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MANUEL TECHNIQUE POUR L'ÉLABORATION
Introduction
1. Contexte et objectifs
1.1. Rappel du contexte
1.2. Objectifs du manuel technique
1.3. Principes généraux
2. Dictionnaire des données
2.1. Référentiel (BDNT)
2.2. Différentiel
2.3. Métadonnées
3. Précisions sur les champs du référentiel
3.1. Description des champs du fichier référentiel
3.2. Hybrides et chimères
3.3. Formules d'hybridité
3.4. Agrégats d'espèces
3.5. Cultivars, groupes de cultivars, grex et noms commerciaux
3.6. Cas des autonymes
3.7. Champs optionnels
4. Fichiers et formats
4.1. Format des fichiers
4.2. Encodage
4.3. Noms de fichiers
4.4 Détail des différents fichiers
5. FAQ
6. Sources et références
7. Annexes
Enfin, nous considérons ce document comme perfectible, ainsi les remarques et questions sont les bienvenues. N'hésitez donc pas à transmettre vos suggestions à l'adresse suivante : referentiels@tela-botanica.org .
L'association Tela Botanica met à disposition, depuis de nombreuses années, plusieurs référentiels sur son site Internet, issus de productions collaboratives entre les membres de son réseau.
Le Ministre dÉtat, ministre de lÉcologie, du Développement Durable et de lÉnergie (MEDDE) a confié au Muséum national dHistoire naturelle (MNHN) le soin de mettre à disposition du public le référentiel national TAXREF concernant le territoire métropolitain et l'outre-mer.
Dans le cadre dune convention pluriannuelle, le MNHN et le MEDDE s'associent avec la Fédération des Conservatoires Botaniques Nationaux (FCBN) et lassociation Tela Botanica pour alimenter TAXREF concernant les trachéophytes de métropole.
Ainsi les référentiels fourniront, sous une forme semblable, des informations concernant la nomenclature, la taxonomie, la systématique (classification), l'usage des noms scientifiques mais aussi les noms français et les notions d'indigénat sous une forme semblable pour tous les groupes.
Elle sera accompagnée du présent manuel fourni dans un format facilement consultable et de deux autres fichiers textes :
- un fichier « DIFFÉRENTIEL », très proche du fichier référentiel dans sa structure, contenant seulement les lignes modifiées depuis la précédente version et quelques champs supplémentaires indiquant le type de modification
- un fichier «MÉTADONNÉES » également avec une structure simple (TSV).
Ces trois fichiers seront encodés dans un format respectant Unicode, nommés selon des règles établies et compressés au sein d'un seul fichier d'archive proposé en téléchargement.
Les valeurs de chaque ligne sont séparées par le caractère tabulation. Il est donc interdit de l'utiliser au sein d'une valeur.
Chaque ligne doit être terminée par le caractère de fin de ligne CRLF. (Correspondant en fait à une succession de deux caractères : carriage return (code ASCII=13) et line feed (code ASCII=13)).
Tableau 1. Champs du fichier Référentiel
Tableau 2. Exemple de fichier référentiel
Pour chaque ligne, seul les champs ayant été modifiés contiennent une valeur. Elles doivent être terminées par le caractère de fin de ligne CRLF.
Les champs dont le contenu a été supprimé portent la mention NULL.
En outre, ce fichier possède quatre champs supplémentaires permettant d'indiquer le type de modification.
Tableau 3. Champs supplémentaires du fichier Différentiel
Tableau 4. Exemple de fichier différentiel
Ainsi, chaque ligne débute par le code du champ, suivi du caractère tabulation puis de la valeur du champ.
Chaque ligne doit être terminée par le caractère de fin de ligne CRLF.
Tableau 5. Champs du fichier Métadonnées
Tableau 6. Exemple de fichier Métadonnées
Ce champ contient l'identifiant numérique unique d'un nom scientifique.
Il ne peut pas être vide. Tout nom ajouté doit posséder un identifiant.
Chaque nom possède un num_nom distinct.
3.1.2. num_nom_retenu
Ce champ contient l'identifiant numérique du nom scientifique (num_nom) retenu pour désigner le taxon.
Règles :
- Si, num_nom_retenu = num_nom alors l'enregistrement a un statut de taxon et correspond à son nom retenu.
- Si, num_nom_retenu ≠ num_nom alors l'enregistrement a un statut de synonyme.
- Si, num_nom_retenu = vide alors l'enregistrement a un statut non établi ; cas des noms sans correspondance.
Les noms sans correspondance sont des noms qui par exemple n'ont jamais été publiés, dont la synonymie n'a jamais été publiée ou dont le type ne peut être identifié. Il est intéressant de pouvoir stocker ces noms dans le référentiel pour ne pas perdre d'information. Ce champ permet facilement de les retirer ou de les omettre en fonction des besoins
Remarque : si un doute existe sur le lien entre un synonyme et un nom retenu, utiliser le champ synonyme douteux (cf. §3.1.23).
3.1.3. num_tax_sup
Ce champ contient l'identifiant numérique du nom (num_nom) de rang supérieur dans la classification par défaut de l'index. Le fichier de méta-données fournit des précisions sur la classification retenue. Le premier nom d'une classification pour la Flore devrait être Plantae par exemple.
Règles :
- Si, num_tax_sup = 0 alors l'enregistrement correspond au premier taxon de la classification.
- Si, num_tax_sup = vide alors l'enregistrement ne correspond pas au nom retenu du taxon (cad que l'enregistrement a un statut de synonyme).
3.1.4. rang
Ce champ contient un code alpha-numérique indiquant le rang du nom.
Pour les cultivars, groupes de cultivar, grex, hybride et chimère : indiquer le code CAR.
Règles :
- rang n'est jamais vide.
Exemple :
Tableau 7. Valeurs du champ « rang »
3.1.5. nom_sci
Ce champ contient le nom scientifique complet mononomial, binomial ou trinomial sans précision d'auteur, année, référence bibliographique ou commentaires nomenclaturaux.
Règles :
- Si nom_sci = nom_supra_generique OU genre, alors genre OU nom_supra_generique sont remplis, et epithete_infra_generique, epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+(type_epithete+'espace'+epithete_infra_generique OU epithete_infra_generique+'espace'+[type_epithete = agg.]), alors nom_supra_generique, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+(cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial ), alors nom_supra_generique, epithete_infra_sp (cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial) sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp, alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , type_epithete, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp+'espace'+(cultivar, cultivar_groupe OU nom_commercial), alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , type_epithete, epithete_infra_sp, (cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial) sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp+'espace'+type_epithete+'espace'+epithete_infra_sp, alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp+'espace'+type_epithete+'espace'+epithete_infra_sp+'espace'+(cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial), alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , (cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial) sont vides.
- Omission de l'épithète d'espèce possible pour certains noms de cultivar ou groupe de cultivars.
Exemples : (Attention : lors de la saisie il y a un espace entre le signe (+) ou (x) et le nom. Cet espace n'apparaîtra pas à l'affichage).
Rosae (nom_supra_generique = Rosae)
Allium (genre = Allium)
+Crataegomespilus (genre = + Crataegomespilus)
+Crataegomespilus 'Adamii' (genre = + Crataegomespilus, cultivar = Adamii)
Vicia faba (genre = Vicia, epithete_sp = faba)
Taraxacum officinale agg. (genre = Taraxacum, epithete_infra_generique = officinale, type_epithete = agg.)
xCupressocyparis leylandii (genre = x Cupressocyparis, epithete_sp = leylandii)
Spartina x townsendii (genre = Spartina, epithete_sp = x townsendii)
Vicia sativa subsp. nigra (genre = Vicia, epithete_sp = sativa, type_epithete = subsp., epithete_infra_specifique = nigra)
Vicia johannis var. procumbens (genre = Vicia, epithete_sp = johannis, type_epithete = var., epithete_infra_specifique = procumbens)
Pisum sativum 'Meteor' (genre = Pisum, epithete_sp = sativum, cultivar = Meteor, type_epithete = vide)
Achillea 'Martina' (genre = Achillea, cultivar = Martina)
Brassica rapa (Pack-Choi Gp) (genre = Brassica, epithete_sp = rapa, cultivar_groupe = Pack-Choi)
3.1.6. nom_supra_generique
Ce champ doit être utilisé pour tous les noms de taxons de rang supérieur au genre qui sont composés d'un « seul mot ».
Règles :
- Doit contenir un seul mot
- Doit commencer par une lettre majuscule
- Si nom_supra_generique ≠ vide, alors rang < 220
3.1.7. genre
Ce champ contient le nom d'un genre dans le cas d'un monôme du rang genre ou d'une combinaison. Dans le cas d'un hybride inter-générique non nommé, c'est la formule d'hybridité qui devra apparaître dans ce champ.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
mais peut débuter par le signe de l'addition « + » suivi d'un espace (chimère)
mais peut débuter par la lettre « x » suivi d'un espace (hybride)
mais peut contenir une formule d'hybridité composée d'une série de noms de genre (au moins 2) séparés les uns des autres par la lettre « x » encadrée de caractères espaces.
- Se compose de lettres (A-Z, a-z) et quelquefois d'un tiret (-) et de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï)
- Doit commencer par une lettre majuscule (A-Z)
- Pas de nombre de caractères maximum (le plus souvent 22 caractères maximum)
Exemples :
(Attention : lors de la saisie il y a un espace entre le signe (+) ou (x) et le nom. Cet espace n'apparaîtra pas à l'affichage)
Aloe (genre = Aloe)
+Crataegomespilus (genre = + Crataegomespilus)
xCupressocyparis (genre = x Cupressocyparis)
Cupressocyparis (genre = Cupressocyparis)
Drake-Brockmannia (genre = Drake-Brockmannia)
Ascocentrum x Rhynchostylis x Vanda (genre = Ascocentrum x Rhynchostylis x Vanda)
3.1.8. epithete_infra_generique
Ce champ contient l'épithète infra-générique d'une combinaison dont le rang est situé entre le genre et l'espèce. Il ne doit pas contenir le type de l'épithète tel que saisi dans le champ 3.1.10.
Il peut contenir les signes désignant les hybrides ou les chimères.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
- Se compose de lettres (A-Z, a-z), des signes (+ ou x) et quelquefois d'un tiret (-) et de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï)
- Pas de nombre maximum de caractères
Exemple : À COMPLÉTER avec l'exemple d'un nom de section ou de sous-genre
Taraxacum officinale agg. (genre = Taraxacum, epithete_infra_generique = officinale, type_epithete = agg.))
3.1.9. epithete_sp
Ce champ contient l'épithète d'espèce de la combinaison. Mais il peut arriver qu'il contienne un mot tel que « sp.1 », « sp.2 » ou « sp.A » pour désigner des espèces qui ne sont pas encore nommées. Dans ce dernier cas et lorsque nous avons affaire à un hybride, c'est la formule d'hybridité qui devra apparaître dans ce champ.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
mais peut débuter par le signe de l'addition « + » suivi d'un espace (chimère)
mais peut débuter par la lettre « x » suivi d'un espace (hybride)
mais peut contenir une formule d'hybridité (hybrides interspécifiques) composée d'une première combinaison, suivi de la lettre « x » encadrée de caractères espaces et enfin d'une seconde combinaison
- Se compose de lettres minuscules (a-z) et quelquefois d'un tiret (-), de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï) mais jamais de caractères accentués
- Doit commencer par une lettre minuscule (a-z)
- Pas de nombre maximum de caractères (le plus souvent 22 caractères maximum sans prendre en compte les formules d'hybridité)
- Sinon, peut être composé d'un mot tel que « sp.1 », « sp.A » contenant « sp. », suivi d'un caractère numérique (1-9) ou d'un caractère alphabétique majuscule (A-Z)
- Dans le cas, des mots « sp.1 », « sp.A »... il est nécessaire de vérifier qu'il n'existe pas de doublon au sein d'un même genre.
