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eFlore Api v0.1 : Noms


Ce service fournit des informations sur les noms scientifiques.

Descriptions des paramĂštres de requĂȘte du service
Listes des paramÚtres de cette ressource. Ils sont optionnels et sont passés aprÚs le signe "?" dans l'URL.
  • masque : filtre la liste en fonction d'un masque de recherche portant sur le nom scientifique complet. Ex. : "Ace mons"
  • masque.sg : filtre sur le nom supra-gĂ©nĂ©rique. Ex. : "adiantaceae"
  • masque.gen : filtre sur le nom de genre. Ex. : "abies"
  • masque.sp : filtre sur l'Ă©pithĂšte d'espĂšce. Ex. : "maritimum"
  • masque.ssp : filtre sur l'Ă©pithĂšte infra-spĂ©cifique. Ex. : "cuprina"
  • masque.au : filtre sur l'intitulĂ© auteur du nom. Ex. : "Tausch"
  • masque.an : filtre sur l'annĂ©e de publication du nom. Ex. : "1923"
  • masque.bib : filtre sur la rĂ©fĂ©rence bibliographique de la publication d'origine du nom (sans l'annĂ©e). Ex. : "Linnaea, 21"
  • masque.ad : filtre sur le nomen addendum (commentaires nomenclaturaux et taxonomiques). Ex. : "nom. illeg."
  • masque.nn : filtre sur l'identifiant du nom. PossibilitĂ© d'en indiquer plusieurs sĂ©parĂ©s par des virgules. Ex. : 7128,7547
  • masque.nt : filtre sur l'identifiant du taxon. PossibilitĂ© d'en indiquer plusieurs sĂ©parĂ©s par des virgules.
  • masque.rg : filtre sur le rang (code numĂ©rique indiquant le rang du nom) des noms Ă  rechercher. Les codes et noms des rangs sont ceux utilisĂ©s dans le Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
  • masque.fam : filtre sur la famille Ex. : "Fabaceae"
  • masque.prga: filtre sur le statut de prĂ©sence en France. cf. Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
  • masque.prco: filtre sur le statut de prĂ©sence en Corse. cf. Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
  • masque.sto: filtre sur le statut d'origine. cf. Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
  • masque.sti: filtre sur le statut d'introduction. cf. Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
  • masque.stc: filtre sur le statut de culture. cf. Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
  • masque.and et masque.anf : filtre sur un intervalle de date Ex. "1925" . and = annĂ©e de dĂ©but de l'intervalle et anf = annĂ©e de fin de l'intervalle
  • distinct (=0|1) : indique que l'on veut les noms distincts (par dĂ©faut tous les noms, mĂȘme semblable, sont renvoyĂ©s). Ne peut ĂȘtre utilisĂ© qu'avec le format oss!
  • ns : paramĂštres concernant les noms scientifiques.
  • ns.format (=txt|htm) : indique le type de formatage du nom scientifique, en texte (=txt) ou avec des balises xhtml (=html). Par dĂ©faut, cela vaut "txt".
  • ns.structure (='',au,an,bib,ad,gen,fam,sp,ssp,auss,bibss) : permet de choisir les informations sur le nom renvoyĂ©. Les codes suivant sĂ©parĂ©s par des virgules indiqueront les informations complĂ©mentaires du nom Ă  renvoyer : ''
(=nom scientifique), au (=auteur + nom scientifique), an (=année + nom scientifique ), bib (=référence bibliographique de la publication d'origine du nom sans l'année + nom scientifique), ad (=nom addendum [commentaires nomenclaturaux] + nom scientifique ), gen (= genre seul), fam (= famille seule), sp ( = epithÚte sp seul), ssp (= epithÚte infra-spécifique seul), auss (=auteur seul), bibss (=bibliographie seule)
  • retour.tri (=retenu|retenu,ASC|retenu,DESC) : paramĂštres permettant de trier l'ensemble de rĂ©sultats (pas uniquement les rĂ©sultats de la page courante). Pour l'instant seul le tri sur les noms retenus est actif. Les noms retenu peuvent soit apparaitre en dĂ©but de liste (retenu|retenu,ASC) ou en fin de liste (retenu,DESC).
  • N.B. : les masques autorisent une recherche sur plusieurs valeurs pour un mĂȘme champs

/noms
Retourne une liste de noms scientifiques et leur identifiant. Par défaut, retourne seulement les 100 premiers noms.
  • Type de requĂȘte : GET
  • Url : api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms?masque=Acer%20mons&distinct=0&format=txt&structure=au,an,inau,bib
  • ParamĂštres de requĂȘte disponibles : masque (et tous ses sous concepts : masque.sg, masque.gen...), recherche, rang, distinct, retour.format, ns.format, ns.structure, navigation.depart et navigation.limite.
  • Format retour :
DĂ©faut (=defaut) : JSON.
{
  • "entete" : {
    • "masque" : "Acer",
    • "depart" : "10",
    • "limite" : "10",
    • "total" : "28",
    • "href.precedent" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms?masque=Acer&format=txt&structure=au,an,inau,bib&navigation.depart=0&navigation.limite=10" # URL pour obtenir les rĂ©sultats prĂ©cĂ©dents
    • "href.suivant" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms?masque=Acer&format=txt&structure=au,an,inau,bib&navigation.depart=20&navigation.limite=10" # URL pour obtenir les rĂ©sultats suivants
  • },
  • "resultats" : {
    • "6711" : { # Identifiant du nom
      • "nom_sci" : "nom scientifique",
      • "retenu" : true,
      • "href" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/6711"
    • },
    • "7312" : { # Identifiant du nom
      • "nom_sci" : "nom scientifique",
      • "retenu" : false,
      • "href" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/7312"
      • },...
  • }
}

