Retour : Page principale > État de l'art des référentiels français
Plusieurs acteurs travaillent sur les algues Ă l'Ă©chelle nationale, notamment :
Ce réseau a vocation à être national et à participer à la forte dynamique sur ce sujet au niveau international. Il associe dès à présent de nombreux partenaires tant sur le plan financier que sur le plan scientifique et technique.
La région Bretagne constitue la région pilote, les premières mesures opérationnelles ont démarré en 2003. Des actions se mettent progressivement en place dans les autres régions. Des cartes de répartition sont produites (je n'ai pas pu y accéder ?) Voir Touria BAJJOUK, expert des algues sur REBENT à l'IFREMER de Brest
La majorité des participants sont licenciés à cette Fédération. Découvrez-les sur le site dans « les participants » et faites connaissance avec leur noyau dur dans « l'équipe DORIS ». Plus de 700 contributeurs. Voir avec Vincent MARAN
Raphaëla le Gouvello le 23/09/2011 : contacter Sandrine Derrien-Courtel, Station biologique de Concarneau, MNHN (notamment spécialiste macrophytes subtidaux, laminaires) et Nadège Rossi (CEVA, Pleubian), travaillant notamment sur les fucales. Je les mets en copie de ce mail.
Daniel Mathieu le 21/02/11 : J’ai eu Alain PIBOT d’Aires Marines Protégées et qui est coordinateur du SINP Mer.
Concernant les référentiels, il me dit que c’est le MNHN qui a en charge cette action et que eux ne s’en occupent pas du tout.
Par contre il est preneur des résultats du MNHN pour établir leurs inventaires régionaux de la faune et de la flore.
Par ailleurs il est prêt à nous fournir la liste de toutes les structures et toutes les personnes qui ont compétences en la matière.
Aussi, lors de la réunion du COPIL du 25, il faudra aborder ce sujet : est-ce Tela qui s’occupe de l’animation du groupe de travail sur les algues ? Si oui on applique les mêmes méthodes et outils que pour les autres groupes. Si non qui s’en charge, sachant que cela est inscrit dans le cadre de la convention entre MNHN, CBN et Ministère ?
J’ai vérifié sur le site de l’INPN la présence des algues : il y a bien un référentiel en place avec des cartes de répartition. La question est de savoir si cela est satisfaisant et suffisant ou bien s’il ne s’agit que d’un copier collé d’une liste mondiale ?
Dans REFTAX j’ai trouvé :
Chlorophytes : 172 taxons (algues vertes)
Phaeophytes : 125 taxons (algues brunes)
Rhodophytes : 277 taxons (algues rouges)
Total : 574 macroalgues, alors que jÂ’en trouve 1388 dans la base de Julve (Basealg)
Philippe Julve le 21/02/11 : Ma base actuelle des macrotaxons algaux de France comprend 1386 taxons. Il s'agit des noms acceptés selon l'algaebase mondiale. Je n'ai pas inclus les synonymes. Je ne sais pas pourquoi il y a une différence avec reftax. Il faudrait pouvoir comparer taxon à taxon mais je pense que reftax sous-estime la diversité française. Qui a fait cette partie de reftax ? Il y a de plus quelques microtaxons dans ma base, qu'il faudrait écarter pour faire une bonne comparaison si reftax ne les mentionne pas. Il y a peut-être quelques conceptions globales d'espèces sur reftax, découpées plus précisément dans algaebase ? Peut-être que reftax ne se base que sur de la biblio publiée, alors que basealg prend en compte en plus des indications de chercheurs ? Une autre cause de différence peut venir de la limite adoptée pour des "macroalgues" et sur l'inclusion d'algues parasites. La différence tient peut-être aussi à l'inclusion des macroalgues vertes d'eau douce et de certaines algues jaunes (Vaucheria) dans basealg. Enfin il faudrait voir où reftax arrête la France dans le domaine marin (plateau continental ou simplement littoral ?).
L'aire géographique retenue pour ma base est la France (Gallia) et la Corse (Corsica) et en mer jusqu'à la limite d'extension des algues au droit de ces pays.
