Retour : Page principale
Le Ministre d’État, ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer (MEEDDM) a confié au Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) le soin de mettre à disposition du public, dans le cadre du SINP, le référentiel national TAXREF concernant le territoire métropolitain et l'Outre-Mer.
Dans le cadre d’une CONVENTION PLURIANNUELLE, le MNHN et le MEEDDM s'associent avec la Fédération des conservatoires botaniques nationaux (FCBN) et l’association Tela Botanica pour élaborer les RÉFÉRENTIELS PARTIELS de la flore et de la fonge pour le territoire métropolitain et l'Outre-Mer.
1.2.1 Objectif général (TAXREF)
L'objectif de ce projet est de mettre à disposition de la communauté scientifique, des acteurs de la connaissance, des services de l’état et des collectivités et des gestionnaires, ainsi que de la communauté naturaliste, un référentiel nomenclatural et taxonomique complet de la faune, de la flore et de la fonge de France leur permettant d'agréger et d’échanger des informations sur la base d'un référentiel commun validé collégialement. Ce référentiel doit notamment servir de base pour permettre d'agréger les données servant de support au déploiement des politiques publiques au niveau régional, national et international.
Cela implique :
L'organisation développée pour l'élaboration et la mise à jour de TAXREF est placée sous la responsabilité scientifique et technique du MNHN. Toutes modifications du contenu de TAXREF concernant la flore et la fonge de France seront réalisées conformément au PROGRAMME RÉFÉRENTIELS.
1.2.2 Objectif du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF
Le PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF consiste à élaborer et mettre à jour des BASES DE DONNÉES NOMENCLATURALES ET TAXONOMIQUES (BDNT) propres à chaque groupe taxonomique et géographique concerné. La maîtrise d'œuvre de ce PROGRAMME est assurée par Tela Botanica.
Des RÉFÉRENTIELS PARTIELS seront extraits de ces BDNT pour être intégrés en fin de processus dans la base de données TAXREF du MNHN.
La constitution des groupes d’experts contributeurs est échelonnée selon un calendrier proposé par le comité de pilotage du PROGRAMME. Ce calendrier définit les objectifs à atteindre pour chaque RÉFÉRENTIEL PARTIEL : élaboration, mise à jour, livraison.
BASES DE DONNÉES NOMENCLATURALES ET TAXONOMIQUES (BDNT) : base de données de travail d'un groupe d'experts. Une BDNT contient : le fichier source retenu comme base de travail mis en conformité selon le format du MANUEL TECHNIQUE, complété par les données relatives à la traçabilité des modifications et accompagné de métadonnées. cCes bases de données relatives à la flore et la fonge de France, (dénommées BASES DE CONNAISSANCES dans la CONVENTION) sont élaborées et mises à jour par des experts spécialisés par ensemble taxonomique et zone géographique. Le travail de ces experts est conduit dans le cadre de groupes coordonnés par Tela Botanica. Les groupes arrêtent de façon périodique des versions numérotées et datées de leurs travaux. Ces BDNT nécessitent la collecte de données objectives et exhaustives, comme les sources bibliographiques, les synonymes taxonomiques et nomenclaturaux connus, ainsi qu'une appréciation collégiale sur la position des taxons en fonction de l'état de la connaissance. Ces bases seront disponibles en ligne sur le site de Tela Botanica, à titre consultatif.
RÉFÉRENTIELS PARTIELS : sous-ensembles extraits par Tela Botanica des BDNT ne prenant en compte qu’un groupe taxonomique et/ou une zone géographique contenant les informations nécessaires à TAXREF conformément aux besoins du SPN. Leurs intégrations dans TAXREF fait l’objet d’un processus de validation dans le cadre de la commission scientifique du SINP animée par le MNHN.
NOTA : Lors de l'intégration des référentiels partiels dans TAXREF, le SPN affecte un identifiant numérique unique pour chaque nom (CD_NOM) qui est le code officiel. L'identifiant numérique unique affecté par Tela lors de la constitution des BDNT est nécessairement différent. Le SPN générera une table de correspondance entre ces deux identifiants numériques.
