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Le séminaire aura lieu mercredi 22 juin de 9h30 à 18h30
au Jardin des plantes de Paris (5ème)*,salle Claude Hélène (ex. Baleine 4) bâtiment de la Baleine.
Objet : poursuivre les échanges sur le format des référentiels et le format commun des BDNT.
Participants :
Cécile Lemonnier, bryophytes de métropole
Sophie Gonzalez trachéophytes de Guyane - Excusée
Claudie Pavis, trachéophytes des Antilles - Excusée
Régis Courtecuisse, champignons de métropole
Benoît Bock, trachéophytes de métropole
Vincent Boullet, trachéophytes de la Réunion - Excusé
et Valéry Malécot, spécialiste de la systématique - Excusé
Sandrine Tercerie, TAXREF
Olivier Gargominy, TAXREF
Jean-Pascal Milcent, responsable informatique Tela
Mareva Noel, coordinatrice du Programme
Ordre du jour
- Expliciter l'ensemble des champs des BDNT et discuter notamment du traitement de la synonymie (expliquer en détail les champs ainsi que champ suppl. num_type : identifiant numérique (num_nom) du 1er basionyme appliqué à la planche d'herbier), des noms de cultivars, de la typologie des statuts, d'une classification commune des familles jusqu'au règne.
- Suggestions :
scinder le champ biblio_origine pour indiquer le numéro du tome et de la page dans un autre champ?
ajout d'un champs protologue_url ?
- Discuter les valeurs des tables "validité" et "statuts" de TAXREF
- Premiers retours par le SPN sur le test d'intégration dans TAXREF de la bdtfx livrée le 1er juin au MNHN
- Présentation de l'interface de consultation, tests (exemple Bryo et Réu), MD
Divers : REPORTÉS
- Consolidation des référentiels partiels métropole et outre-mer (traitement du recouvrement de certains taxons
entre les différentes zones géographiques)
- Fiche retour (pour gérer les propositions de correction ou d'addition au sein des groupes d'experts).
--
- Discuter les valeurs des tables "validité" et "statuts" de TAXREF
CR
- Suggestions ajouts de champs :
principe : nombre à minima de champs communs pour exploiter le référentiel
tous les autres champs peuvent être ajoutés selon les besoins de chacun
proposition : lister dans le manuel des champs suppl. identifiés
biblio : posibilité de champs séparés pr les réf qui st comme ça ; ex. numéro du tome et de la page
protologue_url
liste réf. biblio supplr concernant le taxon : nouveau champ biblio_ref (à ajouter dans bdbfx)
- Fiche retour
en attendant formulaire, faire mail auto avec référence du taxon
- Point suivi réf. :
champi (ID) : récupérer fichier de RC et planifier formatage
Antilles : présence : synthétiser info dans champs France
Bryo la Réunion
voir avec VB, attention consolidation avec métrop et Antilles
- présence
dans Taxref correspond à un statut biogéographique car couplée aux informations sur les statuts d'indigénat, culture...etc
- Noms français :
noms scientifiques français travaux spécifiques : attention aux changements car utilisés dans textes de lois pour arrêtés de protection (plutôt réf aux noms latins pour bryo, lichens)
dans TAXREF : source actuelle CBN BP
dans Tela : source JF léger
cas des espèces protégées : ne pas modifier le nom français ?
travaux en cours MNHN / Ministère : en attente de positionnement et recommandations
soumettre remarque sur Rtax : essayer de lister les cas
- Classification commune des familles jusqu'au règne
APG III = réf. pour les trachéo (bien que remonte jusqu'au règne)
pour les bryo : 3 phylum ppx : marchantioph " ", anthocérantoph., ... issus de classif. de " ". Ces 3 phylum correspondent à 3 sous-classes dans APG 3. Donc taxons renseignés jusqu'à ordre classif truc pr marchantio et truc pour les autres, puis rattacher les ordres aux sous-classe APG 3 puis Régne.
pour les réf. trachéo. en cours les coordinateurs s'arrêtent aux familles de APG 3 puis Règne, au-delà APGIII.
pour Champi : règne Fungi.