Comment j'ai fait pour l'extraire de algaebase est un secret de hacker... Non, plus prosaïquement j'ai fait une extraction en posant comme paramètre la présence en France. Je ne me rappelle plus exactement le mécanisme, mais je pourrais sans doute le retrouver ;0)
Tiens fais un test pour voir si dan reftax il y a :
Vaucheria bermudensis W.R.Taylor & Bernatowicz
Europe: France (Feldmann & Magne 1964).
Daniel Mathieu le 21/02/11 : Je n'ai pas trouvé Vaucheria bermudensis dans la base INPN qui est visiblement très incomplète. Sans compter qu'on doit y ajouter toues les taxons des DOM DOM. Bonjour le travail !
AlgaeBase est très complète : 126.941 species and infraspecific names are in the database, 10.459 images, 45.378 bibliographic items, 168.248 distributional records.
Contenu : "Marine, freshwater and terrestrial algae, although currently the data for marine organisms are the most complete. Blue-green algae (Cyanobacteria), rhodophytes, phaeophytes, chlorophytes, euglenophytes, charophytes, diatoms, dinoflagellates, cryptophytes are all treated, together with a number of smaller groups. For convenience, we have included sea-grasses, although these are flowering plants and not algae. One small point. The taxon Fungi appears in the Taxonomy Browser because of Mastodia, a genus of lichenized fungi first based on an Antarctic alga."
Dans la recherche par pays je trouve :
France : 3094 noms (retenus et synonymes)
France métropolitaine : ne trouve rien
France Guyane : ne trouve rien
France Polynésie : 334
France Territoires du Sud : 24
On peut télécharger sous forme de table Excel (ci-joint) avec les champs suivants :
- code référence
- nom
- nom retenu
- code nom retenu
- statut (retenu ou synonyme)
- rang : espèce, variété, forme...
- habitat
- distribution géographique : France, Corsica,
C'est une bonne base, mais il reste du boulot Ă faire...
ALGUES
Pour information, nous travaillons actuellement sur les Characées avec deux experts dans le réseau : Gilles Bailly (qui vient de publier un guide des Characées du domaine continental) et Jean Le Bail (CBN Brest) en partenariat avec le laboratoire de l'UCO (IBEA, CEREA, Centre d'Etudes et de Recherches sur les Ecosystèmes aquatiques) en lien avec une mission sur Tolypella salina commandée par le ministère et en parallèle avec la Tour du Valat (pour la partie méditerranéenne), avec un partenariat avec le CEFE. (Elisabeth)- Voir : algaebase http://www.algaebase.org mondiale de Mac Guiry. C'est la base des connaissances sur le sujet. Il faut trier celles qui croissent sur les côtes de France et essayer d'en donner une répartition. [DM, 2/09/09]
- Base de Philippe JULVE <philippe.julve@wanadoo.fr> pour les algues extraite de algaebase au niveau français. Voir le tableau sur Tela http://www.tela-botanica.org/projets/18/telechargement/14941. [DM, 2/09/09]
- Marc Verlaque (univ. Marseille) : verlaque@com.univ-MRS.fr,
- Thomas Belsher (retraité Ifremer demeurant à Sète, et qui a conservé une activité scienfique) : thomas.belsher@wanadoo.fr.
- Max PELLEGRINI, société GELYMA, Marseille, 04 96 14 09 82, gelyma@wanadoo.fr, ancien membre de la société française de ficologie
- Alain COUTE au MNHN, Président de la société française de ficologie, biologiste, professeur au Muséum National d'Histoire Naturelle, président-fondateur de COLIMPHA (l'Association française des plongeurs scientifiques) acoute@mnhn.fr
Plusieurs acteurs travaillent sur les algues Ă l'Ă©chelle nationale, notamment :
- Le réseau REBENT http://www.rebent.org/ Contact : Patrick DION au CEVA 02 96 22 89 08. Il s'agit d'un réseau institutionnel qui regroupe les principaux laboratoires qui travaillent sur la biodiversité du benthos (l’ensemble des organismes vivant en relation étroite avec les fonds subaquatiques. ) http://www.rebent.org/fr/partenaires/partenaires.php
Ce réseau a vocation à être national et à participer à la forte dynamique sur ce sujet au niveau international. Il associe dès à présent de nombreux partenaires tant sur le plan financier que sur le plan scientifique et technique.