Exemples :
sativum (epithete_sp = sativum)
townsendii (epithete_sp = townsendii)
sur (epithete_sp = sur)
rosa-da-monte (epithete_sp = rosa-da-monte)
sp.1 (epithete_sp = sp.1)
sp.A (epithete_sp = sp.A)
zimbabweënsis (epithete_sp = zimbabweënsis)
Primula veris x Primula vulgaris (epithete_sp = Primula veris x Primula vulgaris)
3.1.10. type_epithete
Ce champ contient le terme intermédiaire utilisé pour désigner le rang d'un nom infra-générique ou le plus souvent infra-spécifique ; cf. tableau 7 (§3.2) « Table des rangs ».
Ce terme peut être noté tel qu'il est trouvé dans sa publication d'origine [à l'exception des préfixes « notho » qui doivent être supprimés : notation en cours de vérification] .
Règles :
- Doit contenir un seul mot
- Se compose de lettres minuscules (a-z) et quelquefois d'un tiret (-) mais jamais de caractères accentués
- Doit commencer par une lettre minuscule (a-z)
- Se termine ou pas par un point (.)
3.1.11. epithete_infra_sp
Ce champ contient le troisième mot d'un trinome, c'est à dire le plus souvent les noms de sous-espèce, variété ou forme. Dans le cas d'hybrides non nommés entre taxons infra-spécifiques, c'est la formule d'hybridité qui devra apparaître dans ce champ.
Le préfixe « notho- » ajouté au terme utilisé pour désigner le rang devra être supprimé du champ "type épithète" (cf. 3.1.10). À la place, les caractères « x » et « espace » seront ajoutés devant l'épithète infra-spécifique.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
mais peut débuter par un signe d'addition « + » (chimère)
mais peut débuter par la lettre « x » suivi d'un espace (hybride)
- Se compose de lettres minuscules (a-z) et quelquefois d'un tiret (-), de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï) mais jamais de caractères accentués
- Doit commencer par une lettre minuscule (a-z)
- Pas de nombre de caractères maximum (le plus souvent 22 caractères maximum sans prendre en compte les formules d'hybridité)
- Sinon, peut contenir une formule d'hybridité composée d'une première combinaison, suivi de la lettre « x » encadrée de caractères espaces et enfin d'une seconde combinaison.
Exemples :
Pisum sativum subsp. arvense (genre= Pisum, epithete_sp = sativum, type_epithete = subsp., epithete_infra_sp = arvense)
Vicia johannis var. procumbens (genre= Vicia, epithete_sp = johannis, type_epithete = var., epithete_infra_sp = procumbens)
Polypodium vulgare nothosubsp. mantoniae (genre= Polypodium, epithete_sp = vulgare, type_epithete = subsp., epithete_infra_sp = x mantoniae)
Polypodium vulgare subsp. prionodes (Asch.) Rothm. × subsp. vulgare ( epithete_infra_sp = Polypodium vulgare subsp. prionodes x Polypodium vulgare subsp. vulgare)
Elymus farctus subsp. boreoatlanticus × Elymus repens ( epithete_infra_sp = Elymus farctus subsp. boreoatlanticus x Elymus repens)
3.1.12. cultivar_groupe
Ce champ contient un nom de groupe de cultivar ou grex. Dans le cas des grex, l'abréviation « gx » doit figurer à la fin du nom séparée de celui-ci par un espace.
Règles :
- Ne doit pas contenir le mot « Groupe », l'abréviation « Gp » ou des parenthèses
- Peut contenir à la suite du nom du groupe, séparé par un espace, l'abréviation « gx » pour distinguer les grex des groupes.
- Doit contenir un nom de groupe de cultivar ou de grex conforme aux règles du Code International de Nomenclature des Plantes Cultivées
- Se compose de caractères alphanumériques (A-Z,a-z et 0-9) incluant signes diacritiques et marques de ponctuation.
À l'affichage, le nom complet d'un groupe de cultivars est composé de trois parties (nom de genre, épithète d'espèce et nom du groupe de cultivars) auxquelles s'ajoute l'abréviation « Gp ».
Exemple : Vicia faba L. Longpod Gp (genre = Vicia, epithete_sp = faba, cultivar_groupe = Longpod, auteur = L.)
Cependant, dans les cas où son origine est incertaine ou interspécifique, il est composé seulement du nom de genre et du nom du groupe de cultivar.
Exemple : Rosa (Hybrid-Tea Gp) (genre = Rosa, cultivar_groupe = Hybrid-Tea)
De plus les noms de groupe peuvent se traduire en Français.
Exemple : Vicia faba Groupe (ou Gp) à Gousse Longue (genre = Vicia, epithete_sp = faba, cultivar_groupe = à Gousse Longue)
Les noms de grex, s'ils sont utilisés devant une épithète de cultivar, ne se mettent pas entre parenthèses (Art 16.1 de l'ICNCP).
Exemple : Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (genre = Cymbidium, cultivar_groupe = Alexanderi gx, cultivar = Westonbirt) ;
Par contre les noms de groupe se mettent entre parenthèses s'ils sont devant une épithète de cultivar.
Exemple : Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (genre = Dracaena, epithete_sp = fragrans, cultivar_groupe = Deremenis, cultivar =Christianne)
Un grex peut contenir des groupes (rédaction d'un exemple de l'ICNCP).
Exemple : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick grex (ou gx) Francis Suzuki Group (ou Gp) (genre = × Rhyncosophrocattleya, cultivar_groupe = Marie Lemon Stick gx Francis Suzuki Group Gp)
Les groupes de cultivars et les grex ne sont pas suivis de citation de noms d'auteurs.
3.1.13. cultivar
Ce champ contient un nom de cultivar.
Règles :
- Ne doit pas contenir cv., convar. ou de guillemets simples (')
- Lettre majuscule obligatoire pour le premier caractère du premier mot et pour les autres mots importants mais pas pour les mots mineurs.
- Doit contenir un nom de cultivar conforme aux règles du Code International de Nomenclature des Plantes Cultivées (ICNCP)
- Se compose de caractères alphanumériques (A-Z, a-z et 0-9) incluant signes diacritiques et marques de ponctuation.
- Translittération des noms d'alphabet cyrillique, arabe, et autres rédactions dans des systèmes alphabétiques, et transcription des noms en idéogrammes arabe, chinois et autres rédactions dans des systèmes avec idéogrammes... en alphabet latin
Le nom complet d'un cultivar peut prendre plusieurs formes. La plus commune est composée de trois parties (nom de genre, épithète d'espèce et nom de cultivar).
Exemples de contenu des champs pour un cultivar :
Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (genre = Dracaena, epithete_sp = fragrans, cultivar = Christianne)
Vicia faba L. 'Aquadulce' (genre = Vicia, epithete_sp = faba, cultivar = Aquadulce)
Rhododendron 'Christmas Cheer' (genre = Rhododendron, cultivar = Christmas Cheer)
'Meteor' (cultivar = Meteor)
'Cox's Orange Pippin' (cultivar = Cox's Orange Pippin)
'Pride of Linlithgow' (cultivar = Pride of Linlithgow)
Les cultivars ne sont pas suivis de citation de noms d'auteurs.
3.1.14. nom_commercial
Ce champ contient l'éventuel nom commercial d'une plante cultivée. Aujourd'hui ils sont mentionnés dans l'article 13 de l'ICNCP (édition 2009).
Règles :
- Se compose de lettres majuscules accentuées ou pas. Pour des raisons d'ordre typographiques c'est avec une première lettre en majuscule et le reste en petites majuscules.
- Doit contenir un nom commercial conforme aux règles du Code International de Nomenclature des Plantes Cultivées
Exemples : À MODIFIER avec petites majuscules
Choisyia ternata GOLDFINGERS 'Limo' (genre = Choisyia, epithete_sp = ternata, nom_commercial = GOLDFINGERS)
Syringra vulgaris LUDWIG SPAETH (genre = Syringra, epithete_sp = vulgaris, nom_commercial = LUDWIG SPAETH)
Les noms commerciaux ne sont pas suivis de citation de noms d'auteurs.
3.1.15. auteur
Ce champ contient la citation de l'auteur du nom, rédigée en accord avec le code de nomenclature dont il dépend. Si le champ synonyme_mal_appliqué n'est pas vide, alors ce champ débutera par « sensu » et contiendra la citation de l'auteur de la publication où le nom est mal appliqué.
Si l'information est inconnue, il doit rester vide.
Règles :
- Doit contenir l'(es) abréviation(s) du ou des nom(s) d'auteur(s), ayant publié à l'origine la combinaison latine, respectant les standards de Brummitt et Powell.
- Ou débute par le mot « sensu » et contient l'(es) abréviation(s) du ou des nom(s) d'auteur(s) ayant utilisé un nom dans un sens qui ne correspond pas à celui de l'auteur ou des auteurs d'origine.
- Se compose de caractères alphabétiques (A-Z, a-z), incluant les signes diacritiques (accents, cédille), le symbole point (.), les paires de parenthèses ( () ), les apostrophes, l'esperluette (&) et l'espace ( ).
- Translittération des noms d'alphabet cyrillique, arabe, chinois... en alphabet latin.
- Quelquefois peut inclure entre parenthèses l'intitulé des noms de l'auteur ou des auteurs ayant publié le basionyme.
- Si une citation comprend plus de deux auteurs, citer tous les auteurs (contrairement à la recommandation 46C.2 du CINB).
- Toujours utiliser l'esperluette (&) à la place du mot « et » pour séparer les noms d'auteurs.
- Pas d'espace entre le point de la dernière initiale du prénom et le nom.
- Peut rester vide si le nom est un autonyme (même valeur dans le champ "epithete_sp" et "epithete_infra_sp").
Exemples de contenu du champ :
L.
G.Léonard
T.C.Chen
Poir.
Tamamsch.
Sibth. & Sm.
O'Brien
De Winter
de Witt
(A.B.Jacks. & Dallim.) Dallim
(Desf.) Kuntze
sensu Poir.
3.1.16. annee
Ce champ contient l'année de publication effective du nom.
Si l'information est inconnue, il doit rester vide.
- Si le champ "synonyme_mal_appliqué" n'est pas vide alors ce champ contient l'année de la publication où le nom est mal appliqué.
3.1.17. biblio_origine
Ce champ contient la référence bibliographique de la publication d'origine du nom sans l'année.
Si l'information est inconnue, il doit rester vide.
Si le champ "synonyme_mal_appliqué" n'est pas vide alors ce champ doit contenir la référence bibliographique de la publication où le nom est mal appliqué. Le champ "annee" contiendra l'année de cette publication et le champ "auteur" débutera par « sensu » suivi de l'auteur de la publication contenant une mauvaise application du nom.
Règles : La référence bibliographique devrait se composer de plusieurs parties séparées par des caractères précis qui sont dans l'ordre de gauche à droite :
- Éventuellement le mot « in » suivi d'une citation d'auteur (utilisé pour indiquer l'auteur de l'ouvrage global dans lequel la publication est parue).