- Retours par le SPN sur le test d'intégration dans TAXREF de la bdtfx
point direct SPN / BB
Sandrine renvoie liste des pb pour qu'on puisse vérifier les tests
- Champs des BDNT
num nom retenu :
- Si, num_nom_retenu = vide alors l'enregistrement a un statut non établi ; cas des noms sans correspondance.
Remarque : si un doute existe sur le lien entre un synonyme et un nom retenu, utiliser le champ synonyme douteux (cf. §3.1.23).
- nomen nudum : pas de planche type mais description existe donc est un synonyme et nnr rempli
- nomen provisorium : nnr provisoire, champ note rempli et renvoi à une référence biblio mais pas à une publi valide
cad nouveau nom pas encore publié par l'auteur validement : présent dans la version de travail et livré à Taxref (peut inciter l'auteur à publier si pas pris avant par un autre auteur)
- nom redéfini par un auteur
- rmq : à l'affichage d'un nom scientifique tout comm. nomenclaturaux apparait après nom d'auteur entre []
- comb. nov. : en cours de publi par l'auteur du référentiel ou très prochainement publier ok
--> rajouter champ nom add au référentiel partiel
et rajouter pour les nomen provisorium l'info au nom_sci dans le réf. partiel
num_tax_sup
à renseigner que pour les noms retenus
rmq : cas des anamorphes (asexués)
le nr est la forme sexuée au sens du code mais la forme anamorphe peut-être considérée comme "retenue" à l'usage
donc rajoute un champ num_nom_retenu_ana qui fonctionne sur le mm principe que le champ num_nom_retenu mais rempli que pour les anamorphes
attention : voir champ calculé synonymie pour livraison taxref
rang
cas des cultivars
1. BB : rang du nom (esp) et num tax sup nom (esp)
2. VB : pas de rang et num tax sup ?
3. rang cultivar pour les cult., gp... rang 440 (CAR) ajouté pour toutes les plantes cultivées
attention : livrer les rangs en code alpha-numérique pour taxref
rmq : pr les champi : stirpe correspond à série (à préciser ds MT)
hefheif
trema : seul accent autorisé en latin
epithete infra sp
vérifier notation x ou notho
auteur
- sensu est tjrs un synonyme
- Brummit : plus de 33 000 noms
BB a la table des correspondances voir si ça peut servir à RC pour transfo noms complets en noms abrégés
- auct. et auct.non a utiliser le moins possible : point à discuter sur rtax ou lors prochain rencontre
champ suppl. num_type
contient l'identifiant numérique (num_nom) du 1er basionyme appliqué à la planche d'herbier
biblio_origine
standard de l'IPNI
annee
publi effective du support
possibilité rajouter champs année figurant sur le support
nom_addendum
possibilité plusieurs à la suite
renvoyer au numéro art. code concerné dans champ note
synonyme_pro_parte
synonyme pro parte dont l'autre (ou les autres) partie(s) n'est pas clairement identifiée : utiliser les comm. nomcl.
se rapporte à un taxon absent du référentiel : indiquer absent dans le champ présence
cas des autonymes
cf CR du 23 mars
à ajouter dasn MT en 3.6
synonyme_orthographique
- Pour les graphies non-conformes au code de nomenclature et aux règles du latin botanique, faisant l'objet d'une correction orthographique obligatoire, ne font pas l'objet de synonymes. Mais la graphie originelle est indiquée dans un champ dédié. à rajouter. cad pas de publi mais correction obligatoire
- autre exemple correspond à l'usage du champ syn_ortho du MT cad autre nom qui est présent dans le référentiel et renvoie à une publi
nom_add
nomen alternativum : vérifier définition dans le code
homonyme
champ à remplir
homonyme européen à maintenir en indiquant absent de France
--
- Point suivi réf. :
champi (ID) : récupérer fichier de RC et planifier formatage
Antilles : chorologie : synthétiser info dans champs France
Point Bryo la Réunion avec VB : attention consolidation
- Revoir valeurs tableau des rangs entre MT et TAXREF
- Tela partenaire INPN
- Ajout de champs supplémentaires dans phpMyAdmin : pour les chiffres type INT ; pour les textes type VARCHAR (indiquer le nombre de caractères, au-delà de 500 type TEXT)
--
faire un point TAXREF web
--
Mail Vincent Boullet
Le transfert des données de l'Index de la flore vasculaire de la Réunion dans le
référentiel BDNT pose différents problèmes qui ont pour la plupart été résolus. Ils
ont donné lieu à des développements informatiques spécifiques permettant le passage
automatique de l'un vers l'autre.
