Mandat du groupe de travail

Référentiel taxonomique et nomenclatural concernant la flore vasculaire de France métropolitaine (GT BDTFX)

Rédacteur : Johan Gourvil (FCBN)

Relecteurs : Sandrine Tercerie (MNHN-SPN), Daniel Mathieu (Tela Botanica), Arnault Lalanne (MEEM), Jérôme Millet (FCBN)

Validation : Validé par le Comité de pilotage relatif à la mise en œuvre du référentiel taxonomique et nomenclatural concernant la flore vasculaire de France métropolitaine, le XXX

Diffusion
Membre du COPIL
Membre du Groupe de travail BDTFX

Définition

Un référentiel taxonomique et nomenclatural a pour objectifs de dresser la liste des taxons d’un groupe défini sur un territoire donné, c’est à dire :
- retenir un nom scientifique validement publié, légitime pour chacun de ces taxons ;
- établir la synonymie de ces taxons (synonymes nomenclaturaux et taxonomiques) ;
- arrêter un rang et une classification pour chacun de ces taxons ;
- attribuer un nom français normalisé à chacun de ces taxons et recenser les noms français usuels (noms vernaculaires) ;
- certifier la présence sur le territoire défini ;
- définir un statut biogéographique pour chacun de ces taxons.
Il doit également :
- prévoir la gestion des évolutions taxonomiques et nomenclaturales de ces taxons ;
- permettre une interopérabilité entre les bases de données qui utilisent ce référentiel.

Certains points sont gérés par le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (nom validement publié et légitime, pouvant être retenu comme le nom correct à utiliser pour désigner un taxon donné), d’autres le sont pro parte (3 premiers alinéas ci-dessus) et d’autres ne le sont pas (suivants).

Le référentiel taxonomique et nomenclatural constitue une base indispensable de travail pour la communauté scientifique et naturaliste. Il doit permettre de gérer de manière commune des données concernant des taxons. Le référentiel taxonomique et nomenclatural doit être développé et mis à jour selon des procédures maîtrisées en associant les principaux experts concernant les différents groupes étudiés. Il doit s’intégrer aux initiatives internationales menées sur ce thème.

1. Contexte

1.1 Cadre d'action (SINP)

Le système d'information sur la nature et les paysages (SINP) est défini dans la circulaire du 15 mai 2013. Le SINP est une organisation collaborative favorisant une synergie entre les acteurs pour la production, la gestion, le traitement, la valorisation et la diffusion des données sur la na-ture et les paysages. Le SINP facilite la mise en relation d’informations tout en offrant un cadre méthodologique de référence.
Ce système d'information implique donc les services de l'État, notamment les DREAL, DEAL et DRIEE et les établissements publics de l'État, mais aussi les organismes de recherche, les collecti-vités et les autres producteurs de données publics ou privés. Il concerne à la fois la métropole et les départements d'outre-mer et le territoire de Saint Pierre et Miquelon qui ont les mêmes ob-jectifs de connaissance sur la nature et les paysages.
Dans le cadre du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP), le Muséum national d’Histoire naturelle est en charge de l’élaboration du référentiel taxonomique pour la faune, la flore et la fonge de France, métropolitaine et outre-mer (TAXREF), qui représente la pierre angu-laire du système d’information sur les espèces.

1.2 Le programme "référentiel taxonomique"

Dans le cadre de l’élaboration du référentiel taxonomique pour la faune, la flore et la fonge de France, métropolitaine et outre-mer (TAXREF), le ministère en charge de la Biodiversité, le MNHN, la FCBN et Tela Botanica ont signé, en octobre 2015, une convention qui a pour objet de définir les modalités d’organisation collaborative entre les parties, relatives à la démarche de mise à jour du référentiel des trachéophytes de France métropolitaine dans TAXREF.

1.3 Partenaires du programme

Le ministère est notamment responsable des politiques développées en matière de connaissance de la biodiversité par l’État et de la mise en œuvre du Système d’information sur la nature et les paysages (SINP).

Le MNHN est responsable de la conduite scientifique de l’inventaire du patrimoine naturel en France, aux termes de l’article L. 411-1 A du Code de l’environnement. À ce titre, il est responsable et garant de l’établissement des référentiels taxonomiques mis à disposition de la communauté scientifique et naturaliste sous le couvert de la coordination scientifique et technique (CST) du Système d’information sur la nature et les paysages (SINP).