- point-virgule « ; » si l'information précédente est présente
- Abréviation ou nom de l'ouvrage ou de la revue selon le standard en vigueur dans le code du nom (IPNI). Cette information ne doit pas contenir de caractère virgule « , ». C'est la seule information obligatoire.
- virgule « , » si l'information ci-après est présente
- Les informations permettant d'identifier plus précisément le document contenant le nom... Par exemple, l'éditeur, le tome, le numéro d'édition, le volume... séparées par des virgules ou d'autres caractères sauf deux points « : ».
- deux points « : » si l'information ci-après est présente
- La page contenant la publication du nom ou un ensemble de pages (première et dernière page de l'ensemble séparées par un tiret « - »). Quelquefois des numéros ou d'autres informations indiquant dans le document la position du nom. Le tiret « - » doit toujours servir à séparer un ensemble.
Exemples de contenu du champ :
Sp. Pl., éd. 1 : 995
Candollea, 56 (2) : 301
Mém. Soc. Imp. Naturalistes Moscou, 2 : 173
Bull. Soc. Bot. France, 125 (3-4) : 209-210
Hier. Gall. Hisp. (Exsicc.), 20 : n° 1590-1597
Déclinaisons acceptées en fonction des données connues :
Sp. Pl., éd. 1 : 995
Sp. Pl., éd. 1
Sp. Pl. : 995
Sp. Pl.
3.1.18. notes
Ce champ contient des notes diverses sur le nom. Il est possible d'indiquer ici les remarques faites sur la liste de discussion du référentiel ou l'état d'avancement des recherches concernant le nom.
3.1.19. nom_addendum
Ce champ contient les différents commentaires courts pouvant être associés à un nom.
Si le nom ne possède pas de commentaires, ce champ doit rester vide.
Règles :
- Figurent toujours en abrégé.
- Ils seront séparés par le caractère point-virgule « ; » et ne doivent donc pas en contenir.
Exemples de commentaires :
- nom. accept. (nomen acceptum : nom accepté)
- nom. alt. (nomen alternativum : nom alternatif. DÉFINITION À VÉRIFIER Dans le cas de certaines familles, un nom consacré par l'usage (Cruciferae par ex.) est maintenu, mais un nom qui suit les règles du Code est accepté comme alternatif (Brassicaceae par ex.))
- nom. illeg. (nomen illegitimum : nom illégitime. Nom publié avec mention explicite de celui qu'il aurait fallu adopter suivant les règles.)
- nom. nud. (nomen nudum : nom nu. Nom qui n'est accompagné ni d'une diagnose ni de la moindre référence à une publication antérieure pouvant contenir des éléments de diagnose. Un tel nom n'est pas validement publié.)
Tableau 8. Commentaires nomenclaturaux.
3.1.20. homonyme
Ce champ contient la valeur 1 si le nom possède un homonyme ou si le nom est un homonyme.
Dans le cas contraire, il reste vide.
L'homonymie concerne le nom latin en lui-même sans tenir compte de la citation de l'auteur du nom ou de la référence bibliographique.
C'est le champ "nom_sci" qui permet de retrouver les noms homonymes. Les noms homonymes entre eux doivent avoir la même valeur dans le "champ nom_sci".
Règles :
- Si le nom est homonyme, au moins un autre enregistrement doit posséder la valeur de son champ "nom_sci".
- Si les homonymes sont extérieurs à l'aire géographique de la BDNT : maintenir le nom dans la base en indiquant absent (de l'aire géographique) dans le champ présence.
3.1.21. num_type
Ce champ contient l'identifiant numérique (num_nom) du 1er basionyme appliqué à la planche d'herbier.
Si l'information n'est pas disponible le champ doit rester vide.
3.1.22. num_basionyme
Ce champ contient l'identifiant numérique (num_nom) du basionyme du nom (de l'enregistrement).
Si le nom est un basionyme, la même valeur sera présente dans les champs "num_nom" et "basionyme".
Si l'information n'est pas disponible le champ doit rester vide.
3.1.23. synonyme_proparte
Ce champ peut contenir un ou plusieurs identifiants numériques de nom (num_nom) séparés par des virgules ou être vide.
Règles :
- Si ce champ contient plusieurs identifiants numériques, ils correspondent aux noms obtenus suite à la division d'un taxon.
- Si ce champ contient un seul identifiant numérique, c'est que le nouveau nom indiqué ainsi correspond à la fusion de plusieurs taxons.
- Si des synonymes pro parte dont l'autre (ou les autres) partie(s) n'est (ne sont) pas clairement identifiée : utiliser les commentaires nomenclaturaux.
- Si des synonymes pro parte se rapportent à un (des) taxon(s) absent(s) de l'aire géographique de la BDNT : indiquer absent dans le champ présence.
3.1.24. synonyme_douteux
Ce champ contient la valeur 1, si le nom est un synonyme douteux ; c'est-à-dire que le nom est rattaché à un nom retenu mais avec un doute.
Si le nom n'est pas un synonyme douteux, ce champ doit rester vide.
Remarque : ne pas confondre avec un nom sans correspondance qui ne sera donc rattaché à aucun nom retenu (champs num_nom_retenu vide).
(Les noms sans correspondance sont des noms qui par exemple n'ont jamais été publiés, dont la synonymie n'a jamais été publiée ou dont le type ne peut être identifié. Il est intéressant de pouvoir stocker ces noms dans le référentiel pour ne pas perdre d'information. Ce champ permet facilement de les retirer ou de les omettre en fonction des besoins).
3.1.25. synonyme_mal_applique (cas des sensu)
Un nom est dit « mal appliqué » quand un naturaliste l'a utilisé dans une publication pour désigner une plante qu'on estime différente de celle désignée par l'auteur du nom retenu.
Ce champ contient la valeur 1, si le nom est un synonyme mal appliqué (cas des sensu).
Dans le cas contraire, il reste vide.
C'est le champ "num_nom_retenu" qui permet de savoir quel est le nom « bien appliqué » correspondant.
Les champs suivants vont alors faire référence à l'ouvrage dans lequel le nom est mal appliqué :
- "auteur" contient le mot "sensu" suivi d'un espace et de la citation de l'auteur
- "annee" contient l'année de publication
- "biblio_origine" contient le reste de la référence biblio
(indique des flores, les plus usitées dans la zone géographique, dans lesquelles le taxon est mal identifié).
3.1.26. synonyme_orthographique
Ce champ contient l'identifiant numérique du nom (num_nom) correctement orthographié, si le nom est un synonyme orthographique.
Dans le cas contraire, le champ reste vide.
Règles :
- Le nom bien orthographié et le nom mal orthographié doivent posséder le même num_nom_retenu.
3.1.27 orthographe_originelle
Ce champ contient la graphie originelle d'un nom dans les cas des graphies non-conformes au code de nomenclature et aux règles du latin botanique faisant l'objet d'une correction orthographique obligatoire ; ces noms ne sont pas considérés comme des synonymes.
3.1.28. hybride_parent_01
Si le nom courant est un hybride, ce champ contient l'identifiant du nom (num_nom) de son parent numéro 1. Dans le cas contraire, il reste vide.
3.1.29. hybride_parent_01_notes
Ce champ contient éventuellement des notes et des remarques sur l'hybridité et le parent numéro 1 de l'hybride.
3.1.30. hybride_parent_02
Si le nom courant est un hybride, ce champ contient l'identifiant du nom (num_nom) de son parent numéro 2. Dans le cas contraire, il reste vide.
3.1.31. hybride_parent_02_notes
Ce champ contient éventuellement des notes et des remarques sur l'hybridité et le parent numéro 2 de l'hybride.
3.1.32. nom_francais
Ce champ contient le nom français conseillé par le groupe gérant le référentiel.
Plusieurs noms peuvent être proposés. Ils sont alors classés par ordre d'importance et séparés par des points-virgules « ; ».
Ce champ reste vide si l'information n'est pas disponible.
3.1.33. presence
Ce champ contient un code indiquant le statut de présence du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de présence spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Exemple :
E-W correspond à « disparu ». Le code standard est E qui correspond à « éteint » mais ici le référentiel indique son propre code W qui correspond à « disparu ».
Tableau 9. Notion de présence d'un taxon
3.1.34. statut_origine
Ce champ contient un code indiquant le statut d'origine du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de statut d'origine spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Exemple :
N-E correspond à « endémique ». Le code standard est N qui correspond à « natif » mais ici le référentiel indique son propre code E qui correspond à « endémique ».
Tableau 10. Statut d'origine d'un taxon
3.1.35. statut_introduction
Ce champ contient un code indiquant le statut d'introduction du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de statut d'introduction spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Exemple :
I-J correspond à « introduit envahissant ». Le code standard est I qui correspond à « introduit » mais ici le référentiel indique son propre code J qui correspond à « introduit envahissant ».
Tableau 11. Statut d'introduction
3.1.36. statut_culture
Ce champ contient un code indiquant le statut de culture du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de statut de culture spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Tableau 12. Statut de culture
Le tableau 13 présente la mise en correspondance des codes de statuts pour les notions de présence, d'origine, d'introduction et de culture des BDNT avec les codes des statuts de TAXREF.
Tableau 13. Correspondance statuts
3.1.37. exclure_taxref
Ce champ contient la valeur 1 si le nom scientifique est à exclure du référentiel partiel qui sera transmis au MNHN pour alimenter Taxref.
Pour les chimères, c'est le symbole d'addition « + » qui doit être utilisé.
Ces symboles sont séparés du nom de genre par un espace pour éviter toute confusion avec la première lettre de ce dernier.
Dans le cas des hybrides d'espèce ou de rangs infra-spécifiques, nous devons suivre la même démarche à l'exception du symbole à placer devant l'épithète spécifique ou infra-spécifique.
Ces symboles pourront ainsi apparaître dans les champs : « nom_complet », « genre », « epithete_sp » et « epithete_infra_sp ».
Pour les rangs infra-spécifiques, le préfixe « notho- » ajouté au terme utilisé pour désigner le rang devra être supprimé du champ "type épithète" (cf. 3.1.10). À la place, les caractères « x » et « espace » seront ajoutés devant l'épithète infra-spécifique.
Par exemples pour un nom latin donné, renseigner les champs de la manière suivante :
× Cupressocyparis leylandii (genre = x Cupressocyparis, epithete_sp = leylandii)
+ Crataegomespilus dardarii (genre = + Crataegomespilus, epithete_sp = dardarii)
Spartina × townsendii (genre = Spartina, epithete_sp = x townsendii)
Polypodium vulgare notho-subsp. mantoniae (genre = Polypodium, epithete_sp = vulgare, epithete_infra_sp = x mantoniae, type_epithete = subsp.)
S'il est connu, le parent femelle devra toujours être placé en premier dans la formule.
Pour les formules d'hybridité basées sur des noms de rangs différents, toujours placer la formule dans le champ correspondant au plus petit rang. Le champ « rang » doit donc correspondre au plus petit rang des noms de la formule.
Par la suite, si l'hybride est nommé, il faudra remplacer la formule par son nom. La formule pourra alors prendre place dans le champ « notes » (et/ou dans un champ spécifique définit par le groupe d'experts qui élabore le référentiel).