D'une manière générale, les champs de la BDNT résultent de choix techniques qui
priment parfois sur la limpidité conceptuelle des contenus d'information (gestion
par exemple de la synonymie, des hybrides...) mais dont l'exploitation permet a
priori la restitution scientifique attendue. Je ne les discuterai donc pas, même
s'ils ont considérablement compliqué notre tâche.
Un certain nombre de problèmes subsistent, nous les abordons à la suite.
rang : la gestion des rangs attribués aux cultivars et groupes de cultivar n'est
guère compréhensible, puisqu'en l'absence d'un code propre à ces rangs de la
nomenclature (je ne comprends pas bien pourquoi), on leur attribue le rang du taxon
immédiatement supérieur auxquels ils se rattachent. Il ne s'agit donc pas de leur
propre rang mais du rang du taxon supérieur.
Par exemple, Prunus cerasifera 'Pissardii' est un nom de cultivar sous nomenclature
horticole, mais dont l'équivalent en nomenclature est Prunus cerasifera f. pissardii
(Carrière) Koehne (parfois élevé au rang de variété : var. pissardii (Carrière)
L.H.Bailey.
Il est aberrant d'attribuer un rang d'espèce à ce cultivar dont le rang botanique ne
dépasse pas celui de la variété !
En conclusion, nous n'avons pas attribué de rang aux cultivars et groupes de cultivar.
bien le choix technique de non utilisation des "nsubsp." (ou nothosubsp.), "nvar.",
etc. au profit d'une écriture artificielle de ces infrataxons avec des " x ".
auteur : la gestion des pseudonymes (synonymes mal appliqués) doit être complétée.
Il ne s'agit pas seulement de "sensu" mais, le plus souvent, de "auct." qui permet
de globaliser les parfois nombreux "sensu" ayant le m^me sens synonymique. C'est ce
que font tous les grands référentiels internationaux et c'est le principe retenu par
l'Index de la flore vasculaire de la Réunion.
Attention, dans les exemples cités, un espace a été conservé entre les initiales de
prénom et les noms d'auteur.
biblio_origine : la structure du champ est organisée de manière multivariée (avec
séparateurs techniques), aboutissant à une lecture inhabituelle des citations
bibliographiques. C'est un choix, mais qui ne me paraît pas prendre en compte
toutes les situations : par exemples, les cas des séries, des planches et des
figures. Le texte doit donc être précisé.
Par ailleurs, le standard retenu des noms des publications doit être précisé. Pour
l'Index de la flore vasculaire de la Réunion, il s'agit du standard de l'IPNI.
règle : l'abréviation de la première édition de "Species Plantarum" est "Sp. Pl." et
non "Sp. Pl., éd. 1" de plus écrit avec un accent sur "ed.").
basionyme : la gestion actuelle ne permet pas un traitement clair des synonymies
homotypique et hétérotypique. Par exemple : Dracaena marginata Aiton est un synonyme
nomenclatural (basé sur le même type : Commerson s.n. [P-LA, holotype]) de "Aloe
purpurea Lam.". Son homotypie ne peut être retracée dans le gestion actuelle. Il en
est ainsi également de tous les noms alternatifs, basés sur le même type.
--> résolu par ajout champ num_type
ce champ doit être complété, par exemple pour un synonyme pro parte dont l'autre (ou
les autres) partie(s) n'est pas clairement identifiée dans la littérature ou se
rapporte à un taxon absent du référentiel.
synonyme_orthographique : il faut préciser le registre des variants orthographiques
entrant dans le référentiel.
Pour l'Index de la flore vasculaire de la Réunion, les graphies non-conformes au
code de nomenclature et aux règles du latin botanique, faisant l'objet d'une
correction orthographique obligatoire, n'ont pas fait l'objet de synonymes. Mais la
graphie originelle est indiquée dans un champ dédié.
