Mandat du groupe de travail
Référentiel taxonomique et nomenclatural concernant la flore vasculaire de France métropolitaine (GT BDTFX)
Rédacteur : Johan Gourvil (FCBN)Relecteurs : Sandrine Tercerie (MNHN-SPN), Daniel Mathieu (Tela Botanica), Arnault Lalanne (MEEM), Jérôme Millet (FCBN)
Validation : Validé par le Comité de pilotage relatif à la mise en uvre du référentiel taxonomique et nomenclatural concernant la flore vasculaire de France métropolitaine, le XXX
Diffusion
Membre du COPIL
Membre du Groupe de travail BDTFX
Définition
Un référentiel taxonomique et nomenclatural a pour objectifs de dresser la liste des taxons dun groupe défini sur un territoire donné, cest à dire :
- retenir un nom scientifique validement publié, légitime pour chacun de ces taxons ;
- établir la synonymie de ces taxons (synonymes nomenclaturaux et taxonomiques) ;
- arrêter un rang et une classification pour chacun de ces taxons ;
- attribuer un nom français normalisé à chacun de ces taxons et recenser les noms français usuels (noms vernaculaires) ;
- certifier la présence sur le territoire défini ;
- définir un statut biogéographique pour chacun de ces taxons.
Il doit également :
- prévoir la gestion des évolutions taxonomiques et nomenclaturales de ces taxons ;
- permettre une interopérabilité entre les bases de données qui utilisent ce référentiel.
Certains points sont gérés par le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (nom validement publié et légitime, pouvant être retenu comme le nom correct à utiliser pour désigner un taxon donné), dautres le sont pro parte (3 premiers alinéas ci-dessus) et dautres ne le sont pas (suivants).
Le référentiel taxonomique et nomenclatural constitue une base indispensable de travail pour la communauté scientifique et naturaliste. Il doit permettre de gérer de manière commune des données concernant des taxons. Le référentiel taxonomique et nomenclatural doit être développé et mis à jour selon des procédures maîtrisées en associant les principaux experts concernant les différents groupes étudiés. Il doit sintégrer aux initiatives internationales menées sur ce thème.
1. Contexte
1.1 Cadre d'action (SINP)
Le système d'information sur la nature et les paysages (SINP) est défini dans la circulaire du 15 mai 2013. Le SINP est une organisation collaborative favorisant une synergie entre les acteurs pour la production, la gestion, le traitement, la valorisation et la diffusion des données sur la na-ture et les paysages. Le SINP facilite la mise en relation dinformations tout en offrant un cadre méthodologique de référence.
Ce système d'information implique donc les services de l'État, notamment les DREAL, DEAL et DRIEE et les établissements publics de l'État, mais aussi les organismes de recherche, les collecti-vités et les autres producteurs de données publics ou privés. Il concerne à la fois la métropole et les départements d'outre-mer et le territoire de Saint Pierre et Miquelon qui ont les mêmes ob-jectifs de connaissance sur la nature et les paysages.
Dans le cadre du Système dInformation sur la Nature et les Paysages (SINP), le Muséum national dHistoire naturelle est en charge de lélaboration du référentiel taxonomique pour la faune, la flore et la fonge de France, métropolitaine et outre-mer (TAXREF), qui représente la pierre angu-laire du système dinformation sur les espèces.
1.2 Le programme "référentiel taxonomique"
Dans le cadre de lélaboration du référentiel taxonomique pour la faune, la flore et la fonge de France, métropolitaine et outre-mer (TAXREF), le ministère en charge de la Biodiversité, le MNHN, la FCBN et Tela Botanica ont signé, en octobre 2015, une convention qui a pour objet de définir les modalités dorganisation collaborative entre les parties, relatives à la démarche de mise à jour du référentiel des trachéophytes de France métropolitaine dans TAXREF.
1.3 Partenaires du programme
Le ministère est notamment responsable des politiques développées en matière de connaissance de la biodiversité par lÉtat et de la mise en uvre du Système dinformation sur la nature et les paysages (SINP).
Le MNHN est responsable de la conduite scientifique de linventaire du patrimoine naturel en France, aux termes de larticle L. 411-1 A du Code de lenvironnement. À ce titre, il est responsable et garant de létablissement des référentiels taxonomiques mis à disposition de la communauté scientifique et naturaliste sous le couvert de la coordination scientifique et technique (CST) du Système dinformation sur la nature et les paysages (SINP).