La FCBN regroupe l’ensemble des Conservatoires botaniques nationaux (CBN). Elle assure une coordination technique pour l’exercice de leurs missions et les représente auprès des pouvoirs publics. Les CBN sont chargés d’une mission de service public concernant la connaissance, la conservation, l’expertise et l’information relative à la flore sauvage, à la végétation et aux habitats naturels et semi-naturels selon les dispositions de l’article L.414-10 du code de l’Environnement. Ils développent chacun, à cette fin, un système d’information gérant les observations relatives à leur territoire d’agrément. En ce sens, le réseau des CBN est un administrateur majeur de données d’observations sur la flore et de ce fait, un acteur de l’établissement des référentiels taxonomiques, notamment par les informations sur la répartition des taxons dont il dispose, clé de voûte de l’élaboration des statuts de présence sur le territoire national.

Tela Botanica est une association de loi 1901 ayant pour objet principal de fédérer un réseau de botanistes francophones, de favoriser la communication au sein de ce réseau et d’animer différents projets mis en œuvre en son sein dans les domaines de la flore et des habitats naturels. Dans ce cadre, Tela Botanica met en œuvre différents projets en collaboration avec des partenaires (universités, établissements publics, ministère, autres associations…) afin de promouvoir et élaborer des outils pour la communauté naturaliste, dont la diffusion est libre de droits. La compilation des données relatives à la réalisation du référentiel taxonomique de la France métropolitaine sur la base des travaux de Michel Kerguélen constitue l’un de ces premiers projets.

1.4 Instances du programme

Le comité de pilotage (Copil)
Les partenaires du programme s’organisent en comité de pilotage (Copil). Ce comité de pilotage comprend des représentants des partenaires, et son secrétariat est assuré par le MNHN.

Le groupe de travail BDTFX (GT BDTFX)
Le groupe de travail du référentiel taxonomique et nomenclatural concernant la flore vasculaire de France métropolitaine (GT BDTFX) est un groupe décisionnel chargé de piloter le processus de validation scientifique de la mise à jour de la BDTFX et de son intégration dans TAXREF. Il veille à ce que la méthodologie TAXREF soit respectée (en particulier : intégration uniquement des noms validement publiés ; synonymies d’usage). Il s’appuie sur des réseaux existants (forum ISFF animé par Tela Botanica, réseau des CBN, réseau SBF, réseau SFO…) pour valider ses choix.

La coordination scientifique et technique (CST) du SINP et de lÂ’ONB
Elle rend un avis technique sur le processus d’élaboration et de validation de la BDTFX, l’entérine et s’assure de sa bonne mise en œuvre, notamment en rapport avec la méthodologie TAXREF validée par la CST.

2. Référentiels et bases de données

2.1 TAXREF

TAXREF est le référentiel taxonomique et nomenclatural de la faune, la flore et la fonge de France (métropole et outre- mer) diffusé par le MNHN dans le cadre de la mise en œuvre du Système d’information sur la nature et les paysages (SINP). Ce référentiel est unique pour la France ; il sert de référence pour les dispositifs réglementaires et la gestion des données dans le cadre des politiques publiques. Il est consultable et téléchargeable sur le site Internet de l’« Inventaire national du patrimoine naturel » (INPN) géré par le MNHN et identifié comme la plate-forme nationale du SINP. Une nouvelle version de TAXREF est publiée chaque année (au minimum). Ce référentiel est en lien avec les principaux référentiels internationaux.

2.2 BDTFX

Référentiel des trachéophytes de France métropolitaine (BDTFX) : cette base de données nomenclaturale et taxonomique constitue le sous-ensemble de TAXREF pour les trachéophytes de métropole. La BDTFX est conçue dans l’objectif de faciliter son utilisation par les botanistes pour la gestion des données floristiques. Sa compilation est réalisée par Tela Botanica et son intégration dans TAXREF est réalisée par le MNHN en lien étroit avec le coordinateur du groupe identifié. La BDTFX gère également les noms français normalisés (fournis par Tela Botanica) et les noms français usuels (noms vernaculaires).

