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Protocole d'acquisition des images

L’objectif est d’arriver à disposer d’au moins 20 feuilles scannées par espèce, pour permettre des travaux d'analyses, et l’amélioration d’algorithmes de reconnaissance.

Étape 1 : Collecter

Afin de participer, il faut récolter des feuilles, sur des individus différents d’une même espèce.
Ces feuilles peuvent appartenir à:

• la liste 1 d'espèces, espèces pour lequelles vous pourrez tester le démonstrateur de reconnaissance visuelle,
• ou bien, à la liste 2 d'espèces, qui correspond aux espèces pour lesquelles nous entreprenons la capitalisation d'images et pour lesquelles vous ne pourrez donc pas encore tester le démonstrateur.

• Il est important de sélectionner des feuilles mâtures, les formes juvéniles présentent en effet des variations de couleurs pouvant être importantes, de plus les feuilles mâtures possèdent plus généralement un pétiole et une marges bien développés. Les feuilles sélectionnées doivent avoir atteint leur taille définitive (éviter les feuilles en croissance) ;
• Il est important des prendre des feuilles de grandes dimensions, ces feuilles étant décrites par un plus grand nombre de pixels (donc d'informations) lors de l'acquisition à travers un scanner ou un appareil photo. Les feuilles sélectionnées doivent avoir une taille supérieure à 2 cm de long ;
• Il est important d'éviter les feuilles abîmées par des insectes, des carences, ou des chutes de branches, ainsi que celles dont le limbe est froissé, ou encore les feuilles composées pour lesquelles les folioles se superposent, ces feuilles présentant des attributs visuels différents des feuilles saines et planes.
• Les feuilles doivent être coupées à la base de leur pétiole, au niveau de leur insertion sur la tige qui les porte. Il ne faut pas conserver de lambeaux d'écorce, ou de fragments de bourgeons, qui vont modifier les attributs visuels de cette partie de la feuille.
• Dans le cas où les stipules restaient soudées à la base du pétiole, nous pensons intéressant de conserver cet attribut, mais préférable de l'enlever s'il ne reste qu'une stipule soudée au pétiole.

NB : les feuilles d'une même espèce peuvent être issus du même arbre, mais veillez à prendre des feuilles "différentes".

Étape 2 : Scanner ou Photographier

SCANNER:

• Régler votre scanner à 300 Dpi, en utilisant les paramètres par défaut du scanner pour les documents du type « photos couleurs », ou « document en couleur ».
• Seule la face supérieure du limbe doit être scannée. Disposer une feuille verticalement sur le scanner, en sélectionnant le limbe et le pétiole (comme dans l'exemple ci-dessous)

• Il est important de bien recadrer les feuilles, afin que la surface des images réalisées, soit occupée par la plus grande surface d'information pertinente.
• Il est également important de ne pas trop recadrer les feuilles, afin de ne pas en tronquer une partie, ce qui en modifierait l'apparence visuelle.

PHOTOGRAPHIER:

Ce nouveau protocole, devrait permettre, de pouvoir acquérir des images de feuilles de plus grandes dimensions (ex: Aesculus hippocastanum, Ficus carica...) qu'avec un scanner. Il devrait de plus, permettre de réaliser des images plus rapidement, directement sur le terrain, et d'aborder une variabilité plus importante encore des conditions de prises de vues. Les résultats fournis avec le démonstrateur réalisé, seront sans doute bien moins bons que ceux obtenus avec des scans de feuilles, de part le fait que nous n’avons jusque là pas travaillé sur ce type d’images.

• Il est essentiel de couper la feuille à photographier de la tige sur laquelle elle est insérée, afin d'éviter le recouvrement avec d'autres feuilles, et de disposer d'un fond d'image uniforme.
• Il est essentiel de disposer la feuille à photographier sur une feuille de papier blanc, sans carreau. Cette feuille de papier blanc, doit être propre (toute tâche viendrait affecter les algorithmes de description visuelle), et disposée sur une surface plane, afin de réduire les ombres possibles qui pourraient apparaître.
• Il est important de soumettre des feuilles orientées verticalement, avec le pétiole en bas de l'image.
• Il est préférable de réaliser des photos en se mettant à la lumière du soleil, afin d'éviter les nombreuses variations possibles de l'ambiance lumineuse que l'on peut avoir à l'intérieur d'un bâtiment, ou dans un endroit ombragé. De plus la lumière directe du soleil, favorisera dans le mode automatique des appareils photos, une grande vitesse d'obturation, et donc une image plus nette et plus claire.
• Il convient de se mettre à une distance appropriée de la feuille photographiée : ni trop loin pour que la feuille recouvre une surface importante de la photo, ni trop près pour que la feuille ne soit pas déformée par cela. Cette distance est variable en fonction de lÂ’appareil et de la taille de la feuille. Quelques images exemples sont fournies dans le tutoriel à la fin de ce message.
• LÂ’utilisation dÂ’un flash semble pertinente afin (i) de réduire les ombres possibles, (ii) d'augmenter le contraste entre la feuille photographiée et la feuille de papier blanc, (iii) de réduire au maximum la texture du papier blanc. Il faut cependant faire attention à ce que celui-ci ne soit pas trop fort, auquel cas il risque ce de modifier lÂ’apparence de la surface de la feuille photographiée. Son usage est donc à entreprendre avec précaution.
• Nous suggérons :