La FCBN regroupe lensemble des Conservatoires botaniques nationaux (CBN). Elle assure une coordination technique pour lexercice de leurs missions et les représente auprès des pouvoirs publics. Les CBN sont chargés dune mission de service public concernant la connaissance, la conservation, lexpertise et linformation relative à la flore sauvage, à la végétation et aux habitats naturels et semi-naturels selon les dispositions de larticle L.414-10 du code de lEnvironnement. Ils développent chacun, à cette fin, un système dinformation gérant les observations relatives à leur territoire dagrément. En ce sens, le réseau des CBN est un administrateur majeur de données dobservations sur la flore et de ce fait, un acteur de létablissement des référentiels taxonomiques, notamment par les informations sur la répartition des taxons dont il dispose, clé de voûte de lélaboration des statuts de présence sur le territoire national.
Tela Botanica est une association de loi 1901 ayant pour objet principal de fédérer un réseau de botanistes francophones, de favoriser la communication au sein de ce réseau et danimer différents projets mis en uvre en son sein dans les domaines de la flore et des habitats naturels. Dans ce cadre, Tela Botanica met en uvre différents projets en collaboration avec des partenaires (universités, établissements publics, ministère, autres associations ) afin de promouvoir et élaborer des outils pour la communauté naturaliste, dont la diffusion est libre de droits. La compilation des données relatives à la réalisation du référentiel taxonomique de la France métropolitaine sur la base des travaux de Michel Kerguélen constitue lun de ces premiers projets.
1.4 Instances du programme
Le comité de pilotage (Copil)
Les partenaires du programme sorganisent en comité de pilotage (Copil). Ce comité de pilotage comprend des représentants des partenaires, et son secrétariat est assuré par le MNHN.
Le groupe de travail BDTFX (GT BDTFX)
Le groupe de travail du référentiel taxonomique et nomenclatural concernant la flore vasculaire de France métropolitaine (GT BDTFX) est un groupe décisionnel chargé de piloter le processus de validation scientifique de la mise à jour de la BDTFX et de son intégration dans TAXREF. Il veille à ce que la méthodologie TAXREF soit respectée (en particulier : intégration uniquement des noms validement publiés ; synonymies dusage). Il sappuie sur des réseaux existants (forum ISFF animé par Tela Botanica, réseau des CBN, réseau SBF, réseau SFO ) pour valider ses choix.
La coordination scientifique et technique (CST) du SINP et de lONB
Elle rend un avis technique sur le processus délaboration et de validation de la BDTFX, lentérine et sassure de sa bonne mise en uvre, notamment en rapport avec la méthodologie TAXREF validée par la CST.
2. Référentiels et bases de données
2.1 TAXREF
TAXREF est le référentiel taxonomique et nomenclatural de la faune, la flore et la fonge de France (métropole et outre- mer) diffusé par le MNHN dans le cadre de la mise en uvre du Système dinformation sur la nature et les paysages (SINP). Ce référentiel est unique pour la France ; il sert de référence pour les dispositifs réglementaires et la gestion des données dans le cadre des politiques publiques. Il est consultable et téléchargeable sur le site Internet de l« Inventaire national du patrimoine naturel » (INPN) géré par le MNHN et identifié comme la plate-forme nationale du SINP. Une nouvelle version de TAXREF est publiée chaque année (au minimum). Ce référentiel est en lien avec les principaux référentiels internationaux.2.2 BDTFX
Référentiel des trachéophytes de France métropolitaine (BDTFX) : cette base de données nomenclaturale et taxonomique constitue le sous-ensemble de TAXREF pour les trachéophytes de métropole. La BDTFX est conçue dans lobjectif de faciliter son utilisation par les botanistes pour la gestion des données floristiques. Sa compilation est réalisée par Tela Botanica et son intégration dans TAXREF est réalisée par le MNHN en lien étroit avec le coordinateur du groupe identifié. La BDTFX gère également les noms français normalisés (fournis par Tela Botanica) et les noms français usuels (noms vernaculaires).2.3 BDNFF