Exemple : " salicisfolia " est la graphie originelle utilisée dans la publication de
"Andromeda salicifolia Comm. ex Lam." ; il n'y a pas de création de synonyme
orthographique dans l'Index, "Andromeda saliscifolia Comm. ex Lam.", mais mention de
la graphie originelle dans un champ dédié "Orthographe originelle".
Autre exemple : Lindley, in Bot. Reg. 10 : t. 817 (1824), publie un nouveau genre
"Aeranthes" mais qu'il écrira plus tard, dans Gen. Sp. Orchid. Pl. : 243 (1833),
"Aeranthus". Les deux formes sont correctes, la seconde étant un synonyme
orthographique illégitime, et qui a fait l'objet d'une introduction dans l'index.
nom_francais : il serait préférable de clarifier ce qu'on attend. S'il s'agit d'un
nom français standard, il devrait être unique. Ou alors en cas de champ multivarié,
il faut considérer que le premier nom est le nom standard, les suivants appartenant
à un registre complémentaire de noms vernaculaires. Pour la BDNT de la Réunion, seul
le nom français standard (proposé) est fourni.
Les champs "présence", "statut_origine", "statut_introduction" et "statut_culture"
sont issus du PLANT OCCURRENCE AND STATUS SCHEME (POSS TDWG) et les valeurs
natives de ces différents champs internationaux sont cohérentes et pragmatiques,
même si ces approches sont assez éloignées d'approches plus modernes des statuts
d'indigénat, d'exogénat et culturaux.
Par contre, l'adjonction de nouvelles valeurs introduit une hétérogénéité de concept
(et des confusions) que je trouve relativement peu pertinente à ce niveau et qui
mériterait d'être traitée dans des champs différents. Par exemple, mélange d'un
statut d'indigénat (dit d'origine) et d'endémicité qui sont d'essences bien
différentes.
Les notions d'endémique et de subendémique ne veulent pas dire grand-chose dans
l'absolu et doivent être précisées dans leur contexte.
Pour l'océan Indien et la Réunion, on distingue au niveau de la région malgache,
trois niveaux d'endémicité : endémicité "stricte" (Réunion), endémicité régionale
(Mascareignes), endémicité macro-régionale (région malgache).
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Le séminaire aura lieu mercredi 22 juin de 9h30 à 18h30
au Jardin des plantes de Paris (5ème)*,salle Claude Hélène (ex. Baleine 4) bâtiment de la Baleine.
Objet : poursuivre les échanges sur le format des référentiels et le format commun des BDNT.
Participants :
Cécile Lemonnier, bryophytes de métropole
Sophie Gonzalez trachéophytes de Guyane - Excusée
Claudie Pavis, trachéophytes des Antilles - Excusée
Régis Courtecuisse, champignons de métropole
Benoît Bock, trachéophytes de métropole
Vincent Boullet, trachéophytes de la Réunion - Excusé
et Valéry Malécot, spécialiste de la systématique - Excusé
Sandrine Tercerie, TAXREF
Olivier Gargominy, TAXREF
Jean-Pascal Milcent, responsable informatique Tela
Mareva Noel, coordinatrice du Programme
Ordre du jour
- Expliciter l'ensemble des champs des BDNT et discuter notamment du traitement de la synonymie (expliquer en détail les champs ainsi que champ suppl. num_type : identifiant numérique (num_nom) du 1er basionyme appliqué à la planche d'herbier), des noms de cultivars, de la typologie des statuts, d'une classification commune des familles jusqu'au règne.
- Suggestions :
scinder le champ biblio_origine pour indiquer le numéro du tome et de la page dans un autre champ?
ajout d'un champs protologue_url ?
- Discuter les valeurs des tables "validité" et "statuts" de TAXREF
- Premiers retours par le SPN sur le test d'intégration dans TAXREF de la bdtfx livrée le 1er juin au MNHN
- Présentation de l'interface de consultation, tests (exemple Bryo et Réu), MD
Divers : REPORTÉS
- Consolidation des référentiels partiels métropole et outre-mer (traitement du recouvrement de certains taxons
entre les différentes zones géographiques)
- Fiche retour (pour gérer les propositions de correction ou d'addition au sein des groupes d'experts).