Un Comité de pilotage pour la mise en œuvre de la CONVENTION PLURIANNUELLE quadripartite est institué et comprend les parties signataires.
Mission : le Comité de pilotage du PROGRAMME a pour mission de s’assurer du bon fonctionnement du dispositif global d'élaboration des RÉFÉRENTIELS PARTIELS pour la flore et la fonge de France. Il s’assure notamment de l’adéquation des moyens mis en œuvre avec les objectifs et de l’harmonisation des protocoles de transfert des données entre Tela Botanica et le MNHN. Il valide le calendrier et définit les moyens nécessaires à l’accomplissement du PROGRAMME.
Composition : il est composé par :
Tela Botanica désigne un coordinateur pour l’ensemble du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF qui sera l'interlocuteur unique avec le MNHN. Il pourra participer aux instances de validation du SINP pour l'ensemble des RÉFÉRENTIELS PARTIELS.
Fonctionnement : le fonctionnement du comité de pilotage est défini par la CONVENTION qui lie les partenaires entre eux.
Composition: il est composé par :
Les membres du Comité technique ont tous signé la « CHARTE DE PARTICIPATION » au PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF en indiquant leur structure d’appartenance.
Fonctionnement : son animation est assurée par Tela Botanica. Compte tenu du grand nombre de ses membres et de la nécessité de régler les problèmes au fil de l’eau à la demande des groupes d’experts, il fonctionnera à distance, argumentera et prendra ses décisions par voie électronique. Tela Botanica met à disposition un espace de travail collaboratif comprenant une liste de discussion avec archivage des échanges, un porte-documents et un wiki pour élaborer et consulter l'ensemble des informations.
Cet espace de travail web est accessible aux membres désignés après inscription au projet PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF.
En cas de litige les décisions seront prises si possible par recherche d’un consensus, et en cas d’échec par majorité des deux tiers.
Les personnes qui sans ĂŞtre experts souhaitent suivre les travaux de ces groupes pour y apporter des contributions, avis, remarques ou questions pourront s'inscrire en tant qu'observateurs.
L’auteur principal du référentiel est la personne ayant contribué de façon majeure à sa réalisation, avec le cas échéant la mention des auteurs antérieurs.
Le coordinateur peut-être l’auteur principal du référentiel ou une autre personne désignée au sein du groupe, chaque groupe définissant l'organisation qui lui convient le mieux au regard des objectifs à atteindre.
Le coordinateur du groupe d'experts et l'auteur principal sont chargés de :
Les experts sont chargés de :
Les experts sont admis comme contributeurs lorsqu’ils signent la « CHARTE DE PARTICIPATION » et leur nom sera cité s’ils en acceptent la publication.
Les travaux menés par les groupes d'experts prennent en compte les initiatives internationales en matière de référentiels taxonomiques en s’assurant de la cohérence du travail développé. Les choix nomenclaturaux sont effectués en conformité avec les règles du dernier Code international de nomenclature botanique (code dit de Vienne, Autriche – 2006, et suivants). Ils prennent en compte de manière concertée les publications récentes faisant référence (flores, monographies, articles scientifiques…).
Ces espaces de travail web sont accessibles, après inscription au groupe taxonomique et/ou géographique concerné, à l'adresse suivante :
http://www.tela-botanica.org/page:liste_projets?projet_affichage=expert
Les échanges et les prises de décisions au sein de chaque groupe d’experts se feront grâce à la liste de discussion dédiée permettant ainsi l'archivage des débats. Le flux RSS du wiki du groupe permet d'être informé des modifications apportées.
Le groupe de travail se concentrera sur l'ajout et la modification de contenu des BDNT. Deux types de modification sont à considérer :
Les réactions du groupe seront collectées par le coordinateur qui en fait une synthèse et une restitution sur la liste de discussion. Toute proposition soumise à laquelle il n'y aura aucune réaction au bout de trois semaines sera considérée comme approuvée par le groupe.
Le coordinateur peut également interpeller le Comité technique pour recueillir son avis.