2.3 BDNFF

Base de données nomenclaturale de la flore de France (BDNFF) : initiée en 2001 sur la base des travaux de Michel Kerguélen, elle est gérée depuis lors par Benoît Bock via la liste de discussion Index synonymique de la flore de France métropolitaine (ISFF) dans le cadre du réseau Tela Botanica. Elle intègre certains taxons des pays limitrophes afin d’avoir une vision élargie des groupes taxonomiques concernés. La BDTFX transmise au MNHN dans le cadre de la présente convention est une extraction de certains champs de la BDNFF limitée aux taxons dont la présence a été attestée en France métropolitaine (Corse incluse), ainsi que leurs synonymes. Cette extraction est réalisée par Tela Botanica et respecte la méthodologie de TAXREF (qui a été validée par la CST du SINP).

3. Les principaux outils

Le Groupe de Travail dispose d’un forum de discussion qui lui est réservé et d’une interface de consultation de la BDTFX mis à disposition par Tela Botanica. Ce groupe dispose également d’un accès à TAXREF via l’application TAXREF-web.

3.1 Outils dédiés au GT BDTFX

Le GT BDTFX dispose :
• d’un espace de travail collaboratif qui lui est réservé sur le site de Tela Botanica. Cet espace de travail, accessible après inscription au réseau Tela Botanica, comprend une liste de discussion, un porte-documents et un wiki pour contribuer et consulter l'ensemble des informations,
• d’un Google Sheets (un tableur partagé en ligne qu’il est possible de modifier en temps réel),
• d’une interface de consultation de la BDTFX mis à disposition par Tela Botanica,
• dÂ’un accès à la version de travail de TAXREF via lÂ’application TAXREF–web, qui lui permet de consulter les choix adoptés dans les autres flores françaises ainsi que dans les référentiels internationaux auxquels TAXREF est déjà liés (Tropicos, GRIN, Euro+Med  PlantBase).

D’autres outils pourront être mis en place en fonction des besoins.

3.2 Liste ISFF

Liste de discussion ISFF = Forum de discussion ouvert à tout volontaire qui souhaite y participer sur le site de Tela Botanica autour de Index synonymique de la flore de France métropolitaine (ISFF) étendu à certains taxons des contrées limitrophes.
Ce forum permet de poser des questions ou soulever des problèmes rencontrés par le panel de botanistes.
Il est complémentaire au GT BDTFX qui est un forum restreint chargé de proposer et de valider les choix qui auront été proposés par le réseau de chacun des partenaires (ajouts, modifications, résolution des problèmes).

3.3 TAXREF-web

TAXREF-web est une application en ligne qui permet à chaque expert en taxonomie de travailler sur un sous-ensemble de TAXREF et de bénéficier ainsi du travail des autres experts en temps réel.
L’accès à cette application est strictement réglementé et se fait par identification avec mot de passe. Chaque expert possède un domaine d’expertise identifié par un taxon et tous ses descendants. Ainsi, un spécialiste des plantes de la Réunion aura accès à l’ensemble des plantes de TAXREF, ceci dans le souci du respect de la consolidation nationale.

Le suivi des modifications est visible dans l’application : pour chaque nom du référentiel, un historique complet est fourni (date de création du nom, par qui, quelles modifications y ont été apportées, quand, comment, etc.). Chaque expert peut ainsi suivre les changements réalisés par les autres experts travaillant sur TAXREF-web, et éventuellement l’invalider.
TAXREF-web permet également d’associer des références bibliographiques à chaque nom du référentiel, en indiquant l’utilisation qui est faite de chaque référence (description originale du nom, source de la synonymie, source pour le statut biogéographique à Mayotte, etc.). L’ajout de notes, associées ou non à une référence bibliographique, permet d’apporter des informations complémentaires et de justifier les choix adoptés dans TAXREF.
TAXREF-web propose des liens vers dÂ’autres référentiels taxonomiques qui lui servent de source (onglet TAXREF, rubrique Programmes). Ces liens sont uniques, ce qui signifie que chaque identifiant du référentiel source ne peut être attribué quÂ’une seule fois à un CD_NOM de TAXREF, ce qui assure une équivalence stricte entre TAXREF et le référentiel source. TAXREF est notamment lié à Tropicos, GRIN, lÂ’IPNI ou encore Euro+Med  PlantBase, ce qui lui permet de bénéficier de leurs ressources respectives (bibliographie dont liens vers les descriptions originales dans Tropicos, justification des choix adoptés, décisions prises par la commission de nomenclature botanique, etc.)