Par exemples pour un nom latin donné, renseigner les champs de la manière suivante :
Agrostis × Polypogon (genre = Agrostis x Polypogon)
Agrostis stolonifera × Polypogon monspeliensis (epithete_sp = Agrostis stolonifera x Polypogon monspeliensis)
Salix aurita × S. caprea (epithete_sp = Salix aurita x Salix caprea)
Mentha aquatica L. × M. arvensis L. × M. spicata L. (epithete_sp = Mentha aquatica x Mentha arvensis x Mentha spicata)
Polypodium vulgare subsp. prionodes (Asch.) Rothm. × subsp. vulgare ( epithete_infra_sp = Polypodium vulgare subsp. prionodes x Polypodium vulgare subsp. vulgare)
Elymus farctus subsp. boreoatlanticus × Elymus repens (epithete_infra_sp = Elymus farctus subsp. boreoatlanticus x Elymus repens, rang = 320)
Les référentiels devront inclure l'abréviation « agg. » dans le champ « type_epithete » et le nom de l'agrégat dans le champ qui lui convient (ici « epithete_infra_générique »). C'est seulement l'application informatique qui lors de l'affichage se chargera de présenter le type « agg. » après le nom de l'agrégat pour les noms de « rang 280 ».
Par exemples pour un nom latin donné, renseigner les champs de la manière suivante :
Taraxacum officinale agg. (genre = Taraxacum, epithete_infra_générique = officinale, type_epithete = agg.)
- les épithètes du type « cv. » ou « convar. » ou encore les guillemets simples (') ne doivent pas être utilisés lors de la saisie d'un nom de cultivar dans le champ dédié car ils n'ont pas à être stockés dans le fichier référentiel.
- les termes « Groupe », l'abréviation « Gp » ou des parenthèses ne doivent pas être utilisés lors de la saisie d'un nom de groupe de cultivar dans le champ cultivar_groupe.
- en revanche le champ cultivar_groupe peut contenir à la suite du nom du groupe, séparé par un espace, l'abréviation « gx » pour distinguer les grex des groupes.
Cependant lors de l'affichage des noms par une application informatique, nous conseillons de suivre les règles suivantes :
- les noms de cultivars sont placés entre guillemets simples (')
- les noms de groupes de cultivars sont suivis de l'abréviation « Gp » et placés entre parenthèses
- les noms de grex sont suivis de l'abréviation « gx » et ne sont pas placés entre parenthèses
- les noms commerciaux sont en majuscules avec accent (première lettre en majuscule et le reste en petites majuscules).
L'ordre d'affichage à la fin de la combinaison latine sera le suivant : 1/ grex 2/ groupe de cultivars 3/ nom commercial 4/ cultivar (du fait de l'existence possible de groupes de cultivars dans un grex).
Exemples :
Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (genre = Dracaena, epithete_sp = fragrans, cultivar_groupe = Deremenis, cultivar = Christianne)
Pisum sativum L. (Sugar Pea Gp) 'Olympia' (genre = Pisum, epithete_sp = sativum, cultivar_groupe = Sugar Pea, cultivar = Olympia, auteur = L.)
Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (genre = Cymbidium, cultivar_groupe = Alexanderi gx, cultivar = Westonbirt)
Choisyia ternata GOLDFINGERS 'Limo' (genre = Choisyia, epithete_sp = ternata, nom_commercial = GOLDFINGERS, cultivar = Limo)
- Dans le cas où la var. ou subsp. autonyme est absente du territoire : inclure quand même le nom dans la liste, mais en indiquant "absent" dans le champ "présence".
ex. Saxifraga stellaris subsp. stellaris (absente) et subsp. Alpigena (présente).
- Pas de nom d'auteur pour les autonymes (CINB), le placement de l'autorité se met avant l'épithète infraspécifique.
Ce champ contient éventuellement des références bibliographiques permettant de comprendre la raison du choix taxonomique (synonymie, type...).
annee_support
Ce champ indique l'année figurant sur le support papier d'une publication lorsqu'elle diffère de l'année de publication effective du support papier.
biblio_origine_cplmt
Ce champ est à utiliser pour indiquer la référence bibliographique en deux champs distincts (par exemple, pour préciser le numéro du tome et de la page séparément du nom de la revue).
protologue_url
Ce champ contient l'url du protologue consultable en ligne.
biblio_ref
Ce champ contient la liste de références bibliographiques supplémentaires concernant le taxon (réf. biblio. complémentaires ou plus récentes...).
Nous utiliserons les formats suivants :
- Texte < .txt >
- Zip < .zip >
- Portable Document Format (PDF) < .pdf >
Afin de faciliter l'interopérabilité entre systèmes dexploitation informatique, tous les fichiers sont nommés en respectant les règles suivantes :
- les noms de fichier doivent contenir seulement des lettres en minuscule non accentuées, des nombres, des tirets (-) et des tirets bas (_)
- les noms de fichier ne doivent pas contenir d'espace mais utiliser des tirets bas (_) à la place
- les noms de fichier ne doivent pas contenir de caractères accentués
- les extensions des noms de fichier devraient toujours être sous la forme de 3 lettres (par exemple. : jpg, txt...)
4.3.2. Codes des noms de référentiels
Les codes des noms de référentiels correspondent à des acronymes établis en respectant le principe suivant :
[terme générique "base de données" (BD) + code groupe taxonomique + code zone géographique]
Exemple : référentiel des trachéophytes de métropole = BDTFX
Tableau 14. Code des groupes taxonomiques
Tableau 15. Code des zones géographiques
Ce fichier contient les métadonnées du référentiel. Il doit être au format texte < .txt > et la forme de son contenu doit permettre de l'analyser par une application informatique.
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur]_meta.txt
Exemple : bdtfx_v4_02_meta.txt
4.4.2. Fichier « BDNT »
Le fichier contenant les données du référentiel à proprement parler doit être au format texte < .txt > et la forme de son contenu doit permettre de l'analyser par une application informatique.
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur]_ref.txt
Exemple : bdtfx_v4_02_ref.txt
4.4.3. Fichier « DIFFÉRENTIEL »
Ce fichier contient seulement les différences avec la version précédente du référentiel. Il doit être au format texte < .txt > et la forme de son contenu doit permettre de l'analyser par une application informatique.
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur]_diff.txt
Exemple : bdtfx_v4_02_diff.txt
4.4.4. Fichier « MANUEL TECHNIQUE »
Le présent manuel sera téléchargeable dans l'onglet « Documents » de l'espace projet du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF, à l'adresse suivante : http://www.tela-botanica.org/projets/81
La version en cours de validité sera consultable dans l'onglet « Wikini » de l'espace projet.
Le contenu de la version sera enregistré, régulièrement, au format < .pdf >
Le fichier sera nommé de la façon suivante :
mtpr_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur].pdf
Exemple : mtpr_v1_01.pdf
4.4.5. Répertoire « ARCHIVE »
Ce répertoire, qui contient l'ensemble des fichiers liés au référentiel, sera au format ZIP < .zip >
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur].zip
Exemple : bdtfx_v4_02.zip
Le caractère « x » pourra éventuellement être remplacé par le signe multiplication « × » au moment de l'affichage dans une application informatique.
Toutefois, le format actuel n'interdit pas de créer d'autres champs dans lesquels l'information bibliographique serait morcelée. Dans ce cas, nous pouvons voir les champs « biblio_origine » et « biblio_statut » comme des équivalents au champ « nom_complet ». Un traitement informatique peut ensuite rassembler ces différentes informations dans une table à part.
Il est nécessaire de prendre en compte les cas où certaines de ces informations sont absentes.
http://www.tdwg.org/standards/113/download/113-528-1-RV.pdf
Hyam R. 2006. TDWG Taxon Name LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers.0.2 Modified: 2007-05-04
http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName
Hyam R. 2006. TDWG Taxon Rank LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers. 0.2 Modified: 2007-11-19
http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonRank
Hyam R. and Kennedy, J. 2005. Taxon Concept Schema User Guide ,TDWG
http://www.tdwg.org/standards/
* 2018 International Code of Botanical Nomenclature. Shenzhen Code
https://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php
Pereira R. 2007. Plant occurrence and status scheme. A Standard for Recording the Relationship between a Plant and a Place; World Conservation Monitoring Centre, An International Working Group on Taxonomic Databases Standard, TDWG
http://www.tdwg.org/standards/106/download/106-522-1-RV.pdf
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MANUEL TECHNIQUE POUR L'ÉLABORATION
- DES BASES DE DONNÉES NOMENCLATURALES ET TAXONOMIQUES (BDNT)
Introduction1. Contexte et objectifs
1.1. Rappel du contexte
1.2. Objectifs du manuel technique
1.3. Principes généraux
2. Dictionnaire des données
2.1. Référentiel (BDNT)
2.2. Différentiel
2.3. Métadonnées
3. Précisions sur les champs du référentiel
3.1. Description des champs du fichier référentiel
3.2. Hybrides et chimères
3.3. Formules d'hybridité
3.4. Agrégats d'espèces
3.5. Cultivars, groupes de cultivars, grex et noms commerciaux
3.6. Cas des autonymes
3.7. Champs optionnels
4. Fichiers et formats
4.1. Format des fichiers
4.2. Encodage
4.3. Noms de fichiers
4.4 Détail des différents fichiers
5. FAQ
6. Sources et références
7. Annexes
Introduction
Ce manuel est mis à la disposition des partenaires et des contributeurs aux groupes d'experts en charge de l'élaboration des BASES DE DONNÉES NOMENCLATURALES ET TAXONOMIQUES (BDNT). L'objet de ce manuel est de standardiser le format des référentiels afin de faciliter les traitements informatiques et d'assurer leur interopérabilité. Il indique le format attendu des BDNT et la façon de remplir les champs par rapport aux règles nomenclaturales et choix taxonomiques.Enfin, nous considérons ce document comme perfectible, ainsi les remarques et questions sont les bienvenues. N'hésitez donc pas à transmettre vos suggestions à l'adresse suivante : referentiels@tela-botanica.org .
1. Contexte et objectifs
1.1. Rappel du contexte
La mise en place opérationnelle du SINP (Système dinformation sur la nature et les paysages) ne peut se faire sans la mise à disposition à lensemble de la communauté naturaliste de référentiels reconnus, validés, uniques et partagés par tous. Ils doivent être développés et mis à jour selon des procédures maîtrisées en associant les principaux experts concernant les différents groupes étudiés. Ils doivent par ailleurs sintégrer aux initiatives internationales menées sur ce thème.L'association Tela Botanica met à disposition, depuis de nombreuses années, plusieurs référentiels sur son site Internet, issus de productions collaboratives entre les membres de son réseau.
Le Ministre dÉtat, ministre de lÉcologie, du Développement Durable et de lÉnergie (MEDDE) a confié au Muséum national dHistoire naturelle (MNHN) le soin de mettre à disposition du public le référentiel national TAXREF concernant le territoire métropolitain et l'outre-mer.
Dans le cadre dune convention pluriannuelle, le MNHN et le MEDDE s'associent avec la Fédération des Conservatoires Botaniques Nationaux (FCBN) et lassociation Tela Botanica pour alimenter TAXREF concernant les trachéophytes de métropole.
1.2. Objectifs du manuel technique
L'objectif de ce manuel est de rendre interopérables les référentiels. Pour cela, il cherche à normer les données des référentiels nomenclaturaux et taxonomiques concernant le règne Plantae.Ainsi les référentiels fourniront, sous une forme semblable, des informations concernant la nomenclature, la taxonomie, la systématique (classification), l'usage des noms scientifiques mais aussi les noms français et les notions d'indigénat sous une forme semblable pour tous les groupes.