Les divergences au sein du groupe d'experts peuvent être dues à une lacune scientifique ou à une controverse. Dans ces cas-là , le coordinateur doit informer le groupe et désigner un expert au sein du groupe ou à l'extérieur de celui-ci, si nécessaire, pour approfondir le sujet. Aucune modification ne sera faite dans la BDNT avant réception de la réponse de l'expert désigné. La réponse de l'expert désigné doit être soumise pour information à l'ensemble du groupe. Le choix de l'expert est donc important dans ce processus. Ce choix est fait par le coordinateur après concertation auprès des membres du groupe et information du Comité technique. Cet expert doit être un scientifique reconnu en la matière ; il peut être français ou étranger.
Les différents majeurs qui n'auraient pas pu être tranchés dans le cadre du groupe sont soumis au Comité Technique pour que celui-ci arbitre, identifie les ressources nécessaires ou les instances devant lesquelles porter ces divergences.
Les modifications reportées dans la BDNT seront visibles à tout moment par l'ensemble du groupe via une interface web de consultation sur le site de Tela Botanica. Cette version de travail sera également disponible sur demande auprès du coordinateur du groupe. Toutefois, cette version de travail ne pourra être ni publiée ni diffusée publiquement.
Les BDNT élaborées par les groupes d’experts sont vérifiées techniquement par Tela Botanica qui en extrait les RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux besoins du SPN. Les RÉFÉRENTIELS PARTIELS seront accompagnés de fichiers « DIFFÉRENTIEL » indiquant uniquement les modifications effectuées par rapport aux versions précédentes. Ces fichiers normés seront accompagnés de fichiers « MÉTADONNÉES » (date, versions, collaborations, etc.). Ces trois fichiers seront transmis au SPN par voie électronique.
Le MNHN consolide au niveau national les RÉFÉRENTIELS PARTIELS et en assure la cohérence. En conséquence, il pourra être amené à identifier des incompatibilités (noms retenu dans un cas, synonyme dans l'autre, etc) dont il informera Tela Botanica pour transmission aux groupes d'experts.
Le MNHN organise ensuite la validation de la nouvelle version de TAXREF selon les conditions Ă©tablies par la coordination scientifique du SINP.
Au bout d'un temps donné, à définir pour chaque groupe en relation avec le Comité de pilotage du PROGRAMME, le groupe produira une version N+1 de la BDNT. Cette version sera vérifiée techniquement par Tela Botanica qui en extrait le RÉFÉRENTIEL PARTIEL N+1 et le fichier « DIFFÉRENTIEL N+1 ».
Tels que définis dans le « MANUEL TECHNIQUE », les RÉFÉRENTIELS PARTIELS, les fichiers « DIFFÉRENTIEL » et les fichiers « MÉTADONNÉES » envoyés au MNHN se présenteront sous la forme de fichiers texte tabulés. Les versions de ces fichiers seront clairement référencées.
« nom(s) du(des) auteur(s) principal(aux) ». Référentiel de « nom du groupe taxonomique concerné » de « nom de l’aire géographique concernée » réalisé dans le cadre d’une convention entre le Ministère chargé de l’écologie, le MNHN, la FCBN et Tela Botanica qui en a assuré la compilation, en partenariat avec « nom(s) de(s) l'institution(s) concernée(s) ». Version « numéro de la version » du « date de livraison du référentiel partiel au SPN », validée par le SINP le « date de validation par le SINP ».
Exemple : Michel Kerguélen et Benoît Bock. Référentiel de la flore vasculaire de France métropolitaine réalisé dans le cadre d’une convention entre le Ministère chargé de l’écologie, le MNHN, la FCBN et Tela Botanica qui en a assuré la compilation, en partenariat avec la Société botanique de France et la Société française d’orchidophilie. Version 6, du 30 novembre 2011, validée par le SINP le 1er décembre 2012.