4. Missions du groupe de travail

Le groupe de travail BDTFX a pour mission de travailler sur les référentiels des noms scientifiques (ou latins) et des noms français pour :

1) centraliser l’ensemble des ajouts, des modifications et des problèmes taxonomiques et nomenclaturaux soulevés dans le cadre de l’élaboration de la BDTFX, notamment les :
- ajouts et modifications proposés par tous les membres du groupe de travail (données issues de leurs réseaux) ;
- ajouts et modifications ou problèmes relevés par les utilisateurs de TAXREF, que le MNHN transmet au coordinateur du groupe ;
- problèmes relevés par le MNHN lors du processus d’intégration (fusion) de la BDTFX dans TAXREF ;
- problèmes relevant de la confrontation de la BDTFX avec d’autres référentiels au niveau international.

2) prioriser les problèmes en vue de leur traitement et de définir par qui et comment seront traités ces problèmes ;

3) valider les choix qui auront été proposés (ajouts, modifications, résolution des problèmes) et fournir une proposition étayée et structurée de modification de TAXREF ;

4) décider du niveau de mise à jour qui justifie une diffusion et de sa périodicité.
5. Les membres du GT BDTFX

Le GT BDTFX est composé à la fois de personnes compétentes, désignées d’un commun accord par le MNHN, la FCBN et Tela Botanica et de représentants des partenaires de la convention.
5.1 Désignation des membres (garder la trace des raisons de leur nomination)

Le nombre de membres se veut volontairement restreint afin de faciliter la prise de décision finale, et tout en sachant que des discussions ont notamment lieu dans les réseaux existants (forum ISFF, réseau des CBN, réseau SFO, réseau SBF…). La composition du GT BDTFX au-delà des représentants des quatre structures partenaires, s’élargit à des représentants des principaux acteurs de la flore vasculaire métropolitaine.

La composition du Groupe de travail est arrêtée par le Comité de pilotage (Copil). Elle est constituée de :

Représentants des partenaires de la convention :
• Daniel Mathieu et Delphine Cauquil (Tela Botanica),
• Johan Gourvil (FCBN),
• Sandrine Tercerie (SPN-MNHN),
• 1 personne du MEEM.

Personnes compétentes partenaires :
• Benoît Bock (CST de Tela-Botanica, coordinateur de la BDNFF pour Tela Botanica),
• Valéry Malécot (INHP, CA et CST de Tela Botanica),
• Philippe Antonetti (CBN du Massif central),
• James Molina (CBN méditerranéen de Porquerolles),
• Benoît Toussaint (CBN de Bailleul).

Personnes compétentes issues de l’élargissement aux principaux acteurs :
• Vincent Boullet (Expert indépendant, auteur et coordinateur des flores de la Réunion, Mayotte et des îles éparses, impliqué dans le processus de consolidation nationale pour TAXREF),
• Daniel Prat (représentant désigné par la SFO),
• Jean-Marc Tison (représentant désigné par la SBF).

5.2 Rôle des membres du GT

Le secrétariat du GT BDTFX :
• anime les débats scientifiques et assure le secrétariat en réunion présentielle et sur le forum dédié au GT BDTFX (alertes régulières sur l’état d’avancement sur le google sheet ou sur des points cruciaux à traiter) ;
• relaie les demandes d’ajouts, modifications et problèmes taxonomiques et nomenclaturaux soulevés sur le forum ISFF et les soumet au GT BDTFX pour avis. Les demandes issues du réseau des partenaires sont quant à elles relayées directement par les partenaires sur le forum du GT, en la personne de Johan Gourvil pour le réseau des CBN et de Sandrine Tercerie pour le réseau de l’INPN ;
• organise la saisie des modifications ;
• organise les échanges avec l'expert désigné en cas d'absence de consensus ;
• synthétise les débats et avis ;
• interpelle, en tant que de besoin, le Comité de Pilotage.

Les membres du GT BDTFX sont chargés de :
- débattre des difficultés d’ordres nomenclatural et taxonomique ;
- participer à la veille scientifique sur les publications pouvant impliquer des révisions nomenclaturales et taxonomiques ;
- participer activement à la réflexion et à l'échange de points de vue (entre membres et aussi avec l’expert le cas échéant) dans le but d'arriver à un choix le plus pertinent possible en l'état de la connaissance ;
- d’émettre un avis sur les choix qui auront été proposés (ajouts, modifications, résolution des problèmes) et de fournir une proposition étayée et structurée de modification de TAXREF.

