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HYBRIDES
Le 10/09/2010 12:12, Benoit BOCK a écrit :
> Tests de la BDNFF :
>
> Classification -> taxon supérieur avec rang inférieur KO
> Pour chaque enregistrement représentant un taxon, chaque taxon
> supérieur doit avoir un rang inférieur au taxon courant.
> Bonjour Jean-Pascal : je n'ai pas eu de réponses pour quelques
> cas particuliers :
> J'ai 4 fiches qui posent problèmes : en effet pour moi le rang
> sur de Hedera helix cv. Arborescens est Hedera helix, donc un taxon
> de même rang puisque le rang des cultivars doit être identique
> au taxon auxquel ils s'appliquent.
> Comment procéder pour valider le test ?

Salut,
En fait, Hedera helix cv. Arborescens devrait avoir le rang d'espèce et avoir pour num_tax_sup le num_nom du genre Hedera...
Ce qui donne :
num_nom Rang num_tax_sup nom_complet
1 220 - Hedera
2 290 1 Hedera helix
3 290 1 Hedera helix cv. Arborescens
4 320 2 Hedera helix subsp. machin
5 320 2 Hedera helix subsp. machin cv. Bidule

La question est de savoir si on considère tous les cultivars comme inférieurs au rang du nom scientifique du cultivar ? Ta façon de gérer les cultivars est elle vrai pour tous les cultivars? Si c'est le cas, je peux modifier le test en ajoutant l'exception pour les noms qui sont des cultivars.
Dans ce cas là, on aurait :
num_nom Rang num_tax_sup nom_complet
1 220 - Hedera
2 290 1 Hedera helix
3 290 2 Hedera helix cv. Arborescens
4 320 2 Hedera helix subsp. machin
5 320 4 Hedera helix subsp. machin cv. Bidule


Jean-Pascal MILCENT

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Class phyllogénétique

Si j'ai bien compris, les noms de clades sont des nouveaux noms. Donc cela ne pose pas de problème de rang. On peut les ajouter au référentiel avec leur rang de clade.
Il est éventuellement possible d'utiliser aussi le système de correspondance dont parle Valery si le besoins s'en fait sentir.
Par ailleurs, je vais corriger le test sur la classification pour qu'il tienne compte de l'exception du rang des clades.
JP