MÉTHODOLOGIE DE TRAVAIL DES GROUPES EN CHARGE D'UN RÉFÉRENTIEL FLORE OU FONGE
1. Contexte et objectifs
1.1 Contexte
La mise en place opérationnelle du SINP (Système d’information sur la nature et les paysages) ne peut se faire sans la mise à disposition de l’ensemble de la communauté naturaliste de référentiels reconnus, validés, uniques et partagés par tous. Ils doivent être développés et mis à jour selon des procédures maîtrisées en associant les principaux experts concernant les différents groupes étudiés. Ils doivent par ailleurs s’intégrer aux initiatives internationales menées sur ce thème.Le Ministre d’État, ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer (MEEDDM) a confié au Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) le soin de mettre à disposition du public, dans le cadre du SINP, le référentiel national TAXREF concernant le territoire métropolitain et l'Outre-Mer.
Dans le cadre d’une CONVENTION PLURIANNUELLE, le MNHN et le MEEDDM s'associent avec la Fédération des conservatoires botaniques nationaux (FCBN) et l’association Tela Botanica pour élaborer les RÉFÉRENTIELS PARTIELS de la flore et de la fonge pour le territoire métropolitain et l'Outre-Mer.
1.2 Objectifs
1.2.1 Objectif général (TAXREF)
L'objectif de ce projet est de mettre à disposition de la communauté scientifique, des acteurs de la connaissance, des services de l’état et des collectivités et des gestionnaires, ainsi que de la communauté naturaliste, un référentiel nomenclatural et taxonomique complet de la faune, de la flore et de la fonge de France leur permettant d'agréger et d’échanger des informations sur la base d'un référentiel commun validé collégialement. Ce référentiel doit notamment servir de base pour permettre d'agréger les données servant de support au déploiement des politiques publiques au niveau régional, national et international.
Cela implique :
-  de dresser une liste des taxons présents en France (métropole et Outre-Mer)
- dÂ’arrĂŞter un rang et une position pour chacun de ces taxons
- de retenir un et un seul nom scientifique valide, légitime, pour chacun de ces taxons en accord avec les règles des derniers codes internationaux de nomenclature
- dÂ’Ă©tablir la synonymie des noms de ces taxons (synonymes nomenclaturaux et taxonomiques)
- d’attribuer un nom français d’usage préférentiel à chacun de ces taxons, et éventuellement d'autres noms vernaculaires en usage
- de gérer les évolutions taxonomiques et nomenclaturales de ces taxons
- de permettre une interopérabilité entre les bases de données qui utilisent ce référentiel notamment en fournissant un code unique pour chacun des taxons français.
L'organisation développée pour l'élaboration et la mise à jour de TAXREF est placée sous la responsabilité scientifique et technique du MNHN. Toutes modifications du contenu de TAXREF concernant la flore et la fonge de France seront réalisées conformément au PROGRAMME RÉFÉRENTIELS.
1.2.2 Objectif du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF
Le PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF consiste à élaborer et mettre à jour des BASES DE DONNÉES NOMENCLATURALES ET TAXONOMIQUES (BDNT) propres à chaque groupe taxonomique et géographique concerné. La maîtrise d'œuvre de ce PROGRAMME est assurée par Tela Botanica.
Des RÉFÉRENTIELS PARTIELS seront extraits de ces BDNT pour être intégrés en fin de processus dans la base de données TAXREF du MNHN.
1.3 Le PROGRAMME RÉFÉRENTIELS flore et fonge de France
Les groupes de travail prévus dans le cadre de ce programme concernent :-  les trachéophytes (flore vasculaire)
- les bryophytes
- les lichens
- les champignons supérieurs
- les macro-algues marines et dÂ’eau douce
- la France métropolitaine et la Corse,
- l’Océan Indien (îles de la Réunion, de Mayotte et Éparses),
- les Caraïbes (Guadeloupe, Martinique, St Martin, St Barthélémy, Guyane),
- l’Océan Pacifique (Nouvelle-Calédonie, Polynésie française, Wallis-et-Futuna),
- les Terres australes et antarctiques françaises (TAAF),
- St Pierre-et-Miquelon.