La région Bretagne constitue la région pilote, les premières mesures opérationnelles ont démarré en 2003. Des actions se mettent progressivement en place dans les autres régions. Des cartes de répartition sont produites (je n'ai pas pu y accéder ?) Voir Touria BAJJOUK, expert des algues sur REBENT à l'IFREMER de Brest
- Le site Marevita http://www.marevita.org/ Il s'agit d'un site qui recense les algues marines et autres organismes avec de nombreuses photos. Il est tenu à jour par Tristant Le Goff qui travaille au CEVA avec un index des taxons qui sont recensés sur le site (donc partiel) pour chaque groupe. Contacter directement Tristant au CEVA en passant par le standard 02 96 22 93 50
- la station marine de Roscoff http://www.sb-roscoff.fr/ teint Ă jour un catalogue des algues de la station
- au MNHN (Normandie) Bruno De Reviers est un spécialiste de la systématique des Algues. Voir également Nathalie SIMON (ROSCOFF), Jacqueline CABIOC'H (retraite)
- Fac de Brest : Jean-Yves FLOC'H (Ă la retraite)
- l'IUEM de Brest : Institut Universitaire Européen de la Mer http://www-iuem.univ-brest.fr/ Erwan ARGAL et Michel Le DUFF
- Fac de CAEN : Anne-Marie RUZIGUE
- IFREMER Nantes : gère la base QUADRIGE http://wwz.ifremer.fr/institut/Les-sciences-marines/Moyens-nationaux/Centres-de-donnees/Quadrige-2
- en région méditerranéenne, il faut contacter le Réseau de Suivi Lagunaire du CEPRALMAR http://rsl.cepralmar.com/intro_01.html qui dispose d'une liste des algues régionales. Voir également Jean-François BOUDOUMESQUE et Alexandre MEINEZ.
- Base DORIS : http://doris.ffessm.fr/ Données d'Observations pour la Reconnaissance et l’Identification de la faune et de la flore Subaquatiques. C'est un projet collectif de la Commission Nationale Environnement et Biologie Subaquatiques (CNEBS) qui a démarré fin 2004. Cette commission fait partie de la Fédération Française d'Etudes et de Sports Sous-Marins (FFESSM).
La majorité des participants sont licenciés à cette Fédération. Découvrez-les sur le site dans « les participants » et faites connaissance avec leur noyau dur dans « l'équipe DORIS ». Plus de 700 contributeurs. Voir avec Vincent MARAN
- SINP Mer : voir les Aires Marines protégées http://www.aires-marines.fr/images/stories/donnees/SINP/depliant_sinp.pdf coordinateur : Alain PIBOT : alain.pibot@aires-marines.fr 02 98 33 34 95 . Le SINP mer ne s'occupe pas des référentiels, tâche dévolue au MNHN/INP qui gère REFTAX.
- INPN : les algues sont dans REFTAX http://inpn.mnhn.fr/isb/isb/search_species.jsp chercher Laminaria digitata
Raphaëla le Gouvello le 23/09/2011 : contacter Sandrine Derrien-Courtel, Station biologique de Concarneau, MNHN (notamment spécialiste macrophytes subtidaux, laminaires) et Nadège Rossi (CEVA, Pleubian), travaillant notamment sur les fucales. Je les mets en copie de ce mail.
Daniel Mathieu le 21/02/11 : J’ai eu Alain PIBOT d’Aires Marines Protégées et qui est coordinateur du SINP Mer.
Concernant les référentiels, il me dit que c’est le MNHN qui a en charge cette action et que eux ne s’en occupent pas du tout.
Par contre il est preneur des résultats du MNHN pour établir leurs inventaires régionaux de la faune et de la flore.
Par ailleurs il est prêt à nous fournir la liste de toutes les structures et toutes les personnes qui ont compétences en la matière.
