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Comparaison BDNT / TaxRef

Comparaison entre l'architecture des bases de données nomenclaturales et taxonomiques (BDNT) proposées par Tela Botanica et le référentiel taxonomique TaxRef du MNHN
Pages à mettre à jour

Analyse de la correspondance des champs et de la perte d'information. Version 1 mise à jour le 10/04/2009

Objet

Dans le cadre du Programme Référentiels-FF il est nécessaire de clarifier la pertinence des champs des BDNT proposées par Tela Botanica comparés aux champs du référentiel taxonomique TaxRef?.

Résumé

• La structure du référentiel TaxRef? est mis en comparaison avec celles des BDNT proposées par Tela Botanica. Les champs des BDNT sont classés en trois catégories: ceux ayant une correspondance directe, ceux ayant une correspondance indirecte et ceux n'ayant pas de correspondance. Ainsi sur les 35 champs des BDNT, neuf champs ont une correspondance directe dont 2 ont une correspondance partielle et 26 champs ont une correspondance indirecte. Bien que l'architecture des référentiels soit différente, le référentiel proposé par Tela Botanica inclus toute l'intégrité de l'information du référentiel TaxRef?. Ainsi le passage du référentiel proposé par Tela Botanica au référentiel TaxRef? est possible. Seul le champs « oracle » qui est très spécifique à TaxRef? n'est pas pris en compte par le référentiel proposé par Tela Botanica.

Les noms vernaculaires ne sont pas présents dans TaxRef? ce qui peut poser un problème au niveau de certains organismes tels que CBN, ONF etc...

Sommaire

1- Champs ayant une correspondance directe
2- Champs ayant une correspondance indirecte
3- Champs n'ayant pas de correspondance
4- Discussion
5- Annexe : Rappel des deux fichiers référentiels utilisés

Tableau 1 :

Tableau résumé de correspondance des champs de TAXREF (vers.1 mise à jour le 10/IV/2009) avec les champs des BDNT proposées par Tela Botanica. NB: une numérotation lettrée et une numérotation numéraire ont été ajoutées pour faciliter la comparaison entre les champs.

1 - Champs ayant une correspondance directe

Tableau 2 :

Présentation des champs identiques.

Tableau 3 :

Présentation des champs ayant une correspondance directe.
Explications :
K-34: Le référentiel de Tela Botanica ne se limite pas à la sous-espèce mais permet d'avoir tous les épithètes infra-spécifiques.
Q-6, R-6: Tela Botanica propose deux champs « auteur » et « annee » à la place d'un seul champ « LB_AUTEUR ». La séparation en deux champs permet une meilleure gestion des deux entités complètement différentes.

2 - Champs ayant une correspondance indirecte

Tableau 5 :

Présentation des champs du tableau du référentiel TaxRef? ayant une correspondance partielle dans le référentiel proposé par Tela Botanica.

3 - Champs n'ayant pas de correspondance

Seul le champs 1 portant sur les numéros des noms et les champs 27 correspondant à Oracle et champs 8 Habitats n'ont aucune correspondance.

4 - Discussion

• Différence majeure: champs « presence » vs. champs d'occurrence.

• Le référentiel Tax Ref (voir annexe) présente 18 champs consécutifs (de 9 à 26) à propos de l'occurrence. Ref Tax contient dans une seule et même base de donnée l'ensemble de l'information pour toute les espèces de tous les territoires français. Contrairement à cette base de donnée, Tela Botanica propose un référentiel intégrant différentes bases de données ayant la même structure. La base se fait pour chaque région géographique considérée. L'ensemble des bases de données nommée « référentiel » est beaucoup plus flexible en terme d'utilisation. Les taxonomistes peuvent ainsi travailler spécifiquement sur les espèces de plantes de la régions qu'ils connaissent le mieux sans toucher à l'ensemble du référentiel. L'utilisation d'un référentiel intégrant différentes base de données permet une coordination et une supervision plus simple surtout dans un contexte d'évolution permanente du référentiel.
• Le référentiel Tela Botanica permet de prendre en compte les noms vernaculaire de plantes qui peuvent fortement changer suivant les régions géographiques particulièrement pour les noms locaux souvent utilisés et donc nécessaires dans le référentiel.
• Intérêt de ce type de référentiel: Ce référentiel sera facilement adaptable et modulable selon les régions géographiques dont l'utilisateur a besoin. De plus, l'ajout de référentiel basés sur la même structure et provenant d'autre région géographique peut se faire directement, ce référentiel est adapté aux critères internationaux (TDWG).

• Duplication des lignes ?

• Comme le référentiel de Tela Botanica est composé d'une base de donnée par territoire (ex: France-Corse, Réunion), certaine espèces poussant à la fois en Métropole et à la Réunion se retrouveront dans les deux référentiels et donc dupliquées. Ce nombre de lignes dupliqués sera tout de même limité étant donnée l'éloignement, la différence climatique et donc végétale entre les différents territoires Français. Ceci est tout de même un avantage particulièrement pour les noms vernaculaires donnés dans certains territoire qui n'ont aucun intérêt dans d'autres zones. Il va de soit que les champs entre les différentes bases de données étant identiques, une correspondance rapide est possible dans un deuxième temps avec des programmes de tableurs.

• Quelques champs supplémentaires.

• La présence de champs tels que « bibliographie » dans le référentiel proposé par Tela Botanica ne sont pas présent dans le référentiel TaxRef?; cependant ce champ est particulièrement nécessaire aujourd'hui pour savoir d'où provient l'information traitée et la vérifier.
• De nombreux champs tel que le nom « vernaculaire français » sont nécessaires et sont utilisés par certains organismes Français ou étrangers, de même les noms vernaculaires sont largement utilisés par les personnes ne pratiquant pas la botanique quotidiennement.
• Les champs « année » bien que portant le même nom dans les deux référentiels ne correspondent pas ainsi le référentiel de Tela Botanica requiert dans le champs année, l'année de publication utilisé pour la validation du nom alors que le champs année de TaxRef? requiert l'annee de description.

• Comment transférer les données d'un référentiel à l'autre ?

• Etant donné que le Référentiel Tela inclus tous les champs du référentiel TaxRef?, le passage du Référentiel Tela au référentiel Tax Ref est possible sans perte d'information.

5 - Annexe: Rappel des deux fichiers référentiels utilisés

Champs du référentiel TaxRef
Champs du référentiel proposé par Tela Botanica