Le 01/09/2010 17:54, Valery Malecot a écrit :
> Bonjour à tous les deux,
>
> dans APG3 (et aussi APG1 et 2) il y a effectivement toute une série de
> noms informels donnés à des clades. Ces noms n'ont pas de rang effectif
> et dans une base de données taxinomique, s'ils sont recensés, ils
> devraient être positionnés à leur niveau respectif mais si possible en
> les distinguant du reste des noms (éventuellement avec l'indication [nom
> informel de clade] au lieu de [nom. inval.]). Attention toutefois, ces
> noms ne sont pas renseignés pour tous les taxons de rang inférieur
> (c'est à dire que "fabids" est mentionné comme nom "au dessus de" "ordre
> des Fabales"), mais il n'y a rien de renseigné au même niveau au dessus
> de "ordre des Proteales".
>
> Toutefois il existe (au moins partiellement) un substitut, la
> classification de Chase & Reveal (publié quelques pages après APG3) ou on a
> Embryophytes = Classe Equisetopsida
> ...
> Angiospermes = sous-classe Magnoliidae
> puis toute une série de Super-ordres dont
> Monocots = super-ordre Lilianae
>
> ce système est le plus complet et le plus compatible avec APG 3 (a
> l'exception peut-être de Doweld 2001), mais il laisse toutefois la place
> à trois séries de noms de clades :
> "eudicotylédones", entre les rangs sous-classe et super-ordre (et
> renseignable pour 42 ordres sur 63)
> "core-eudicotylédones", entre les rangs sous-classe et super-ordre et
> en-dessous de "eudicotylédones"
> "commelinides", "fabides", "malvids", "lamiids" et "campanulids" entre
> les rangs super-ordre et ordre (et renseignables pour 33 ordres sur 63)
>
> de plus, deux ordres et deux familles (Saxifragales, Chloranthales,
> Sabiaceae et Dilleniaceae) ne sont pas attribués à des super-ordres (et
> pas à des ordres dnas le cas des deux familles), mais les éléments
> existent (et sont mentionnés) pour trois d'entre eux (exeptions :
> Sabiaceae, il faut rechercher si les noms au rang d'ordre et de
> super-ordre existent), et cinq familles (Dasypogonaceae, Borraginaceae,
> Icacinaceae, Mettenuisaceae, Oncothecaceae, Vahliaceae) ne sont pas
> attribuées à un ordre mais elles sont attribués "directement" à un
> super-ordre.
>
> reste à convertir la classification de Chase & Reveal en une version
> exploitable
>
> A bientôt
>
> Valéry
>
>
>
> At 15:08 19/08/2010 +0200, Jean-Pascal MILCENT a écrit:
>> Le 18/08/2010 21:26, Benoit BOCK a écrit :
>>> Si tu prends n'importe quelle espèce dans APGIII, les rangs
>>> supérieurs à l'ordre s'appellent des Clades : voir par exemple :
>>>
>>> http://species.wikimedia.org/wiki/Mentha
>>
>> Je mets Valery en copie de ce mail car il pourra peut être nous aider.
>>
>> Pour résumer, on veut basculer la classification de la BDNFF dans APG
>> III. Hors, dans APG III tous les noms situés entre le rang de l'ordre
>> et celui du règne ont pour rang "clade". Mais bien qu'ils aient le
>> même rang, ils sont hiérarchisés.
>>
>> Le problème, vis à vis du manuel technique, est que jusqu'à présent
>> chaque nom supérieur dans la classification avait un rang différent
>> dont l'identifiant était inférieur. J'ai donc implémenter un test qui
>> vérifie cela.
>> Cependant, on peut imaginer faire une exception pour les clades dans
>> ce test. Je pense que l'on va retenir cette solution.
>>
>> Par contre, ce qui me dérange plus c'est qu'il devient du coup
>> difficile de faire coexister plusieurs types de classification. Si un
>> nouveau nom a été créé au rang de clade pas de problème.
>> Par contre, si le nom existait dans la classification classique, en le
>> basculant au rang de clade on perd une information.
>> La question est de savoir comment éviter de perdre cette information?
>> Par ailleurs, j'ai du mal à me rendre compte de l'importance de ces
>> changements? Benoît, combien de nom cela représente dans la BDNFF?
>>
>> Pour l'instant la seule solution que je voie, c'est que le champ rang
>> soit aussi lié à la classification courante. Dans ce cas là, on aurait
>> dans un référentiel les champs suivant :
>> - rang : le rang du nom vis à vis de la classification par défaut du
>> référentiel.
>> - num_tax_sup : le num_nom du nom supérieur vis à vis de la
>> classification par défaut du référentiel.
>> puis éventuellement les champs :
>> - rang_classique : le rang vis à vis de la classification classique.
>> - num_tax_sup_clasique : le num_nom du nom supérieur vis à vis de la
>> classification classique.
>> - rang_apg2 : le rang vis à vis de la classification APGII.
>> - num_tax_sup_apg2 : le num_nom du nom supérieur vis à vis de la
>> classification APGII.
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>> Jean-Pascal MILCENT

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Type de synonymie

Le 25/06/2010 09:45, Benoit BOCK a écrit :
> Bonjour,
>
> je vois de m'apercevoir qu'une notion est totalement omise dans le référentiel :
> le type de syonymie (nomenclaturale, taxonomique,...) et nécessiterait la création d'une nouvelle rubrique : type de synonymie.

Salut,
Les types de synonymie que je trouve dans la version de travail actuelle sont les suivant :

Aucun des documents que j'ai utilisé pour définir le format du référentiel ne traitaient cette information.
Il me semble qu'il est possible de retrouver ce type d'information à partir des champs actuels du référentiel.

Par contre, je ne voie pas ce que signifie la valeur "i" (inclus dans). Pourrais tu me préciser à quoi cela correspond pour que je vérifie qu'il est possible de récupérer cette info depuis les champs existant?

Amicalement,
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Jean-Pascal MILCENT