- dÂ’utiliser les appareils photos dans leur mode automatique,
- de réaliser des images entre 100 et 200 iso, si l’intensité lumineuse est suffisante,
- d’essayer de réaliser des images avec une vitesse d’obturation supérieure ou égale à 1/80 sec. pour éviter de réaliser des images floues.
Exemples :

Étape 3 : Envoyer vos photos

Pour envoyer vos photos, et ainsi tester le démonstrateur réalisé ou contribuez en nous fournissant de nouvelles images, rendez-vous sur le lien suivant http://imedia-ftp.inria.fr:8080/demo_plantscan/ sur lequel le manuel d'utilisation est accessible.

ATTENTION:
Il est très important d'éviter dans le nom des fichiers que vous soumettrez, d'insérer des espaces, des lettres avec des accent, ou des caractères spéciaux, du type "*, /, +,".
Utiliser de préférence le symbole "_" comme sépérateur de mots, si vous le désirez.

Manuel d'utilisation de la démo plantScan

• Authentification

Cette fonctionnalité est optionnelle. Pour s'authentifier, il suffit de cocher le bouton "s'authentifier" avant d'entrer le nom d'utilisateur dans la zone intitulée "utilisateur".
Ceci permettra de facilement retrouver les contributions d'une même personne.

• Initialisation

L'initialisation de l'application s'effectue en chargeant une image d'extension (JPG ou JPEG) depuis votre disque dur. Pour cela, cliquez sur le bouton "charger (scan)" s'il s'agit d'une image de feuille acquise acquise avec un scanner, ou sur "charger (photo)" s'il s'agit d'une image réalisée grâce à un appareil photo numérique. Lorsque le chargement est terminé, une image réduite de l'image chargée apparait, et le bouton "Identifier" devient actif.

• Identification automatique d'une image externe

Il s'agit de l'objectif de cette démo : identifier l'image externe chargée; pour ce faire, le système permet de classifier l'ensemble de résultats obtenus dans des classes représentant chacune une espèce. Ces classes sont affichées par ordre décroissant; chacune possède un score représentant le pourcentage d'appartenance de l'image externe à cette classe. Les classes (donc les espèces) sont affichées chacune sur une ligne dans la partie droite de l'interface ; à la fin de chaque ligne des boutons "<" et ">" permettent de naviguer dans toute la classe (afficher le reste des images non affichées pour une même espèce).

• Confirmation / Correction de l'identification (pour les utilisateurs connaissant le nom de l'espèce de l'image soumise)

Afin de permettre de valider ou corriger le résultat fourni par le système de reconnaissance visuelle, 2 boutons vous sont accessibles pour cela.
1. Si l'identification est correcte, et que l'espèce retournée par le système est seule à présenter le pourcentage de correspondance le plus élevé, il vous suffit de cliquer sur le bouton "valider identification".
2. Si l'identification est incorrecte, et que ce n'est pas la seule à présenter le pourcentage de correspondance le plus élevé, il vous suffit de sélectionner parmi la liste déroulante avec auto-complétion des espèces présentées dans le panneau "Espèce selon l'utilisateur", l'espèce correspondante à celle de votre image, puis de cliquer sur "Corriger identification".

• Contribuer en soumettant des espèces de la liste complémentaire

Les espèces de cette liste ne peuvent pas encore être identifiée avec le démonstrateur réalisé.
Vous pouvez soumettre des images de cette liste, puis sélectionner parmi la liste déroulante avec auto-complétion des espèces présentées dans le panneau "Espèce selon l'utilisateur", l'espèce correspondante à celle de votre image. Les espèces de cette liste complémentaire sont en rouge gras dans cette liste. Vous pouvez valider en cliquant sur "Corriger identification".

Si vous souhaitez contribuer en soumettant des images d'espèces qui ne sont pas dans cette liste, il vous suffit d'écrire le nom de l'espèce , avant d'appuyer sur le bouton "Corriger cette identification".

Pour d’autres informations supplémentaires merci de contacter: scan_feuille@tela-botanica.org

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