La constitution des groupes d’experts contributeurs est échelonnée selon un calendrier proposé par le comité de pilotage du PROGRAMME. Ce calendrier définit les objectifs à atteindre pour chaque RÉFÉRENTIEL PARTIEL : élaboration, mise à jour, livraison.
2. DĂ©finitions
TAXREF : référentiel taxonomique de la faune et de la flore de métropole et de l'Outre-Mer mis en œuvre et diffusé par le Service du Patrimoine Naturel (SPN) MNHN dans le cadre du SINP. Ce référentiel est unique pour la France ; il sert de référence pour les dispositifs réglementaires et la gestion des données dans le cadre des politiques publiques. Il est consultable en ligne et téléchargeable sur le site internet de l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) géré par le MNHN. http://inpn.mnhn.frBASES DE DONNÉES NOMENCLATURALES ET TAXONOMIQUES (BDNT) : base de données de travail d'un groupe d'experts. Une BDNT contient : le fichier source retenu comme base de travail mis en conformité selon le format du MANUEL TECHNIQUE, complété par les données relatives à la traçabilité des modifications et accompagné de métadonnées. cCes bases de données relatives à la flore et la fonge de France, (dénommées BASES DE CONNAISSANCES dans la CONVENTION) sont élaborées et mises à jour par des experts spécialisés par ensemble taxonomique et zone géographique. Le travail de ces experts est conduit dans le cadre de groupes coordonnés par Tela Botanica. Les groupes arrêtent de façon périodique des versions numérotées et datées de leurs travaux. Ces BDNT nécessitent la collecte de données objectives et exhaustives, comme les sources bibliographiques, les synonymes taxonomiques et nomenclaturaux connus, ainsi qu'une appréciation collégiale sur la position des taxons en fonction de l'état de la connaissance. Ces bases seront disponibles en ligne sur le site de Tela Botanica, à titre consultatif.
RÉFÉRENTIELS PARTIELS : sous-ensembles extraits par Tela Botanica des BDNT ne prenant en compte qu’un groupe taxonomique et/ou une zone géographique contenant les informations nécessaires à TAXREF conformément aux besoins du SPN. Leurs intégrations dans TAXREF fait l’objet d’un processus de validation dans le cadre de la commission scientifique du SINP animée par le MNHN.
NOTA : Lors de l'intégration des référentiels partiels dans TAXREF, le SPN affecte un identifiant numérique unique pour chaque nom (CD_NOM) qui est le code officiel. L'identifiant numérique unique affecté par Tela lors de la constitution des BDNT est nécessairement différent. Le SPN générera une table de correspondance entre ces deux identifiants numériques.
3. Organisation
3.1 La Coordination scientifique du SINP
Elle s'assure du respect des différentes procédures d'élaboration des nouveaux référentiels. Le MNHN en assure le secrétariat.3.2 Le Comité de pilotage du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF
Un Comité de pilotage pour la mise en œuvre de la CONVENTION PLURIANNUELLE quadripartite est institué et comprend les parties signataires.
Mission : le Comité de pilotage du PROGRAMME a pour mission de s’assurer du bon fonctionnement du dispositif global d'élaboration des RÉFÉRENTIELS PARTIELS pour la flore et la fonge de France. Il s’assure notamment de l’adéquation des moyens mis en œuvre avec les objectifs et de l’harmonisation des protocoles de transfert des données entre Tela Botanica et le MNHN. Il valide le calendrier et définit les moyens nécessaires à l’accomplissement du PROGRAMME.
Composition : il est composé par :
- le Ministère de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer
- le Muséum national d’histoire naturel (Service du patrimoine naturel)
- la Fédération des conservatoires botaniques nationaux
- lÂ’Association Tela Botanica
Tela Botanica désigne un coordinateur pour l’ensemble du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF qui sera l'interlocuteur unique avec le MNHN. Il pourra participer aux instances de validation du SINP pour l'ensemble des RÉFÉRENTIELS PARTIELS.
Fonctionnement : le fonctionnement du comité de pilotage est défini par la CONVENTION qui lie les partenaires entre eux.