Aussi, lors de la réunion du COPIL du 25, il faudra aborder ce sujet : est-ce Tela qui s’occupe de l’animation du groupe de travail sur les algues ? Si oui on applique les mêmes méthodes et outils que pour les autres groupes. Si non qui s’en charge, sachant que cela est inscrit dans le cadre de la convention entre MNHN, CBN et Ministère ?
J’ai vérifié sur le site de l’INPN la présence des algues : il y a bien un référentiel en place avec des cartes de répartition. La question est de savoir si cela est satisfaisant et suffisant ou bien s’il ne s’agit que d’un copier collé d’une liste mondiale ?
Dans REFTAX j’ai trouvé :
Chlorophytes : 172 taxons (algues vertes)
Phaeophytes : 125 taxons (algues brunes)
Rhodophytes : 277 taxons (algues rouges)
Total : 574 macroalgues, alors que jÂ’en trouve 1388 dans la base de Julve (Basealg)
Philippe Julve le 21/02/11 : Ma base actuelle des macrotaxons algaux de France comprend 1386 taxons. Il s'agit des noms acceptés selon l'algaebase mondiale. Je n'ai pas inclus les synonymes. Je ne sais pas pourquoi il y a une différence avec reftax. Il faudrait pouvoir comparer taxon à taxon mais je pense que reftax sous-estime la diversité française. Qui a fait cette partie de reftax ? Il y a de plus quelques microtaxons dans ma base, qu'il faudrait écarter pour faire une bonne comparaison si reftax ne les mentionne pas. Il y a peut-être quelques conceptions globales d'espèces sur reftax, découpées plus précisément dans algaebase ? Peut-être que reftax ne se base que sur de la biblio publiée, alors que basealg prend en compte en plus des indications de chercheurs ? Une autre cause de différence peut venir de la limite adoptée pour des "macroalgues" et sur l'inclusion d'algues parasites. La différence tient peut-être aussi à l'inclusion des macroalgues vertes d'eau douce et de certaines algues jaunes (Vaucheria) dans basealg. Enfin il faudrait voir où reftax arrête la France dans le domaine marin (plateau continental ou simplement littoral ?).
L'aire géographique retenue pour ma base est la France (Gallia) et la Corse (Corsica) et en mer jusqu'à la limite d'extension des algues au droit de ces pays.
Comment j'ai fait pour l'extraire de algaebase est un secret de hacker... Non, plus prosaïquement j'ai fait une extraction en posant comme paramètre la présence en France. Je ne me rappelle plus exactement le mécanisme, mais je pourrais sans doute le retrouver ;0)
Tiens fais un test pour voir si dan reftax il y a :
Vaucheria bermudensis W.R.Taylor & Bernatowicz
Europe: France (Feldmann & Magne 1964).
Daniel Mathieu le 21/02/11 : Je n'ai pas trouvé Vaucheria bermudensis dans la base INPN qui est visiblement très incomplète. Sans compter qu'on doit y ajouter toues les taxons des DOM DOM. Bonjour le travail !
AlgaeBase est très complète : 126.941 species and infraspecific names are in the database, 10.459 images, 45.378 bibliographic items, 168.248 distributional records.
Contenu : "Marine, freshwater and terrestrial algae, although currently the data for marine organisms are the most complete. Blue-green algae (Cyanobacteria), rhodophytes, phaeophytes, chlorophytes, euglenophytes, charophytes, diatoms, dinoflagellates, cryptophytes are all treated, together with a number of smaller groups. For convenience, we have included sea-grasses, although these are flowering plants and not algae. One small point. The taxon Fungi appears in the Taxonomy Browser because of Mastodia, a genus of lichenized fungi first based on an Antarctic alga."
Dans la recherche par pays je trouve :
France : 3094 noms (retenus et synonymes)
France métropolitaine : ne trouve rien
France Guyane : ne trouve rien
France Polynésie : 334
France Territoires du Sud : 24
On peut télécharger sous forme de table Excel (ci-joint) avec les champs suivants :
- code référence
- nom
- nom retenu
- code nom retenu
- statut (retenu ou synonyme)
- rang : espèce, variété, forme...
- habitat
- distribution géographique : France, Corsica,
- French Guiana (16 noms), Clipperton (1 nom)
C'est une bonne base, mais il reste du boulot Ă faire...