--
- Discuter les valeurs des tables "validité" et "statuts" de TAXREF
CR
- Suggestions ajouts de champs :
principe : nombre à minima de champs communs pour exploiter le référentiel
tous les autres champs peuvent être ajoutés selon les besoins de chacun
proposition : lister dans le manuel des champs suppl. identifiés
biblio : posibilité de champs séparés pr les réf qui st comme ça ; ex. numéro du tome et de la page
protologue_url
liste réf. biblio supplr concernant le taxon : nouveau champ biblio_ref (à ajouter dans bdbfx)
- Fiche retour
en attendant formulaire, faire mail auto avec référence du taxon
- Point suivi réf. :
champi (ID) : récupérer fichier de RC et planifier formatage
Antilles : présence : synthétiser info dans champs France
Bryo la Réunion
voir avec VB, attention consolidation avec métrop et Antilles
- présence
dans Taxref correspond à un statut biogéographique car couplée aux informations sur les statuts d'indigénat, culture...etc
- Noms français :
noms scientifiques français travaux spécifiques : attention aux changements car utilisés dans textes de lois pour arrêtés de protection (plutôt réf aux noms latins pour bryo, lichens)
dans TAXREF : source actuelle CBN BP
dans Tela : source JF léger
cas des espèces protégées : ne pas modifier le nom français ?
travaux en cours MNHN / Ministère : en attente de positionnement et recommandations
soumettre remarque sur Rtax : essayer de lister les cas
- Classification commune des familles jusqu'au règne
APG III = réf. pour les trachéo (bien que remonte jusqu'au règne)
pour les bryo : 3 phylum ppx : marchantioph " ", anthocérantoph., ... issus de classif. de " ". Ces 3 phylum correspondent à 3 sous-classes dans APG 3. Donc taxons renseignés jusqu'à ordre classif truc pr marchantio et truc pour les autres, puis rattacher les ordres aux sous-classe APG 3 puis Régne.
pour les réf. trachéo. en cours les coordinateurs s'arrêtent aux familles de APG 3 puis Règne, au-delà APGIII.
pour Champi : règne Fungi.
- Retours par le SPN sur le test d'intégration dans TAXREF de la bdtfx
point direct SPN / BB
Sandrine renvoie liste des pb pour qu'on puisse vérifier les tests
- Champs des BDNT
num nom retenu :
- Si, num_nom_retenu = vide alors l'enregistrement a un statut non établi ; cas des noms sans correspondance.
Remarque : si un doute existe sur le lien entre un synonyme et un nom retenu, utiliser le champ synonyme douteux (cf. §3.1.23).
- nomen nudum : pas de planche type mais description existe donc est un synonyme et nnr rempli
- nomen provisorium : nnr provisoire, champ note rempli et renvoi à une référence biblio mais pas à une publi valide
cad nouveau nom pas encore publié par l'auteur validement : présent dans la version de travail et livré à Taxref (peut inciter l'auteur à publier si pas pris avant par un autre auteur)
- nom redéfini par un auteur
- rmq : à l'affichage d'un nom scientifique tout comm. nomenclaturaux apparait après nom d'auteur entre []
- comb. nov. : en cours de publi par l'auteur du référentiel ou très prochainement publier ok
--> rajouter champ nom add au référentiel partiel
et rajouter pour les nomen provisorium l'info au nom_sci dans le réf. partiel
num_tax_sup
à renseigner que pour les noms retenus
rmq : cas des anamorphes (asexués)
le nr est la forme sexuée au sens du code mais la forme anamorphe peut-être considérée comme "retenue" à l'usage
donc rajoute un champ num_nom_retenu_ana qui fonctionne sur le mm principe que le champ num_nom_retenu mais rempli que pour les anamorphes