1.3. Principes généraux
Afin de pouvoir gérer, éditer et analyser facilement un référentiel, le principe retenu est que la BDNT sera contenue dans un fichier texte à la structure simple TSV (valeurs séparées par des tabulations).Elle sera accompagnée du présent manuel fourni dans un format facilement consultable et de deux autres fichiers textes :
- un fichier « DIFFÉRENTIEL », très proche du fichier référentiel dans sa structure, contenant seulement les lignes modifiées depuis la précédente version et quelques champs supplémentaires indiquant le type de modification
- un fichier «MÉTADONNÉES » également avec une structure simple (TSV).
Ces trois fichiers seront encodés dans un format respectant Unicode, nommés selon des règles établies et compressés au sein d'un seul fichier d'archive proposé en téléchargement.
2. Dictionnaire des données
2.1. Référentiel (BDNT)
Le fichier du référentiel est un fichier texte au format « valeurs séparées par des tabulations ». Les champs sont indiqués sur la première ligne. Chaque ligne suivante représente un enregistrement distinct contenant ses propres valeurs.Les valeurs de chaque ligne sont séparées par le caractère tabulation. Il est donc interdit de l'utiliser au sein d'une valeur.
Chaque ligne doit être terminée par le caractère de fin de ligne CRLF. (Correspondant en fait à une succession de deux caractères : carriage return (code ASCII=13) et line feed (code ASCII=13)).
Tableau 1. Champs du fichier Référentiel
Tableau 2. Exemple de fichier référentiel
2.2. Différentiel
Le fichier « DIFFÉRENTIEL » a exactement la même structure que le fichier du référentiel. Mais il contient seulement les lignes dont des champs ont subi des modifications par rapport à la version précédente du référentiel.Pour chaque ligne, seul les champs ayant été modifiés contiennent une valeur. Elles doivent être terminées par le caractère de fin de ligne CRLF.
Les champs dont le contenu a été supprimé portent la mention NULL.
En outre, ce fichier possède quatre champs supplémentaires permettant d'indiquer le type de modification.
Tableau 3. Champs supplémentaires du fichier Différentiel
Tableau 4. Exemple de fichier différentiel
2.3. Métadonnées
Le fichier «MÉTADONNÉES » est un fichier texte au format « valeurs séparées par des tabulations » mais avec une disposition des champs particulière. Au lieu d'être indiqués sur la première ligne, ils sont indiqués sur la première colonne. La seconde colonne contient alors leurs valeurs.Ainsi, chaque ligne débute par le code du champ, suivi du caractère tabulation puis de la valeur du champ.
Chaque ligne doit être terminée par le caractère de fin de ligne CRLF.
Tableau 5. Champs du fichier Métadonnées
Tableau 6. Exemple de fichier Métadonnées
3. Précisions sur les champs du référentiel
3.1. Description des champs du fichier référentiel
3.1.1. num_nomCe champ contient l'identifiant numérique unique d'un nom scientifique.
Il ne peut pas être vide. Tout nom ajouté doit posséder un identifiant.
Chaque nom possède un num_nom distinct.
3.1.2. num_nom_retenu
Ce champ contient l'identifiant numérique du nom scientifique (num_nom) retenu pour désigner le taxon.
Règles :
- Si, num_nom_retenu = num_nom alors l'enregistrement a un statut de taxon et correspond à son nom retenu.
- Si, num_nom_retenu ≠ num_nom alors l'enregistrement a un statut de synonyme.
- Si, num_nom_retenu = vide alors l'enregistrement a un statut non établi ; cas des noms sans correspondance.
Les noms sans correspondance sont des noms qui par exemple n'ont jamais été publiés, dont la synonymie n'a jamais été publiée ou dont le type ne peut être identifié. Il est intéressant de pouvoir stocker ces noms dans le référentiel pour ne pas perdre d'information. Ce champ permet facilement de les retirer ou de les omettre en fonction des besoins
Remarque : si un doute existe sur le lien entre un synonyme et un nom retenu, utiliser le champ synonyme douteux (cf. §3.1.23).
3.1.3. num_tax_sup
Ce champ contient l'identifiant numérique du nom (num_nom) de rang supérieur dans la classification par défaut de l'index. Le fichier de méta-données fournit des précisions sur la classification retenue. Le premier nom d'une classification pour la Flore devrait être Plantae par exemple.
Règles :
- Si, num_tax_sup = 0 alors l'enregistrement correspond au premier taxon de la classification.
- Si, num_tax_sup = vide alors l'enregistrement ne correspond pas au nom retenu du taxon (cad que l'enregistrement a un statut de synonyme).
3.1.4. rang
Ce champ contient un code alpha-numérique indiquant le rang du nom.
Pour les cultivars, groupes de cultivar, grex, hybride et chimère : indiquer le code CAR.
Règles :
- rang n'est jamais vide.
Exemple :
Tableau 7. Valeurs du champ « rang »
3.1.5. nom_sci
Ce champ contient le nom scientifique complet mononomial, binomial ou trinomial sans précision d'auteur, année, référence bibliographique ou commentaires nomenclaturaux.
Règles :
- Si nom_sci = nom_supra_generique OU genre, alors genre OU nom_supra_generique sont remplis, et epithete_infra_generique, epithete_sp, type_epithete, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+(type_epithete+'espace'+epithete_infra_generique OU epithete_infra_generique+'espace'+[type_epithete = agg.]), alors nom_supra_generique, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+(cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial ), alors nom_supra_generique, epithete_infra_sp (cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial) sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp, alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , type_epithete, epithete_infra_sp, cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp+'espace'+(cultivar, cultivar_groupe OU nom_commercial), alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , type_epithete, epithete_infra_sp, (cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial) sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp+'espace'+type_epithete+'espace'+epithete_infra_sp, alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , cultivar_groupe, cultivar et nom_commercial sont vides.
- Si nom_sci = genre+'espace'+epithete_sp+'espace'+type_epithete+'espace'+epithete_infra_sp+'espace'+(cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial), alors nom_supra_generique, epithete_infra_generique , (cultivar_groupe, cultivar OU nom_commercial) sont vides.
- Omission de l'épithète d'espèce possible pour certains noms de cultivar ou groupe de cultivars.
Exemples : (Attention : lors de la saisie il y a un espace entre le signe (+) ou (x) et le nom. Cet espace n'apparaîtra pas à l'affichage).
Rosae (nom_supra_generique = Rosae)
Allium (genre = Allium)
+Crataegomespilus (genre = + Crataegomespilus)
+Crataegomespilus 'Adamii' (genre = + Crataegomespilus, cultivar = Adamii)
Vicia faba (genre = Vicia, epithete_sp = faba)
Taraxacum officinale agg. (genre = Taraxacum, epithete_infra_generique = officinale, type_epithete = agg.)
xCupressocyparis leylandii (genre = x Cupressocyparis, epithete_sp = leylandii)
Spartina x townsendii (genre = Spartina, epithete_sp = x townsendii)
Vicia sativa subsp. nigra (genre = Vicia, epithete_sp = sativa, type_epithete = subsp., epithete_infra_specifique = nigra)
Vicia johannis var. procumbens (genre = Vicia, epithete_sp = johannis, type_epithete = var., epithete_infra_specifique = procumbens)
Pisum sativum 'Meteor' (genre = Pisum, epithete_sp = sativum, cultivar = Meteor, type_epithete = vide)
Achillea 'Martina' (genre = Achillea, cultivar = Martina)
Brassica rapa (Pack-Choi Gp) (genre = Brassica, epithete_sp = rapa, cultivar_groupe = Pack-Choi)
3.1.6. nom_supra_generique
Ce champ doit être utilisé pour tous les noms de taxons de rang supérieur au genre qui sont composés d'un « seul mot ».
Règles :
- Doit contenir un seul mot
- Doit commencer par une lettre majuscule
- Si nom_supra_generique ≠ vide, alors rang < 220
3.1.7. genre
Ce champ contient le nom d'un genre dans le cas d'un monôme du rang genre ou d'une combinaison. Dans le cas d'un hybride inter-générique non nommé, c'est la formule d'hybridité qui devra apparaître dans ce champ.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
mais peut débuter par le signe de l'addition « + » suivi d'un espace (chimère)
mais peut débuter par la lettre « x » suivi d'un espace (hybride)
mais peut contenir une formule d'hybridité composée d'une série de noms de genre (au moins 2) séparés les uns des autres par la lettre « x » encadrée de caractères espaces.
- Se compose de lettres (A-Z, a-z) et quelquefois d'un tiret (-) et de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï)
- Doit commencer par une lettre majuscule (A-Z)
- Pas de nombre de caractères maximum (le plus souvent 22 caractères maximum)
Exemples :
(Attention : lors de la saisie il y a un espace entre le signe (+) ou (x) et le nom. Cet espace n'apparaîtra pas à l'affichage)
Aloe (genre = Aloe)
+Crataegomespilus (genre = + Crataegomespilus)
xCupressocyparis (genre = x Cupressocyparis)
Cupressocyparis (genre = Cupressocyparis)
Drake-Brockmannia (genre = Drake-Brockmannia)
Ascocentrum x Rhynchostylis x Vanda (genre = Ascocentrum x Rhynchostylis x Vanda)
3.1.8. epithete_infra_generique
Ce champ contient l'épithète infra-générique d'une combinaison dont le rang est situé entre le genre et l'espèce. Il ne doit pas contenir le type de l'épithète tel que saisi dans le champ 3.1.10.
Il peut contenir les signes désignant les hybrides ou les chimères.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
- Se compose de lettres (A-Z, a-z), des signes (+ ou x) et quelquefois d'un tiret (-) et de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï)
- Pas de nombre maximum de caractères
Exemple : À COMPLÉTER avec l'exemple d'un nom de section ou de sous-genre
Taraxacum officinale agg. (genre = Taraxacum, epithete_infra_generique = officinale, type_epithete = agg.))
3.1.9. epithete_sp
Ce champ contient l'épithète d'espèce de la combinaison. Mais il peut arriver qu'il contienne un mot tel que « sp.1 », « sp.2 » ou « sp.A » pour désigner des espèces qui ne sont pas encore nommées. Dans ce dernier cas et lorsque nous avons affaire à un hybride, c'est la formule d'hybridité qui devra apparaître dans ce champ.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
mais peut débuter par le signe de l'addition « + » suivi d'un espace (chimère)
mais peut débuter par la lettre « x » suivi d'un espace (hybride)
mais peut contenir une formule d'hybridité (hybrides interspécifiques) composée d'une première combinaison, suivi de la lettre « x » encadrée de caractères espaces et enfin d'une seconde combinaison
- Se compose de lettres minuscules (a-z) et quelquefois d'un tiret (-), de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï) mais jamais de caractères accentués
- Doit commencer par une lettre minuscule (a-z)
- Pas de nombre maximum de caractères (le plus souvent 22 caractères maximum sans prendre en compte les formules d'hybridité)
- Sinon, peut être composé d'un mot tel que « sp.1 », « sp.A » contenant « sp. », suivi d'un caractère numérique (1-9) ou d'un caractère alphabétique majuscule (A-Z)
- Dans le cas, des mots « sp.1 », « sp.A »... il est nécessaire de vérifier qu'il n'existe pas de doublon au sein d'un même genre.