Base de données nomenclaturale de la flore de France (BDNFF) : initiée en 2001 sur la base des travaux de Michel Kerguélen, elle est gérée depuis lors par Benoît Bock via la liste de discussion Index synonymique de la flore de France métropolitaine (ISFF) dans le cadre du réseau Tela Botanica. Elle intègre certains taxons des pays limitrophes afin davoir une vision élargie des groupes taxonomiques concernés. La BDTFX transmise au MNHN dans le cadre de la présente convention est une extraction de certains champs de la BDNFF limitée aux taxons dont la présence a été attestée en France métropolitaine (Corse incluse), ainsi que leurs synonymes. Cette extraction est réalisée par Tela Botanica et respecte la méthodologie de TAXREF (qui a été validée par la CST du SINP).3. Les principaux outils
Le Groupe de Travail dispose dun forum de discussion qui lui est réservé et dune interface de consultation de la BDTFX mis à disposition par Tela Botanica. Ce groupe dispose également dun accès à TAXREF via lapplication TAXREF-web.3.1 Outils dédiés au GT BDTFX
Le GT BDTFX dispose : dun espace de travail collaboratif qui lui est réservé sur le site de Tela Botanica. Cet espace de travail, accessible après inscription au réseau Tela Botanica, comprend une liste de discussion, un porte-documents et un wiki pour contribuer et consulter l'ensemble des informations,
dun Google Sheets (un tableur partagé en ligne quil est possible de modifier en temps réel),
dune interface de consultation de la BDTFX mis à disposition par Tela Botanica,
dun accès à la version de travail de TAXREF via lapplication TAXREFweb, qui lui permet de consulter les choix adoptés dans les autres flores françaises ainsi que dans les référentiels internationaux auxquels TAXREF est déjà liés (Tropicos, GRIN, Euro+Med PlantBase).
Dautres outils pourront être mis en place en fonction des besoins.
3.2 Liste ISFF
Liste de discussion ISFF = Forum de discussion ouvert à tout volontaire qui souhaite y participer sur le site de Tela Botanica autour de Index synonymique de la flore de France métropolitaine (ISFF) étendu à certains taxons des contrées limitrophes.Ce forum permet de poser des questions ou soulever des problèmes rencontrés par le panel de botanistes.
Il est complémentaire au GT BDTFX qui est un forum restreint chargé de proposer et de valider les choix qui auront été proposés par le réseau de chacun des partenaires (ajouts, modifications, résolution des problèmes).
3.3 TAXREF-web
TAXREF-web est une application en ligne qui permet à chaque expert en taxonomie de travailler sur un sous-ensemble de TAXREF et de bénéficier ainsi du travail des autres experts en temps réel.Laccès à cette application est strictement réglementé et se fait par identification avec mot de passe. Chaque expert possède un domaine dexpertise identifié par un taxon et tous ses descendants. Ainsi, un spécialiste des plantes de la Réunion aura accès à lensemble des plantes de TAXREF, ceci dans le souci du respect de la consolidation nationale.
Le suivi des modifications est visible dans lapplication : pour chaque nom du référentiel, un historique complet est fourni (date de création du nom, par qui, quelles modifications y ont été apportées, quand, comment, etc.). Chaque expert peut ainsi suivre les changements réalisés par les autres experts travaillant sur TAXREF-web, et éventuellement linvalider.
TAXREF-web permet également dassocier des références bibliographiques à chaque nom du référentiel, en indiquant lutilisation qui est faite de chaque référence (description originale du nom, source de la synonymie, source pour le statut biogéographique à Mayotte, etc.). Lajout de notes, associées ou non à une référence bibliographique, permet dapporter des informations complémentaires et de justifier les choix adoptés dans TAXREF.
TAXREF-web propose des liens vers dautres référentiels taxonomiques qui lui servent de source (onglet TAXREF, rubrique Programmes). Ces liens sont uniques, ce qui signifie que chaque identifiant du référentiel source ne peut être attribué quune seule fois à un CD_NOM de TAXREF, ce qui assure une équivalence stricte entre TAXREF et le référentiel source. TAXREF est notamment lié à Tropicos, GRIN, lIPNI ou encore Euro+Med PlantBase, ce qui lui permet de bénéficier de leurs ressources respectives (bibliographie dont liens vers les descriptions originales dans Tropicos, justification des choix adoptés, décisions prises par la commission de nomenclature botanique, etc.)