attention : voir champ calculé synonymie pour livraison taxref
rang
cas des cultivars
1. BB : rang du nom (esp) et num tax sup nom (esp)
2. VB : pas de rang et num tax sup ?
3. rang cultivar pour les cult., gp... rang 440 (CAR) ajouté pour toutes les plantes cultivées
attention : livrer les rangs en code alpha-numérique pour taxref
rmq : pr les champi : stirpe correspond à série (à préciser ds MT)
hefheif
trema : seul accent autorisé en latin
epithete infra sp
vérifier notation x ou notho
auteur
- sensu est tjrs un synonyme
- Brummit : plus de 33 000 noms
BB a la table des correspondances voir si ça peut servir à RC pour transfo noms complets en noms abrégés
- auct. et auct.non a utiliser le moins possible : point à discuter sur rtax ou lors prochain rencontre
champ suppl. num_type
contient l'identifiant numérique (num_nom) du 1er basionyme appliqué à la planche d'herbier
biblio_origine
standard de l'IPNI
annee
publi effective du support
possibilité rajouter champs année figurant sur le support
nom_addendum
possibilité plusieurs à la suite
renvoyer au numéro art. code concerné dans champ note
synonyme_pro_parte
synonyme pro parte dont l'autre (ou les autres) partie(s) n'est pas clairement identifiée : utiliser les comm. nomcl.
se rapporte à un taxon absent du référentiel : indiquer absent dans le champ présence
cas des autonymes
cf CR du 23 mars
à ajouter dasn MT en 3.6
synonyme_orthographique
- Pour les graphies non-conformes au code de nomenclature et aux règles du latin botanique, faisant l'objet d'une correction orthographique obligatoire, ne font pas l'objet de synonymes. Mais la graphie originelle est indiquée dans un champ dédié. à rajouter. cad pas de publi mais correction obligatoire
- autre exemple correspond à l'usage du champ syn_ortho du MT cad autre nom qui est présent dans le référentiel et renvoie à une publi
nom_add
nomen alternativum : vérifier définition dans le code
homonyme
champ à remplir
homonyme européen à maintenir en indiquant absent de France
--
- Point suivi réf. :
champi (ID) : récupérer fichier de RC et planifier formatage
Antilles : chorologie : synthétiser info dans champs France
Point Bryo la Réunion avec VB : attention consolidation
- Revoir valeurs tableau des rangs entre MT et TAXREF
- Tela partenaire INPN
- Ajout de champs supplémentaires dans phpMyAdmin : pour les chiffres type INT ; pour les textes type VARCHAR (indiquer le nombre de caractères, au-delà de 500 type TEXT)
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faire un point TAXREF web
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Mail Vincent Boullet
Le transfert des données de l'Index de la flore vasculaire de la Réunion dans le
référentiel BDNT pose différents problèmes qui ont pour la plupart été résolus. Ils
ont donné lieu à des développements informatiques spécifiques permettant le passage
automatique de l'un vers l'autre.
D'une manière générale, les champs de la BDNT résultent de choix techniques qui
priment parfois sur la limpidité conceptuelle des contenus d'information (gestion
par exemple de la synonymie, des hybrides...) mais dont l'exploitation permet a
priori la restitution scientifique attendue. Je ne les discuterai donc pas, même
s'ils ont considérablement compliqué notre tâche.
Un certain nombre de problèmes subsistent, nous les abordons à la suite.
rang : la gestion des rangs attribués aux cultivars et groupes de cultivar n'est
guère compréhensible, puisqu'en l'absence d'un code propre à ces rangs de la
nomenclature (je ne comprends pas bien pourquoi), on leur attribue le rang du taxon
immédiatement supérieur auxquels ils se rattachent. Il ne s'agit donc pas de leur
propre rang mais du rang du taxon supérieur.
Par exemple, Prunus cerasifera 'Pissardii' est un nom de cultivar sous nomenclature
horticole, mais dont l'équivalent en nomenclature est Prunus cerasifera f. pissardii
(Carrière) Koehne (parfois élevé au rang de variété : var. pissardii (Carrière)
L.H.Bailey.
Il est aberrant d'attribuer un rang d'espèce à ce cultivar dont le rang botanique ne
dépasse pas celui de la variété !
En conclusion, nous n'avons pas attribué de rang aux cultivars et groupes de cultivar.
bien le choix technique de non utilisation des "nsubsp." (ou nothosubsp.), "nvar.",
etc. au profit d'une écriture artificielle de ces infrataxons avec des " x ".
auteur : la gestion des pseudonymes (synonymes mal appliqués) doit être complétée.
Il ne s'agit pas seulement de "sensu" mais, le plus souvent, de "auct." qui permet
de globaliser les parfois nombreux "sensu" ayant le m^me sens synonymique. C'est ce
que font tous les grands référentiels internationaux et c'est le principe retenu par
l'Index de la flore vasculaire de la Réunion.
