Les types 6 et 7 n’étaient utilisés que par HB et  PdR (réf. 3 et 100) pour l’étude des relations entre les plantes et les climats.
Les données sont enregistrées par relevé/station à raison de dix plantes par lignes. Une ligne est composée de deux parties principales.

La première partie (colonnes 1 à 10) comporte:

• le numéro de station donné par le phytosociologue (5 caractères) = 4 premiers caractères de la ligne de définition d'une station (Format des fichiers STATIONS),
• 3 caractères souvent laissés vides : le numéro du poste météorologique quant tableau de type 6,
• le numéro de ligne pour cette station (2 caractères).

La deuxième partie comporte :

• le code de Fournier (5 caractères)
• l'abondance-dominance de la plante (1 caractère)
• strate (1 caractère)

Cette seconde partie est répétée jusqu'à 10 fois par ligne.

Dans certains tableaux, en absence de données, des séquences "5 espaces"-"0"-"1 espace" sont ajoutées pour faire 10 séquences par ligne (certaines observations ont pu être éliminées).

ex Stations et données phytosociologiques de la référence numéro 2 tableau 1
Dénomination et localisation
°°°2°°1°16°RELEVES°EFFECTUES°PAR°J.-P.°BOUDOT.
°132°°°°°°LINTHAL°LUZULO-QUERCETUM°PETRAEA°°°°°°°53.274°°°°°5.315°68°°610°188°2
°178°°°°°°LANGENFELDKOPF°PELOUSE°THERMOPHILE°°°°°53.284°°°°°5.295°68°1000°188°2
°166°°°°°°LAC°DE°LA°LAUCH°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°53.264°°°°°5.225°68°°980°188°2
°113°°°°°°SPITZKOPF°LUZULO°FAGETUM°°°°°°°°°°°°°°°53.276°°°°°5.258°68°1120°188°2

Codage des plantes. Noter le « 2 » en bout de ligne (colonne 80).
°°°°2°°1°16°RELEVES°EFFECTUES°PAR°J.-P.°BOUDOT.°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°2
°°132°°°°1055655°102121°16136+°055491°141944°063531°075542°103191°035292°106912
°°132°°°°209209+°151881°151202°15340+°14392+°144661°021141°06461+°064912°136492
°°132°°°°3014501°000001°15442+
°°178°°°°1142584°141853°137071°095281°082432°014562°116553°111752°000003°136494
°°178°°°°2075013°053062°122341°05470+°16116+°064952°075872°03537+°102741°14454+
°°178°°°°3136063°032771°000001°01238+°031901°141942°144002
°°166°°°°1012285°01548+°011271°102031°091463°000001°093304°033682°095734°141864
°°166°°°°2092433°164842°086862°134283°164951°134394°062571°146841°095422°13416+
°°166°°°°316436+°041781°095901°08604+°114991°164251°092094°086992°16513+°09168+
°°113°°°°1161362°055494°141945°036901°035292°102581°151202°15410+°054461°07262+
°°113°°°°2042082°041781°000001°101702


Une variante de la partie 2 se rencontre, a priori, seulement pour les données de Brisse et Grandjouan (i.e. publication n°3) et pour celle de Patrice de Ruffray, (i.e. publication n°100) :

• espace (1 caractère),
• N° de Fournier (4 caractères),
• "-" (1 caractère),
• l'abondance (1 caractère),
• 1 caractère = espace ou strate.

Cette partie 2 est répétée jusqu'à 10 fois.

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