4. Missions du groupe de travail
Le groupe de travail BDTFX a pour mission de travailler sur les référentiels des noms scientifiques (ou latins) et des noms français pour :1) centraliser lensemble des ajouts, des modifications et des problèmes taxonomiques et nomenclaturaux soulevés dans le cadre de lélaboration de la BDTFX, notamment les :
- ajouts et modifications proposés par tous les membres du groupe de travail (données issues de leurs réseaux) ;
- ajouts et modifications ou problèmes relevés par les utilisateurs de TAXREF, que le MNHN transmet au coordinateur du groupe ;
- problèmes relevés par le MNHN lors du processus dintégration (fusion) de la BDTFX dans TAXREF ;
- problèmes relevant de la confrontation de la BDTFX avec dautres référentiels au niveau international.
2) prioriser les problèmes en vue de leur traitement et de définir par qui et comment seront traités ces problèmes ;
3) valider les choix qui auront été proposés (ajouts, modifications, résolution des problèmes) et fournir une proposition étayée et structurée de modification de TAXREF ;
4) décider du niveau de mise à jour qui justifie une diffusion et de sa périodicité.
5. Les membres du GT BDTFX
Le GT BDTFX est composé à la fois de personnes compétentes, désignées dun commun accord par le MNHN, la FCBN et Tela Botanica et de représentants des partenaires de la convention.
5.1 Désignation des membres (garder la trace des raisons de leur nomination)
Le nombre de membres se veut volontairement restreint afin de faciliter la prise de décision finale, et tout en sachant que des discussions ont notamment lieu dans les réseaux existants (forum ISFF, réseau des CBN, réseau SFO, réseau SBF ). La composition du GT BDTFX au-delà des représentants des quatre structures partenaires, sélargit à des représentants des principaux acteurs de la flore vasculaire métropolitaine.
La composition du Groupe de travail est arrêtée par le Comité de pilotage (Copil). Elle est constituée de :
Représentants des partenaires de la convention :
Daniel Mathieu et Delphine Cauquil (Tela Botanica),
Johan Gourvil (FCBN),
Sandrine Tercerie (SPN-MNHN),
1 personne du MEEM.
Personnes compétentes partenaires :
Benoît Bock (CST de Tela-Botanica, coordinateur de la BDNFF pour Tela Botanica),
Valéry Malécot (INHP, CA et CST de Tela Botanica),
Philippe Antonetti (CBN du Massif central),
James Molina (CBN méditerranéen de Porquerolles),
Benoît Toussaint (CBN de Bailleul).
Personnes compétentes issues de lélargissement aux principaux acteurs :
Vincent Boullet (Expert indépendant, auteur et coordinateur des flores de la Réunion, Mayotte et des îles éparses, impliqué dans le processus de consolidation nationale pour TAXREF),
Daniel Prat (représentant désigné par la SFO),
Jean-Marc Tison (représentant désigné par la SBF).
5.2 Rôle des membres du GT
Le secrétariat du GT BDTFX : anime les débats scientifiques et assure le secrétariat en réunion présentielle et sur le forum dédié au GT BDTFX (alertes régulières sur létat davancement sur le google sheet ou sur des points cruciaux à traiter) ;
relaie les demandes dajouts, modifications et problèmes taxonomiques et nomenclaturaux soulevés sur le forum ISFF et les soumet au GT BDTFX pour avis. Les demandes issues du réseau des partenaires sont quant à elles relayées directement par les partenaires sur le forum du GT, en la personne de Johan Gourvil pour le réseau des CBN et de Sandrine Tercerie pour le réseau de lINPN ;
organise la saisie des modifications ;
organise les échanges avec l'expert désigné en cas d'absence de consensus ;
synthétise les débats et avis ;
interpelle, en tant que de besoin, le Comité de Pilotage.
Les membres du GT BDTFX sont chargés de :
- débattre des difficultés dordres nomenclatural et taxonomique ;
- participer à la veille scientifique sur les publications pouvant impliquer des révisions nomenclaturales et taxonomiques ;
- participer activement à la réflexion et à l'échange de points de vue (entre membres et aussi avec lexpert le cas échéant) dans le but d'arriver à un choix le plus pertinent possible en l'état de la connaissance ;
- démettre un avis sur les choix qui auront été proposés (ajouts, modifications, résolution des problèmes) et de fournir une proposition étayée et structurée de modification de TAXREF.