Exemples :
sativum (epithete_sp = sativum)
townsendii (epithete_sp = townsendii)
sur (epithete_sp = sur)
rosa-da-monte (epithete_sp = rosa-da-monte)
sp.1 (epithete_sp = sp.1)
sp.A (epithete_sp = sp.A)
zimbabweënsis (epithete_sp = zimbabweënsis)
Primula veris x Primula vulgaris (epithete_sp = Primula veris x Primula vulgaris)
3.1.10. type_epithete
Ce champ contient le terme intermédiaire utilisé pour désigner le rang d'un nom infra-générique ou le plus souvent infra-spécifique ; cf. tableau 7 (§3.2) « Table des rangs ».
Ce terme peut être noté tel qu'il est trouvé dans sa publication d'origine [à l'exception des préfixes « notho » qui doivent être supprimés : notation en cours de vérification] .
Règles :
- Doit contenir un seul mot
- Se compose de lettres minuscules (a-z) et quelquefois d'un tiret (-) mais jamais de caractères accentués
- Doit commencer par une lettre minuscule (a-z)
- Se termine ou pas par un point (.)
3.1.11. epithete_infra_sp
Ce champ contient le troisième mot d'un trinome, c'est à dire le plus souvent les noms de sous-espèce, variété ou forme. Dans le cas d'hybrides non nommés entre taxons infra-spécifiques, c'est la formule d'hybridité qui devra apparaître dans ce champ.
Le préfixe « notho- » ajouté au terme utilisé pour désigner le rang devra être supprimé du champ "type épithète" (cf. 3.1.10). À la place, les caractères « x » et « espace » seront ajoutés devant l'épithète infra-spécifique.
Règles :
- Doit contenir un seul mot
mais peut débuter par un signe d'addition « + » (chimère)
mais peut débuter par la lettre « x » suivi d'un espace (hybride)
- Se compose de lettres minuscules (a-z) et quelquefois d'un tiret (-), de lettres avec tréma « ¨ » (ë, ï) mais jamais de caractères accentués
- Doit commencer par une lettre minuscule (a-z)
- Pas de nombre de caractères maximum (le plus souvent 22 caractères maximum sans prendre en compte les formules d'hybridité)
- Sinon, peut contenir une formule d'hybridité composée d'une première combinaison, suivi de la lettre « x » encadrée de caractères espaces et enfin d'une seconde combinaison.
Exemples :
Pisum sativum subsp. arvense (genre= Pisum, epithete_sp = sativum, type_epithete = subsp., epithete_infra_sp = arvense)
Vicia johannis var. procumbens (genre= Vicia, epithete_sp = johannis, type_epithete = var., epithete_infra_sp = procumbens)
Polypodium vulgare nothosubsp. mantoniae (genre= Polypodium, epithete_sp = vulgare, type_epithete = subsp., epithete_infra_sp = x mantoniae)
Polypodium vulgare subsp. prionodes (Asch.) Rothm. × subsp. vulgare ( epithete_infra_sp = Polypodium vulgare subsp. prionodes x Polypodium vulgare subsp. vulgare)
Elymus farctus subsp. boreoatlanticus × Elymus repens ( epithete_infra_sp = Elymus farctus subsp. boreoatlanticus x Elymus repens)
3.1.12. cultivar_groupe
Ce champ contient un nom de groupe de cultivar ou grex. Dans le cas des grex, l'abréviation « gx » doit figurer à la fin du nom séparée de celui-ci par un espace.
Règles :
- Ne doit pas contenir le mot « Groupe », l'abréviation « Gp » ou des parenthèses
- Peut contenir à la suite du nom du groupe, séparé par un espace, l'abréviation « gx » pour distinguer les grex des groupes.
- Doit contenir un nom de groupe de cultivar ou de grex conforme aux règles du Code International de Nomenclature des Plantes Cultivées
- Se compose de caractères alphanumériques (A-Z,a-z et 0-9) incluant signes diacritiques et marques de ponctuation.
À l'affichage, le nom complet d'un groupe de cultivars est composé de trois parties (nom de genre, épithète d'espèce et nom du groupe de cultivars) auxquelles s'ajoute l'abréviation « Gp ».
Exemple : Vicia faba L. Longpod Gp (genre = Vicia, epithete_sp = faba, cultivar_groupe = Longpod, auteur = L.)
Cependant, dans les cas où son origine est incertaine ou interspécifique, il est composé seulement du nom de genre et du nom du groupe de cultivar.
Exemple : Rosa (Hybrid-Tea Gp) (genre = Rosa, cultivar_groupe = Hybrid-Tea)
De plus les noms de groupe peuvent se traduire en Français.
Exemple : Vicia faba Groupe (ou Gp) à Gousse Longue (genre = Vicia, epithete_sp = faba, cultivar_groupe = à Gousse Longue)
Les noms de grex, s'ils sont utilisés devant une épithète de cultivar, ne se mettent pas entre parenthèses (Art 16.1 de l'ICNCP).
Exemple : Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (genre = Cymbidium, cultivar_groupe = Alexanderi gx, cultivar = Westonbirt) ;
Par contre les noms de groupe se mettent entre parenthèses s'ils sont devant une épithète de cultivar.
Exemple : Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (genre = Dracaena, epithete_sp = fragrans, cultivar_groupe = Deremenis, cultivar =Christianne)
Un grex peut contenir des groupes (rédaction d'un exemple de l'ICNCP).
Exemple : × Rhyncosophrocattleya Marie Lemon Stick grex (ou gx) Francis Suzuki Group (ou Gp) (genre = × Rhyncosophrocattleya, cultivar_groupe = Marie Lemon Stick gx Francis Suzuki Group Gp)
Les groupes de cultivars et les grex ne sont pas suivis de citation de noms d'auteurs.
3.1.13. cultivar
Ce champ contient un nom de cultivar.
Règles :
- Ne doit pas contenir cv., convar. ou de guillemets simples (')
- Lettre majuscule obligatoire pour le premier caractère du premier mot et pour les autres mots importants mais pas pour les mots mineurs.
- Doit contenir un nom de cultivar conforme aux règles du Code International de Nomenclature des Plantes Cultivées (ICNCP)
- Se compose de caractères alphanumériques (A-Z, a-z et 0-9) incluant signes diacritiques et marques de ponctuation.
- Translittération des noms d'alphabet cyrillique, arabe, et autres rédactions dans des systèmes alphabétiques, et transcription des noms en idéogrammes arabe, chinois et autres rédactions dans des systèmes avec idéogrammes... en alphabet latin
Le nom complet d'un cultivar peut prendre plusieurs formes. La plus commune est composée de trois parties (nom de genre, épithète d'espèce et nom de cultivar).
Exemples de contenu des champs pour un cultivar :
Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (genre = Dracaena, epithete_sp = fragrans, cultivar = Christianne)
Vicia faba L. 'Aquadulce' (genre = Vicia, epithete_sp = faba, cultivar = Aquadulce)
Rhododendron 'Christmas Cheer' (genre = Rhododendron, cultivar = Christmas Cheer)
'Meteor' (cultivar = Meteor)
'Cox's Orange Pippin' (cultivar = Cox's Orange Pippin)
'Pride of Linlithgow' (cultivar = Pride of Linlithgow)
Les cultivars ne sont pas suivis de citation de noms d'auteurs.
3.1.14. nom_commercial
Ce champ contient l'éventuel nom commercial d'une plante cultivée. Aujourd'hui ils sont mentionnés dans l'article 13 de l'ICNCP (édition 2009).
Règles :
- Se compose de lettres majuscules accentuées ou pas. Pour des raisons d'ordre typographiques c'est avec une première lettre en majuscule et le reste en petites majuscules.
- Doit contenir un nom commercial conforme aux règles du Code International de Nomenclature des Plantes Cultivées
Exemples : À MODIFIER avec petites majuscules
Choisyia ternata GOLDFINGERS 'Limo' (genre = Choisyia, epithete_sp = ternata, nom_commercial = GOLDFINGERS)
Syringra vulgaris LUDWIG SPAETH (genre = Syringra, epithete_sp = vulgaris, nom_commercial = LUDWIG SPAETH)
Les noms commerciaux ne sont pas suivis de citation de noms d'auteurs.
3.1.15. auteur
Ce champ contient la citation de l'auteur du nom, rédigée en accord avec le code de nomenclature dont il dépend. Si le champ synonyme_mal_appliqué n'est pas vide, alors ce champ débutera par « sensu » et contiendra la citation de l'auteur de la publication où le nom est mal appliqué.
Si l'information est inconnue, il doit rester vide.
Règles :
- Doit contenir l'(es) abréviation(s) du ou des nom(s) d'auteur(s), ayant publié à l'origine la combinaison latine, respectant les standards de Brummitt et Powell.
- Ou débute par le mot « sensu » et contient l'(es) abréviation(s) du ou des nom(s) d'auteur(s) ayant utilisé un nom dans un sens qui ne correspond pas à celui de l'auteur ou des auteurs d'origine.
- Se compose de caractères alphabétiques (A-Z, a-z), incluant les signes diacritiques (accents, cédille), le symbole point (.), les paires de parenthèses ( () ), les apostrophes, l'esperluette (&) et l'espace ( ).
- Translittération des noms d'alphabet cyrillique, arabe, chinois... en alphabet latin.
- Quelquefois peut inclure entre parenthèses l'intitulé des noms de l'auteur ou des auteurs ayant publié le basionyme.
- Si une citation comprend plus de deux auteurs, citer tous les auteurs (contrairement à la recommandation 46C.2 du CINB).
- Toujours utiliser l'esperluette (&) à la place du mot « et » pour séparer les noms d'auteurs.
- Pas d'espace entre le point de la dernière initiale du prénom et le nom.
- Peut rester vide si le nom est un autonyme (même valeur dans le champ "epithete_sp" et "epithete_infra_sp").
Exemples de contenu du champ :
L.
G.Léonard
T.C.Chen
Poir.
Tamamsch.
Sibth. & Sm.
O'Brien
De Winter
de Witt
(A.B.Jacks. & Dallim.) Dallim
(Desf.) Kuntze
sensu Poir.
3.1.16. annee
Ce champ contient l'année de publication effective du nom.
Si l'information est inconnue, il doit rester vide.
- Si le champ "synonyme_mal_appliqué" n'est pas vide alors ce champ contient l'année de la publication où le nom est mal appliqué.
3.1.17. biblio_origine
Ce champ contient la référence bibliographique de la publication d'origine du nom sans l'année.
Si l'information est inconnue, il doit rester vide.
Si le champ "synonyme_mal_appliqué" n'est pas vide alors ce champ doit contenir la référence bibliographique de la publication où le nom est mal appliqué. Le champ "annee" contiendra l'année de cette publication et le champ "auteur" débutera par « sensu » suivi de l'auteur de la publication contenant une mauvaise application du nom.
Règles : La référence bibliographique devrait se composer de plusieurs parties séparées par des caractères précis qui sont dans l'ordre de gauche à droite :
- Éventuellement le mot « in » suivi d'une citation d'auteur (utilisé pour indiquer l'auteur de l'ouvrage global dans lequel la publication est parue).
- point-virgule « ; » si l'information précédente est présente
- Abréviation ou nom de l'ouvrage ou de la revue selon le standard en vigueur dans le code du nom (IPNI). Cette information ne doit pas contenir de caractère virgule « , ». C'est la seule information obligatoire.
- virgule « , » si l'information ci-après est présente
- Les informations permettant d'identifier plus précisément le document contenant le nom... Par exemple, l'éditeur, le tome, le numéro d'édition, le volume... séparées par des virgules ou d'autres caractères sauf deux points « : ».