3.3 Le Comité technique du PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF
Mission : le Comité technique du PPROGRAMME a pour rôle d'identifier et de fixer les règles qui encadrent le travail des groupes d'experts et d’assurer le suivi des travaux sur le plan technique ; le niveau scientifique est traité au sein des groupes d’experts. En cas de divergences entre les groupes d'experts, le Comité assure la médiation pour trouver une solution concertée. Il formule des recommandations à l’intention des différents groupes d’experts. Il conseille le Comité de pilotage pour les décisions concernant l’ensemble du PPROGRAMME de travail, ce dernier restant souverain pour les décisions qui lui incombent.Composition: il est composé par :
- les membres du Comité de pilotage ou leurs représentants
- le coordinateur du PROGRAMME
- le coordinateur et l'auteur principal de chacun des groupes d’experts constitués
- un représentant des sociétés savantes impliquées dans la réalisation des référentiels
- un représentant scientifiquement pertinent de chacune des institutions utilisatrices majeures des référentiels (ONF, IFN, CBNs…)
- deux représentants du Conseil Scientifique et Technique de Tela Botanica (le CST de Tela Botanica intervient de façon totalement indépendante de l'équipe opérationnelle chargée du pilotage et de la coordination du PROGRAMME).
Les membres du Comité technique ont tous signé la « CHARTE DE PARTICIPATION » au PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF en indiquant leur structure d’appartenance.
Fonctionnement : son animation est assurée par Tela Botanica. Compte tenu du grand nombre de ses membres et de la nécessité de régler les problèmes au fil de l’eau à la demande des groupes d’experts, il fonctionnera à distance, argumentera et prendra ses décisions par voie électronique. Tela Botanica met à disposition un espace de travail collaboratif comprenant une liste de discussion avec archivage des échanges, un porte-documents et un wiki pour élaborer et consulter l'ensemble des informations.
Cet espace de travail web est accessible aux membres désignés après inscription au projet PROGRAMME RÉFÉRENTIELS-FF.
En cas de litige les décisions seront prises si possible par recherche d’un consensus, et en cas d’échec par majorité des deux tiers.
4. Les groupes d'experts
4.1 Mission
Les groupes d'experts sont chargés de l’élaboration et de la mise à jour des différentes BDNT en respectant le protocole défini dans le « MANUEL TECHNIQUE » pour l’élaboration des BDNT.4.2 Composition
Chaque groupe d'experts est composé de spécialistes du domaine concerné reconnus par la communauté scientifique. Leur nombre n’est pas limité à priori. La constitution de ces groupes prendra appui sur les sociétés savantes existantes, les associations et institutions naturalistes, les groupes de recherches des universités, les organismes reconnus pour leurs compétences en la matière et les amateurs compétents et mobilisés sur le sujet.Les personnes qui sans être experts souhaitent suivre les travaux de ces groupes pour y apporter des contributions, avis, remarques ou questions pourront s'inscrire en tant qu'observateurs.
4.3 DĂ©finition des rĂ´les
Chaque groupe d’experts est animé par un coordinateur chargé d'animer et d'organiser l'élaboration et la mise à jour de la BDNT dont il a la responsabilité en fonction des décisions qui sont adoptées par le groupe, sous la responsabilité de l'auteur principal du référentiel.L’auteur principal du référentiel est la personne ayant contribué de façon majeure à sa réalisation, avec le cas échéant la mention des auteurs antérieurs.
Le coordinateur peut-être l’auteur principal du référentiel ou une autre personne désignée au sein du groupe, chaque groupe définissant l'organisation qui lui convient le mieux au regard des objectifs à atteindre.
Le coordinateur du groupe d'experts et l'auteur principal sont chargés de :
- animer les débats scientifiques
- récolter les avis des observateurs et des utilisateurs et soumettre les plus pertinents au groupe d'experts
- modérer la liste de discussion et faire la synthèse des débats
- organiser la saisie des modifications
- organiser les échanges avec l'expert désigné en cas d'absence de consensus (cf. chap. 4.4)
- archiver les références bibliographiques pour chaque modification sensible
- interpeller, si besoin, le Comité technique
- assurer la diffusion de la « CHARTE DE PARTICIPATION » et des documents « MÉTHODOLOGIE DE TRAVAIL » et « MANUEL TECHNIQUE » pour l’élaboration des BDNT auprès des experts du groupe.