Le coordinateur de la BDTFX :
accuse réception pour prise en compte dans la BDTFX ;
intègre les décisions actées par le GT BDTFX ;
archive les références bibliographiques, a minima pour chaque modification sensible.
6. Mode de fonctionnement
6.1 Réunions
Les membres du groupe de travail se réunissent physiquement au moins une fois par an.
Des téléconférences (audioconférence et/ou visioconférence) peuvent être organisées autant que de besoin.
6.2 Méthode de travail
Le document Google sheet (tableur en ligne) liste lensemble des problèmes à discuter avec 3 niveaux de traitement (1 = problème résolu, 2 = solution envisagée à valider, 3 = problème à dis-cuter).
Les problèmes de niveaux 3 sont relayés par les membres du GT BDTFX dans les réseaux existants (forum ISFF, réseau des CBN, réseau SFO, réseau SBF ) pour discussion et formulation dune proposition via les membres du GT BDTFX.
Les propositions de solutions sont soumises à la validation des membres du GT BDTFX (système de vote si nécessaire). Une fois validée la résolution est communiquée au coordinateur de la BDTFX en la personne de Benoît Bock pour prise en compte dans la BDTFX.
Les travaux menés par le GT BDTFX prennent en compte les initiatives internationales en matière de référentiels taxonomiques en sassurant de la cohérence du travail développé. Les choix nomenclaturaux sont effectués en conformité avec les règles du dernier Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (Melbourne, juillet 2011) pour ce qui en relève. Ils prennent en compte de manière concertée les publications récentes faisant référence (flores, monographies, articles scientifiques ).
Les échanges et les prises de décisions au sein du GT BDTFX se font uniquement à travers :
La liste de discussion dédiée permettant ainsi l'archivage des débats. Le flux RSS du wiki du groupe permet d'être informé des modifications apportées.
Les réunions physiques ou téléconférences du GT BDTFX
Pour permettre l'efficacité de la prise de décisions, elles seront soumises à l'ensemble du groupe via la liste de discussion dans un message attirant l'attention des membres. Elles seront accompagnées de références bibliographiques ou des sources (documents scientifiques faisant référence, révision exhaustive d'un groupe, ouvrages utilisés par la majorité des botanistes d'une région donnée, base de données à dimension internationale, avis dexperts) expliquant ce choix ainsi que d'un argumentaire.
Les réactions du GT BDTFX seront collectées par le secrétariat qui en fera une synthèse et une restitution sur la liste de discussion. Toute proposition soumise à laquelle il n'y aura aucune réaction au bout dun mois (délais à faire valider par le GT) sera considérée comme approuvée par le groupe.
Le secrétariat peut également interpeller le Comité de pilotage pour recueillir son avis. Il le fera obligatoirement pour les modifications ayant une implication juridique, comme les changements nomenclaturaux impliquant un taxon protégé ou les changements taxonomiques conduisant à la division dun taxon protégé en plusieurs taxons. Le suivi des discussions devra être archivé pour expliquer si besoin les choix faits.
Les divergences au sein du GT BDTFX peuvent être dues à une lacune scientifique ou à une controverse liée par exemple à lusage du référentiel. Dans ces cas-là, le secrétariat doit informer le GT BDTFX et désigner un expert au sein du groupe ou à l'extérieur de celui-ci, si nécessaire, pour approfondir le sujet. Aucune modification ne sera faite dans la BDTFX avant réception de la réponse de l'expert désigné. Après réponse de l'expert désigné, celle-ci doit être soumise pour validation à l'ensemble du groupe. Le choix de l'expert est fait par le secrétariat après concertation des membres du groupe et information du Comité de pilotage qui peut s'opposer. Cet expert doit être un scientifique reconnu en la matière. Les différents majeurs qui n'auraient pas pu être tranchés dans le cadre du GT BDTFX sont soumis au Comité de pilotage pour arbitrage sur la forme et non sur le fond.
Les modifications reportées dans la BDTFX sont visibles à tout moment par l'ensemble du groupe via une interface web de consultation sur le site de Tela Botanica. Toutefois, cette version de travail ne pourra pas être téléchargée publiquement.