Attention, dans les exemples cités, un espace a été conservé entre les initiales de
prénom et les noms d'auteur.
biblio_origine : la structure du champ est organisée de manière multivariée (avec
séparateurs techniques), aboutissant à une lecture inhabituelle des citations
bibliographiques. C'est un choix, mais qui ne me paraît pas prendre en compte
toutes les situations : par exemples, les cas des séries, des planches et des
figures. Le texte doit donc être précisé.
Par ailleurs, le standard retenu des noms des publications doit être précisé. Pour
l'Index de la flore vasculaire de la Réunion, il s'agit du standard de l'IPNI.
règle : l'abréviation de la première édition de "Species Plantarum" est "Sp. Pl." et
non "Sp. Pl., éd. 1" de plus écrit avec un accent sur "ed.").
basionyme : la gestion actuelle ne permet pas un traitement clair des synonymies
homotypique et hétérotypique. Par exemple : Dracaena marginata Aiton est un synonyme
nomenclatural (basé sur le même type : Commerson s.n. [P-LA, holotype]) de "Aloe
purpurea Lam.". Son homotypie ne peut être retracée dans le gestion actuelle. Il en
est ainsi également de tous les noms alternatifs, basés sur le même type.
--> résolu par ajout champ num_type
ce champ doit être complété, par exemple pour un synonyme pro parte dont l'autre (ou
les autres) partie(s) n'est pas clairement identifiée dans la littérature ou se
rapporte à un taxon absent du référentiel.
synonyme_orthographique : il faut préciser le registre des variants orthographiques
entrant dans le référentiel.
Pour l'Index de la flore vasculaire de la Réunion, les graphies non-conformes au
code de nomenclature et aux règles du latin botanique, faisant l'objet d'une
correction orthographique obligatoire, n'ont pas fait l'objet de synonymes. Mais la
graphie originelle est indiquée dans un champ dédié.
Exemple : " salicisfolia " est la graphie originelle utilisée dans la publication de
"Andromeda salicifolia Comm. ex Lam." ; il n'y a pas de création de synonyme
orthographique dans l'Index, "Andromeda saliscifolia Comm. ex Lam.", mais mention de
la graphie originelle dans un champ dédié "Orthographe originelle".
Autre exemple : Lindley, in Bot. Reg. 10 : t. 817 (1824), publie un nouveau genre
"Aeranthes" mais qu'il écrira plus tard, dans Gen. Sp. Orchid. Pl. : 243 (1833),
"Aeranthus". Les deux formes sont correctes, la seconde étant un synonyme
orthographique illégitime, et qui a fait l'objet d'une introduction dans l'index.
nom_francais : il serait préférable de clarifier ce qu'on attend. S'il s'agit d'un
nom français standard, il devrait être unique. Ou alors en cas de champ multivarié,
il faut considérer que le premier nom est le nom standard, les suivants appartenant
à un registre complémentaire de noms vernaculaires. Pour la BDNT de la Réunion, seul
le nom français standard (proposé) est fourni.
Les champs "présence", "statut_origine", "statut_introduction" et "statut_culture"
sont issus du PLANT OCCURRENCE AND STATUS SCHEME (POSS TDWG) et les valeurs
natives de ces différents champs internationaux sont cohérentes et pragmatiques,
même si ces approches sont assez éloignées d'approches plus modernes des statuts
d'indigénat, d'exogénat et culturaux.
Par contre, l'adjonction de nouvelles valeurs introduit une hétérogénéité de concept
(et des confusions) que je trouve relativement peu pertinente à ce niveau et qui
mériterait d'être traitée dans des champs différents. Par exemple, mélange d'un
statut d'indigénat (dit d'origine) et d'endémicité qui sont d'essences bien
différentes.
Les notions d'endémique et de subendémique ne veulent pas dire grand-chose dans
l'absolu et doivent être précisées dans leur contexte.
Pour l'océan Indien et la Réunion, on distingue au niveau de la région malgache,
trois niveaux d'endémicité : endémicité "stricte" (Réunion), endémicité régionale
(Mascareignes), endémicité macro-régionale (région malgache).