- deux points « : » si l'information ci-après est présente
- La page contenant la publication du nom ou un ensemble de pages (première et dernière page de l'ensemble séparées par un tiret « - »). Quelquefois des numéros ou d'autres informations indiquant dans le document la position du nom. Le tiret « - » doit toujours servir à séparer un ensemble.
Exemples de contenu du champ :
Sp. Pl., éd. 1 : 995
Candollea, 56 (2) : 301
Mém. Soc. Imp. Naturalistes Moscou, 2 : 173
Bull. Soc. Bot. France, 125 (3-4) : 209-210
Hier. Gall. Hisp. (Exsicc.), 20 : n° 1590-1597
Déclinaisons acceptées en fonction des données connues :
Sp. Pl., éd. 1 : 995
Sp. Pl., éd. 1
Sp. Pl. : 995
Sp. Pl.
3.1.18. notes
Ce champ contient des notes diverses sur le nom. Il est possible d'indiquer ici les remarques faites sur la liste de discussion du référentiel ou l'état d'avancement des recherches concernant le nom.
3.1.19. nom_addendum
Ce champ contient les différents commentaires courts pouvant être associés à un nom.
Si le nom ne possède pas de commentaires, ce champ doit rester vide.
Règles :
- Figurent toujours en abrégé.
- Ils seront séparés par le caractère point-virgule « ; » et ne doivent donc pas en contenir.
Exemples de commentaires :
- nom. accept. (nomen acceptum : nom accepté)
- nom. alt. (nomen alternativum : nom alternatif. DÉFINITION À VÉRIFIER Dans le cas de certaines familles, un nom consacré par l'usage (Cruciferae par ex.) est maintenu, mais un nom qui suit les règles du Code est accepté comme alternatif (Brassicaceae par ex.))
- nom. illeg. (nomen illegitimum : nom illégitime. Nom publié avec mention explicite de celui qu'il aurait fallu adopter suivant les règles.)
- nom. nud. (nomen nudum : nom nu. Nom qui n'est accompagné ni d'une diagnose ni de la moindre référence à une publication antérieure pouvant contenir des éléments de diagnose. Un tel nom n'est pas validement publié.)
Tableau 8. Commentaires nomenclaturaux.
3.1.20. homonyme
Ce champ contient la valeur 1 si le nom possède un homonyme ou si le nom est un homonyme.
Dans le cas contraire, il reste vide.
L'homonymie concerne le nom latin en lui-même sans tenir compte de la citation de l'auteur du nom ou de la référence bibliographique.
C'est le champ "nom_sci" qui permet de retrouver les noms homonymes. Les noms homonymes entre eux doivent avoir la même valeur dans le "champ nom_sci".
Règles :
- Si le nom est homonyme, au moins un autre enregistrement doit posséder la valeur de son champ "nom_sci".
- Si les homonymes sont extérieurs à l'aire géographique de la BDNT : maintenir le nom dans la base en indiquant absent (de l'aire géographique) dans le champ présence.
3.1.21. num_type
Ce champ contient l'identifiant numérique (num_nom) du 1er basionyme appliqué à la planche d'herbier.
Si l'information n'est pas disponible le champ doit rester vide.
3.1.22. num_basionyme
Ce champ contient l'identifiant numérique (num_nom) du basionyme du nom (de l'enregistrement).
Si le nom est un basionyme, la même valeur sera présente dans les champs "num_nom" et "basionyme".
Si l'information n'est pas disponible le champ doit rester vide.
3.1.23. synonyme_proparte
Ce champ peut contenir un ou plusieurs identifiants numériques de nom (num_nom) séparés par des virgules ou être vide.
Règles :
- Si ce champ contient plusieurs identifiants numériques, ils correspondent aux noms obtenus suite à la division d'un taxon.
- Si ce champ contient un seul identifiant numérique, c'est que le nouveau nom indiqué ainsi correspond à la fusion de plusieurs taxons.
- Si des synonymes pro parte dont l'autre (ou les autres) partie(s) n'est (ne sont) pas clairement identifiée : utiliser les commentaires nomenclaturaux.
- Si des synonymes pro parte se rapportent à un (des) taxon(s) absent(s) de l'aire géographique de la BDNT : indiquer absent dans le champ présence.
3.1.24. synonyme_douteux
Ce champ contient la valeur 1, si le nom est un synonyme douteux ; c'est-à-dire que le nom est rattaché à un nom retenu mais avec un doute.
Si le nom n'est pas un synonyme douteux, ce champ doit rester vide.
Remarque : ne pas confondre avec un nom sans correspondance qui ne sera donc rattaché à aucun nom retenu (champs num_nom_retenu vide).
(Les noms sans correspondance sont des noms qui par exemple n'ont jamais été publiés, dont la synonymie n'a jamais été publiée ou dont le type ne peut être identifié. Il est intéressant de pouvoir stocker ces noms dans le référentiel pour ne pas perdre d'information. Ce champ permet facilement de les retirer ou de les omettre en fonction des besoins).
3.1.25. synonyme_mal_applique (cas des sensu)
Un nom est dit « mal appliqué » quand un naturaliste l'a utilisé dans une publication pour désigner une plante qu'on estime différente de celle désignée par l'auteur du nom retenu.
Ce champ contient la valeur 1, si le nom est un synonyme mal appliqué (cas des sensu).
Dans le cas contraire, il reste vide.
C'est le champ "num_nom_retenu" qui permet de savoir quel est le nom « bien appliqué » correspondant.
Les champs suivants vont alors faire référence à l'ouvrage dans lequel le nom est mal appliqué :
- "auteur" contient le mot "sensu" suivi d'un espace et de la citation de l'auteur
- "annee" contient l'année de publication
- "biblio_origine" contient le reste de la référence biblio
(indique des flores, les plus usitées dans la zone géographique, dans lesquelles le taxon est mal identifié).
3.1.26. synonyme_orthographique
Ce champ contient l'identifiant numérique du nom (num_nom) correctement orthographié, si le nom est un synonyme orthographique.
Dans le cas contraire, le champ reste vide.
Règles :
- Le nom bien orthographié et le nom mal orthographié doivent posséder le même num_nom_retenu.
3.1.27 orthographe_originelle
Ce champ contient la graphie originelle d'un nom dans les cas des graphies non-conformes au code de nomenclature et aux règles du latin botanique faisant l'objet d'une correction orthographique obligatoire ; ces noms ne sont pas considérés comme des synonymes.
3.1.28. hybride_parent_01
Si le nom courant est un hybride, ce champ contient l'identifiant du nom (num_nom) de son parent numéro 1. Dans le cas contraire, il reste vide.
3.1.29. hybride_parent_01_notes
Ce champ contient éventuellement des notes et des remarques sur l'hybridité et le parent numéro 1 de l'hybride.
3.1.30. hybride_parent_02
Si le nom courant est un hybride, ce champ contient l'identifiant du nom (num_nom) de son parent numéro 2. Dans le cas contraire, il reste vide.
3.1.31. hybride_parent_02_notes
Ce champ contient éventuellement des notes et des remarques sur l'hybridité et le parent numéro 2 de l'hybride.
3.1.32. nom_francais
Ce champ contient le nom français conseillé par le groupe gérant le référentiel.
Plusieurs noms peuvent être proposés. Ils sont alors classés par ordre d'importance et séparés par des points-virgules « ; ».
Ce champ reste vide si l'information n'est pas disponible.
3.1.33. presence
Ce champ contient un code indiquant le statut de présence du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de présence spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Exemple :
E-W correspond à « disparu ». Le code standard est E qui correspond à « éteint » mais ici le référentiel indique son propre code W qui correspond à « disparu ».
Tableau 9. Notion de présence d'un taxon
3.1.34. statut_origine
Ce champ contient un code indiquant le statut d'origine du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de statut d'origine spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Exemple :
N-E correspond à « endémique ». Le code standard est N qui correspond à « natif » mais ici le référentiel indique son propre code E qui correspond à « endémique ».
Tableau 10. Statut d'origine d'un taxon
3.1.35. statut_introduction
Ce champ contient un code indiquant le statut d'introduction du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de statut d'introduction spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Exemple :
I-J correspond à « introduit envahissant ». Le code standard est I qui correspond à « introduit » mais ici le référentiel indique son propre code J qui correspond à « introduit envahissant ».
Tableau 11. Statut d'introduction
3.1.36. statut_culture
Ce champ contient un code indiquant le statut de culture du taxon dans la zone géographique définie par le référentiel (notion ajoutée au fichier référentiel en vue de l'extraction des RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux spécifications du SPN-MNHN).
Ce champ reste vide si le nom n'est pas le nom retenu d'un taxon ou si l'information n'est pas disponible.
Règles :
- Une première lettre en majuscule indique le code standard attribué à ce taxon. Cette première lettre peut être suivie d'un tiret puis d'une deuxième lettre en majuscule indiquant un code de statut de culture spécifique au référentiel.
- Si un code spécifique est utilisé, il est obligatoire de le faire correspondre au code standard le plus proche.
Tableau 12. Statut de culture
Le tableau 13 présente la mise en correspondance des codes de statuts pour les notions de présence, d'origine, d'introduction et de culture des BDNT avec les codes des statuts de TAXREF.
Tableau 13. Correspondance statuts
3.1.37. exclure_taxref
Ce champ contient la valeur 1 si le nom scientifique est à exclure du référentiel partiel qui sera transmis au MNHN pour alimenter Taxref.
3.2. Hybrides et chimères
Dans le cas des genres hybrides, la lettre alphabétique minuscule « x » doit être placée devant le nom du genre. Le code de nomenclature a changé est c'est un "x" ou le signe multiplié, suivit de l'espace nécessaire à la lecture (recommandations H.3A.1 et H.3A.2).Pour les chimères, c'est le symbole d'addition « + » qui doit être utilisé.
Ces symboles sont séparés du nom de genre par un espace pour éviter toute confusion avec la première lettre de ce dernier.
Dans le cas des hybrides d'espèce ou de rangs infra-spécifiques, nous devons suivre la même démarche à l'exception du symbole à placer devant l'épithète spécifique ou infra-spécifique.
Ces symboles pourront ainsi apparaître dans les champs : « nom_complet », « genre », « epithete_sp » et « epithete_infra_sp ».
Pour les rangs infra-spécifiques, le préfixe « notho- » ajouté au terme utilisé pour désigner le rang devra être supprimé du champ "type épithète" (cf. 3.1.10). À la place, les caractères « x » et « espace » seront ajoutés devant l'épithète infra-spécifique.
Par exemples pour un nom latin donné, renseigner les champs de la manière suivante :
× Cupressocyparis leylandii (genre = x Cupressocyparis, epithete_sp = leylandii)
+ Crataegomespilus dardarii (genre = + Crataegomespilus, epithete_sp = dardarii)
Spartina × townsendii (genre = Spartina, epithete_sp = x townsendii)
Polypodium vulgare notho-subsp. mantoniae (genre = Polypodium, epithete_sp = vulgare, epithete_infra_sp = x mantoniae, type_epithete = subsp.)
3.3. Formules d'hybridité
Dans le cas des hybrides qui ne sont pas encore nommés, la formule d'hybridité devra apparaître dans le champ « genre » pour les hybrides de genres, dans le champ « epithete_sp » pour les hybrides d'espèces ou dans le champ « epithete_infra_sp » pour les hybrides de rangs infra-spécifiques.S'il est connu, le parent femelle devra toujours être placé en premier dans la formule.