Le coordinateur de la BDTFX :
• accuse réception pour prise en compte dans la BDTFX ;
• intègre les décisions actées par le GT BDTFX ;
• archive les références bibliographiques, a minima pour chaque modification sensible.

6. Mode de fonctionnement

6.1 Réunions

Les membres du groupe de travail se réunissent physiquement au moins une fois par an.
Des téléconférences (audioconférence et/ou visioconférence) peuvent être organisées autant que de besoin.
6.2 Méthode de travail

Le document Google sheet (tableur en ligne) liste l’ensemble des problèmes à discuter avec 3 niveaux de traitement (1 = problème résolu, 2 = solution envisagée à valider, 3 = problème à dis-cuter).

Les problèmes de niveaux 3 sont relayés par les membres du GT BDTFX dans les réseaux existants (forum ISFF, réseau des CBN, réseau SFO, réseau SBF…) pour discussion et formulation d’une proposition via les membres du GT BDTFX.
Les propositions de solutions sont soumises à la validation des membres du GT BDTFX (système de vote si nécessaire). Une fois validée la résolution est communiquée au coordinateur de la BDTFX en la personne de Benoît Bock pour prise en compte dans la BDTFX.

Les travaux menés par le GT BDTFX prennent en compte les initiatives internationales en matière de référentiels taxonomiques en s’assurant de la cohérence du travail développé. Les choix nomenclaturaux sont effectués en conformité avec les règles du dernier Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (Melbourne, juillet 2011) pour ce qui en relève. Ils prennent en compte de manière concertée les publications récentes faisant référence (flores, monographies, articles scientifiques…).

Les échanges et les prises de décisions au sein du GT BDTFX se font uniquement à travers :
• La liste de discussion dédiée permettant ainsi l'archivage des débats. Le flux RSS du wiki du groupe permet d'être informé des modifications apportées.
• Les réunions physiques ou téléconférences du GT BDTFX

Pour permettre l'efficacité de la prise de décisions, elles seront soumises à l'ensemble du groupe via la liste de discussion dans un message attirant l'attention des membres. Elles seront accompagnées de références bibliographiques ou des sources (documents scientifiques faisant référence, révision exhaustive d'un groupe, ouvrages utilisés par la majorité des botanistes d'une région donnée, base de données à dimension internationale, avis d’experts) expliquant ce choix ainsi que d'un argumentaire.
Les réactions du GT BDTFX seront collectées par le secrétariat qui en fera une synthèse et une restitution sur la liste de discussion. Toute proposition soumise à laquelle il n'y aura aucune réaction au bout d’un mois (délais à faire valider par le GT) sera considérée comme approuvée par le groupe.
Le secrétariat peut également interpeller le Comité de pilotage pour recueillir son avis. Il le fera obligatoirement pour les modifications ayant une implication juridique, comme les changements nomenclaturaux impliquant un taxon protégé ou les changements taxonomiques conduisant à la division d’un taxon protégé en plusieurs taxons. Le suivi des discussions devra être archivé pour expliquer si besoin les choix faits.

Les divergences au sein du GT BDTFX peuvent être dues à une lacune scientifique ou à une controverse liée par exemple à l’usage du référentiel. Dans ces cas-là, le secrétariat doit informer le GT BDTFX et désigner un expert au sein du groupe ou à l'extérieur de celui-ci, si nécessaire, pour approfondir le sujet. Aucune modification ne sera faite dans la BDTFX avant réception de la réponse de l'expert désigné. Après réponse de l'expert désigné, celle-ci doit être soumise pour validation à l'ensemble du groupe. Le choix de l'expert est fait par le secrétariat après concertation des membres du groupe et information du Comité de pilotage qui peut s'opposer. Cet expert doit être un scientifique reconnu en la matière. Les différents majeurs qui n'auraient pas pu être tranchés dans le cadre du GT BDTFX sont soumis au Comité de pilotage pour arbitrage sur la forme et non sur le fond.
Les modifications reportées dans la BDTFX sont visibles à tout moment par l'ensemble du groupe via une interface web de consultation sur le site de Tela Botanica. Toutefois, cette version de travail ne pourra pas être téléchargée publiquement.

6.3 Validation des travaux du groupe

Au moins une fois par an, le GT BDTFX rendra compte de ses travaux au COPIL pour information ou avis.

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