Les experts sont chargés de :
- débattre des difficultés d’ordre nomenclatural et taxonomique
- participer à la veille scientifique sur les publications pouvant impliquer des révisions nomenclaturales et taxonomiques
- participer activement à la réflexion et à l'échange de points de vue dans le but d'arriver à un avis le plus pertinent possible en l'état de la connaissance.
Les experts sont admis comme contributeurs lorsqu’ils signent la « CHARTE DE PARTICIPATION » et leur nom sera cité s’ils en acceptent la publication.
Les travaux menés par les groupes d'experts prennent en compte les initiatives internationales en matière de référentiels taxonomiques en s’assurant de la cohérence du travail développé. Les choix nomenclaturaux sont effectués en conformité avec les règles du dernier Code international de nomenclature botanique (code dit de Vienne, Autriche – 2006, et suivants). Ils prennent en compte de manière concertée les publications récentes faisant référence (flores, monographies, articles scientifiques…).
4.4 Fonctionnement
Chaque groupe est assisté par le coordinateur du PROGRAMME désigné par Tela Botanica qui met à leur disposition les moyens techniques nécessaires à la réalisation de leur travail : bases de données, formation aux outils, espace de travail collaboratif. Cet espace de travail comprend une liste de discussion, un porte-documents et un wiki pour contribuer et consulter l'ensemble des informations.Ces espaces de travail web sont accessibles, après inscription au groupe taxonomique et/ou géographique concerné, à l'adresse suivante :
http://www.tela-botanica.org/page:liste_projets?projet_affichage=expert
Les échanges et les prises de décisions au sein de chaque groupe d’experts se feront grâce à la liste de discussion dédiée permettant ainsi l'archivage des débats. Le flux RSS du wiki du groupe permet d'être informé des modifications apportées.
Le groupe de travail se concentrera sur l'ajout et la modification de contenu des BDNT. Deux types de modification sont à considérer :
- les modifications légères (changements orthographiques conformément au code de la nomenclature) ne sont pas sensibles. Ces modifications seront apportées et répertoriées par le coordinateur du groupe.
- les modifications lourdes (ajouts de taxons, changements taxonomiques,…) sont sensibles. Pour permettre l'efficacité de la prise de décisions, elles seront soumises à l'ensemble du groupe via la liste de discussion dans un message attirant l'attention des participants. Si besoin, elles seront accompagnées de références bibliographiques ou des sources (documents scientifiques faisant référence, révision exhaustive d'un groupe, ouvrages utilisés par la majorité des botanistes d'une région donnée, base de données à dimension internationale, avis d’experts) expliquant ce choix ainsi que d'un argumentaire.
Les réactions du groupe seront collectées par le coordinateur qui en fait une synthèse et une restitution sur la liste de discussion. Toute proposition soumise à laquelle il n'y aura aucune réaction au bout de trois semaines sera considérée comme approuvée par le groupe.
Le coordinateur peut également interpeller le Comité technique pour recueillir son avis.
Les divergences au sein du groupe d'experts peuvent être dues à une lacune scientifique ou à une controverse. Dans ces cas-là , le coordinateur doit informer le groupe et désigner un expert au sein du groupe ou à l'extérieur de celui-ci, si nécessaire, pour approfondir le sujet. Aucune modification ne sera faite dans la BDNT avant réception de la réponse de l'expert désigné. La réponse de l'expert désigné doit être soumise pour information à l'ensemble du groupe. Le choix de l'expert est donc important dans ce processus. Ce choix est fait par le coordinateur après concertation auprès des membres du groupe et information du Comité technique. Cet expert doit être un scientifique reconnu en la matière ; il peut être français ou étranger.
Les différents majeurs qui n'auraient pas pu être tranchés dans le cadre du groupe sont soumis au Comité Technique pour que celui-ci arbitre, identifie les ressources nécessaires ou les instances devant lesquelles porter ces divergences.