Pour les formules d'hybridité basées sur des noms de rangs différents, toujours placer la formule dans le champ correspondant au plus petit rang. Le champ « rang » doit donc correspondre au plus petit rang des noms de la formule.
Par la suite, si l'hybride est nommé, il faudra remplacer la formule par son nom. La formule pourra alors prendre place dans le champ « notes » (et/ou dans un champ spécifique définit par le groupe d'experts qui élabore le référentiel).
Par exemples pour un nom latin donné, renseigner les champs de la manière suivante :
Agrostis × Polypogon (genre = Agrostis x Polypogon)
Agrostis stolonifera × Polypogon monspeliensis (epithete_sp = Agrostis stolonifera x Polypogon monspeliensis)
Salix aurita × S. caprea (epithete_sp = Salix aurita x Salix caprea)
Mentha aquatica L. × M. arvensis L. × M. spicata L. (epithete_sp = Mentha aquatica x Mentha arvensis x Mentha spicata)
Polypodium vulgare subsp. prionodes (Asch.) Rothm. × subsp. vulgare ( epithete_infra_sp = Polypodium vulgare subsp. prionodes x Polypodium vulgare subsp. vulgare)
Elymus farctus subsp. boreoatlanticus × Elymus repens (epithete_infra_sp = Elymus farctus subsp. boreoatlanticus x Elymus repens, rang = 320)
3.4. Agrégats d'espèces
Les agrégats d'espèces correspondent à un cas particulier au niveau de l'affichage dans une application informatique car c'est le seul rang pour lequel le type d'épithète doit apparaître après le nom qu'il désigne.Les référentiels devront inclure l'abréviation « agg. » dans le champ « type_epithete » et le nom de l'agrégat dans le champ qui lui convient (ici « epithete_infra_générique »). C'est seulement l'application informatique qui lors de l'affichage se chargera de présenter le type « agg. » après le nom de l'agrégat pour les noms de « rang 280 ».
Par exemples pour un nom latin donné, renseigner les champs de la manière suivante :
Taraxacum officinale agg. (genre = Taraxacum, epithete_infra_générique = officinale, type_epithete = agg.)
3.5. Cultivars, groupes de cultivars, grex et noms commerciaux
Rappel :- les épithètes du type « cv. » ou « convar. » ou encore les guillemets simples (') ne doivent pas être utilisés lors de la saisie d'un nom de cultivar dans le champ dédié car ils n'ont pas à être stockés dans le fichier référentiel.
- les termes « Groupe », l'abréviation « Gp » ou des parenthèses ne doivent pas être utilisés lors de la saisie d'un nom de groupe de cultivar dans le champ cultivar_groupe.
- en revanche le champ cultivar_groupe peut contenir à la suite du nom du groupe, séparé par un espace, l'abréviation « gx » pour distinguer les grex des groupes.
Cependant lors de l'affichage des noms par une application informatique, nous conseillons de suivre les règles suivantes :
- les noms de cultivars sont placés entre guillemets simples (')
- les noms de groupes de cultivars sont suivis de l'abréviation « Gp » et placés entre parenthèses
- les noms de grex sont suivis de l'abréviation « gx » et ne sont pas placés entre parenthèses
- les noms commerciaux sont en majuscules avec accent (première lettre en majuscule et le reste en petites majuscules).
L'ordre d'affichage à la fin de la combinaison latine sera le suivant : 1/ grex 2/ groupe de cultivars 3/ nom commercial 4/ cultivar (du fait de l'existence possible de groupes de cultivars dans un grex).
Exemples :
Dracaena fragrans (Deremenis Gp) 'Christianne' (genre = Dracaena, epithete_sp = fragrans, cultivar_groupe = Deremenis, cultivar = Christianne)
Pisum sativum L. (Sugar Pea Gp) 'Olympia' (genre = Pisum, epithete_sp = sativum, cultivar_groupe = Sugar Pea, cultivar = Olympia, auteur = L.)
Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' (genre = Cymbidium, cultivar_groupe = Alexanderi gx, cultivar = Westonbirt)
Choisyia ternata GOLDFINGERS 'Limo' (genre = Choisyia, epithete_sp = ternata, nom_commercial = GOLDFINGERS, cultivar = Limo)
3.6. Cas des autonymes
- Prise en compte des autonymes orphelins : conserver l'autonyme quand une autre sous-espèces retenues existe hors de France (en plus du nom de l'espèce) ; ex. Abies alba subsp alba.- Dans le cas où la var. ou subsp. autonyme est absente du territoire : inclure quand même le nom dans la liste, mais en indiquant "absent" dans le champ "présence".
ex. Saxifraga stellaris subsp. stellaris (absente) et subsp. Alpigena (présente).
- Pas de nom d'auteur pour les autonymes (CINB), le placement de l'autorité se met avant l'épithète infraspécifique.
3.7. Champs optionnels
biblio_statutCe champ contient éventuellement des références bibliographiques permettant de comprendre la raison du choix taxonomique (synonymie, type...).
annee_support
Ce champ indique l'année figurant sur le support papier d'une publication lorsqu'elle diffère de l'année de publication effective du support papier.
biblio_origine_cplmt
Ce champ est à utiliser pour indiquer la référence bibliographique en deux champs distincts (par exemple, pour préciser le numéro du tome et de la page séparément du nom de la revue).
protologue_url
Ce champ contient l'url du protologue consultable en ligne.
biblio_ref
Ce champ contient la liste de références bibliographiques supplémentaires concernant le taxon (réf. biblio. complémentaires ou plus récentes...).
4. Fichiers et formats
Dans un souci d'interopérabilité, le format des fichiers, l'encodage des caractères et les noms de fichiers nécessitent d'être compatibles vis-à-vis des différents systèmes d'exploitation informatique.4.1. Format des fichiers
Tous les formats de fichier fournis dans l'archive, et l'archive elle-même, doivent être dans des formats dits « ouverts ». Cela signifie que le format de données est interopérable et possède des spécifications techniques publiques et sans restriction daccès ni de mise en uvre.Nous utiliserons les formats suivants :
- Texte < .txt >
- Zip < .zip >
- Portable Document Format (PDF) < .pdf >
4.2. Encodage
Afin de permettre l'utilisation de caractères provenant de multiples langues, tout les fichiers fournis dans l'archive « zip », à l'exception de ce manuel, doivent être encodés en UTF-8. C'est un format standard de codage de caractères défini pour les caractères Unicodes.4.3. Noms de fichiers
4.3.1. Formats des noms de fichiersAfin de faciliter l'interopérabilité entre systèmes dexploitation informatique, tous les fichiers sont nommés en respectant les règles suivantes :
- les noms de fichier doivent contenir seulement des lettres en minuscule non accentuées, des nombres, des tirets (-) et des tirets bas (_)
- les noms de fichier ne doivent pas contenir d'espace mais utiliser des tirets bas (_) à la place
- les noms de fichier ne doivent pas contenir de caractères accentués
- les extensions des noms de fichier devraient toujours être sous la forme de 3 lettres (par exemple. : jpg, txt...)
4.3.2. Codes des noms de référentiels
Les codes des noms de référentiels correspondent à des acronymes établis en respectant le principe suivant :
[terme générique "base de données" (BD) + code groupe taxonomique + code zone géographique]
Exemple : référentiel des trachéophytes de métropole = BDTFX
Tableau 14. Code des groupes taxonomiques
Tableau 15. Code des zones géographiques
4.4 Détail des différents fichiers
4.4.1. Fichier « MÉTADONNÉES »Ce fichier contient les métadonnées du référentiel. Il doit être au format texte < .txt > et la forme de son contenu doit permettre de l'analyser par une application informatique.
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur]_meta.txt
Exemple : bdtfx_v4_02_meta.txt
4.4.2. Fichier « BDNT »
Le fichier contenant les données du référentiel à proprement parler doit être au format texte < .txt > et la forme de son contenu doit permettre de l'analyser par une application informatique.
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur]_ref.txt
Exemple : bdtfx_v4_02_ref.txt
4.4.3. Fichier « DIFFÉRENTIEL »
Ce fichier contient seulement les différences avec la version précédente du référentiel. Il doit être au format texte < .txt > et la forme de son contenu doit permettre de l'analyser par une application informatique.
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur]_diff.txt
Exemple : bdtfx_v4_02_diff.txt
4.4.4. Fichier « MANUEL TECHNIQUE »
Le présent manuel sera téléchargeable dans l'onglet « Documents » de l'espace projet du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF, à l'adresse suivante : http://www.tela-botanica.org/projets/81
La version en cours de validité sera consultable dans l'onglet « Wikini » de l'espace projet.
Le contenu de la version sera enregistré, régulièrement, au format < .pdf >
Le fichier sera nommé de la façon suivante :
mtpr_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur].pdf
Exemple : mtpr_v1_01.pdf
4.4.5. Répertoire « ARCHIVE »
Ce répertoire, qui contient l'ensemble des fichiers liés au référentiel, sera au format ZIP < .zip >
Il sera nommé de la façon suivante :
[code du référentiel]_v[numéro de version majeure]_[numéro de version mineur].zip
Exemple : bdtfx_v4_02.zip
5. FAQ
- Pourquoi la liste des valeurs du champs « rang » ne comprend pas de rang pour les hybrides et les chimères?
- Pourquoi désigner les hybrides par la lettre « x » et non le symbole multiplication « × » ?
Le caractère « x » pourra éventuellement être remplacé par le signe multiplication « × » au moment de l'affichage dans une application informatique.
- Pourquoi la lettre « x » (ou « + ») n'est elle pas accolée au nom de l'hybride (ou chimère)?
- Pourquoi ne pas séparer le contenu des champs « biblio_origine » et « biblio_statut » dans une table à part spécifique à la bibliographie ?
Toutefois, le format actuel n'interdit pas de créer d'autres champs dans lesquels l'information bibliographique serait morcelée. Dans ce cas, nous pouvons voir les champs « biblio_origine » et « biblio_statut » comme des équivalents au champ « nom_complet ». Un traitement informatique peut ensuite rassembler ces différentes informations dans une table à part.
- Ne vaudrait-il pas mieux deux champs séparés pour stocker l'auteur du basionyme (qui figure normalement entre parenthèses) et l'auteur de la combinaison, et un troisième pour les concaténer ?
Il est nécessaire de prendre en compte les cas où certaines de ces informations sont absentes.
6. Sources et références
Bisby F.A. 1994. Plant Names in Botanical Databases; Plant Taxonomic Database Standards No.3 published for the TDWGhttp://www.tdwg.org/standards/113/download/113-528-1-RV.pdf
Hyam R. 2006. TDWG Taxon Name LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers.0.2 Modified: 2007-05-04
http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName
Hyam R. 2006. TDWG Taxon Rank LSID Ontology; TDWG Biodiversity Information Standards; vers. 0.2 Modified: 2007-11-19
http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonRank
Hyam R. and Kennedy, J. 2005. Taxon Concept Schema User Guide ,TDWG
http://www.tdwg.org/standards/
* 2018 International Code of Botanical Nomenclature. Shenzhen Code
https://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php
Pereira R. 2007. Plant occurrence and status scheme. A Standard for Recording the Relationship between a Plant and a Place; World Conservation Monitoring Centre, An International Working Group on Taxonomic Databases Standard, TDWG
http://www.tdwg.org/standards/106/download/106-522-1-RV.pdf
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