Les modifications reportées dans la BDNT seront visibles à tout moment par l'ensemble du groupe via une interface web de consultation sur le site de Tela Botanica. Cette version de travail sera également disponible sur demande auprès du coordinateur du groupe. Toutefois, cette version de travail ne pourra être ni publiée ni diffusée publiquement.
4.5 Procédure d'élaboration et de mise à jour des BDNT
Afin d'assurer leur interopérabilité, les BDNT sont produites selon un format type défini dans le document « MANUEL TECHNIQUE » rédigé par Tela Botanica et le SPN.Les BDNT élaborées par les groupes d’experts sont vérifiées techniquement par Tela Botanica qui en extrait les RÉFÉRENTIELS PARTIELS, conformément aux besoins du SPN. Les RÉFÉRENTIELS PARTIELS seront accompagnés de fichiers « DIFFÉRENTIEL » indiquant uniquement les modifications effectuées par rapport aux versions précédentes. Ces fichiers normés seront accompagnés de fichiers « MÉTADONNÉES » (date, versions, collaborations, etc.). Ces trois fichiers seront transmis au SPN par voie électronique.
Le MNHN consolide au niveau national les RÉFÉRENTIELS PARTIELS et en assure la cohérence. En conséquence, il pourra être amené à identifier des incompatibilités (noms retenu dans un cas, synonyme dans l'autre, etc) dont il informera Tela Botanica pour transmission aux groupes d'experts.
Le MNHN organise ensuite la validation de la nouvelle version de TAXREF selon les conditions Ă©tablies par la coordination scientifique du SINP.
Au bout d'un temps donné, à définir pour chaque groupe en relation avec le Comité de pilotage du PROGRAMME, le groupe produira une version N+1 de la BDNT. Cette version sera vérifiée techniquement par Tela Botanica qui en extrait le RÉFÉRENTIEL PARTIEL N+1 et le fichier « DIFFÉRENTIEL N+1 ».
Tels que définis dans le « MANUEL TECHNIQUE », les RÉFÉRENTIELS PARTIELS, les fichiers « DIFFÉRENTIEL » et les fichiers « MÉTADONNÉES » envoyés au MNHN se présenteront sous la forme de fichiers texte tabulés. Les versions de ces fichiers seront clairement référencées.
4.6 Mentions légales
La diffusion des BDNT par toute entité habilitée à le faire et la publication de TAXREF par le MNHN devront être accompagnées des mentions légales définies de la manière suivante :« nom(s) du(des) auteur(s) principal(aux) ». Référentiel de « nom du groupe taxonomique concerné » de « nom de l’aire géographique concernée » réalisé dans le cadre d’une convention entre le Ministère chargé de l’écologie, le MNHN, la FCBN et Tela Botanica qui en a assuré la compilation, en partenariat avec « nom(s) de(s) l'institution(s) concernée(s) ». Version « numéro de la version » du « date de livraison du référentiel partiel au SPN », validée par le SINP le « date de validation par le SINP ».
Exemple : Michel Kerguélen et Benoît Bock. Référentiel de la flore vasculaire de France métropolitaine réalisé dans le cadre d’une convention entre le Ministère chargé de l’écologie, le MNHN, la FCBN et Tela Botanica qui en a assuré la compilation, en partenariat avec la Société botanique de France et la Société française d’orchidophilie. Version 6, du 30 novembre 2011, validée par le SINP le 1er décembre 2012.
4.7 Retours des utilisateurs
Les botanistes qui souhaitent faire des remarques, poser des questions, proposer une correction ou bien participer à la mise à jour des BDNT pourront le faire :- soit en tant qu’observateurs sur la liste de discussion de chaque BDNT,
- soit en envoyant un mail au coordinateur qui se chargera de le faire suivre au groupe d’experts concerné,
- soit en envoyant un message à partir du site de l'INPN ; le MNHN se chargera de transmettre au coordinateur du PROGRAMME toutes les remarques sur les taxons couverts par le présent document.