Open Search Suggest (=oss) : JSON
[
  • "masque de recherche",
  • [
    • "nom scientifique",
    • "nom scientifique",
    • "nom scientifique"
  • ]
]


/noms/#id
Retourne toutes les informations sur le nom recherché
DĂ©faut (=defaut) : JSON. Pour les descriptions de chaque champ voir le Manuel Technique Pour l'Ă©laboration des BDNT Flore et Fonge
{
  "id" : "1",
  "nom_retenu.id" : "71574",
  "nom_retenu.href" : "http://tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/71574"
  "rang" : "espĂšce",
  "rang.code" : "290",
  "rang.href" : "http://tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdnt/ontologie/rangTaxo:290",
  "nom_sci" : "Abacosa dumetorum", # Ce champs est formatĂ© suivant les paramĂštres de requĂȘte (ns.format et ns.structure) passĂ©s au service
  "genre" : "Abacosa",
  "epithete_sp" : "dumetorum",
  "auteur" : "(L.) Alef.",
  "annee" : "1861",
  "biblio_origine" : "Bonplandia, 9 : 104",
  "basionyme.id" : "71574",
  "basionyme.href" : "http://tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/71574",
  "proparte" : [
    {"id" : "26",
     "nom_sci" : "Le nom du taxon pour lequel ce taxon correspond en partie (pro parte).",
     "href" : " http://tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/26"},#Si ce taxon a été //fusionné//, le tableau ne contiendra qu'une seule entrée.
    {"id" : "27",
     "nom_sci" : "Le nom du taxon pour lequel ce taxon correspond en partie (pro parte).",
     "href" : " http://tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/27"},... # Si ce taxon a été //divisé//, le tableau contiendra plusieurs entrées.
    ],
  et les champs spécifiques aux projets
}




/noms/#id/relations
Retourne la liste des relations du nom indiqué par son #id.
  • Type de requĂȘte : GET
  • Url : api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/#projet/#version/noms/#id/relations
  • ParamĂštres du chemin :
    • "#id" : identifiant du nom dont on cherche les synonymes.
  • ParamĂštres de requĂȘte disponibles : ns.format et ns.structure.

{
  • "entete": {
    • "id ": "238"
    • "nom_sci" : "Aceras densiflora"
    • "href" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdnff/noms/238"
  • }
  • "resultat" : {
    • "flores" : {
      • "flore_coste" : {
        • "id" : "3586"
        • "href" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/coste/noms/nn_coste:3586"
        • }
      • }
    • }
    • "homonymes" : {
      • "239" {
        • "nom_sci" : "Aceras densiflora"
        • "href" : api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdnff/3.00/noms/239
        • "retenu" : "false"
    • }
    • "synonyme" : {
      • "238" : {
        • "nom_sci: "Aceras densiflora"
        • "href" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdnff/3.00/noms/238"
        • "retenu" : "false"
      • }
      • "238" : {
        • "nom_sci: "Orchis secundiflora"
        • "href" : "api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdnff/3.00/noms/46212"
        • "retenu" : "false"
        • "basionyme.id: "46212"
        • "basionyme: "Orchis secundiflora"
        • "basionyme.href: api.tela-botanica.org/service:eflore:0.1/bdnff/3.00/noms/46212
      • }
    • }
  • }
}



/noms/#id/relations/synonymie
Retourne la liste des synonymes du nom recherché.
{
}



/noms/#id/relations/homonymie
Retourne la liste des relations d'homonymie du nom indiqué par son #id.

{
}



/noms/#id/relations/flores
Retourne la liste des relations du nom indiqué par son #id.

{
}


/noms/relations/#projets/#id/#type
Retourne les relations du nom du projet courant (s'il existe) correspondant au nom du #projet dont identifiant est #id.

Exemple : http://localhost/service:eflore:0.1/coste/noms/relations/bdtfx/21
entete": {
},
"resultats": {
}


Statistiques


/noms/stats/initiales
Fournit un tableau indiquant pour un rang donné l'ensemble des premiÚres lettres des noms de ce rang et le nombre de noms correspondant.
Défaut (=defaut) : tableau associatif JSON. La clé représente une lettre, la valeur le nombre de nom débutant par cette lettre.
{
  • "famille" :
  • {
    • "A" : 10,
    • "B" : 8,
    • "C" : 14,...
  • }
}


/noms/stats/rangs
Fournit un tableau indiquant pour un rang donné le nombre de noms correspondant.
Défaut (=defaut) : tableau associatif JSON. Indiquer les rangs du rÚgnes vers les rangs inférieurs.
{
  • "code numĂ©rique du rang" : {
    • "rang" : "Famille",
    • "nombre" : 145
  • },
  • "code numĂ©rique du rang" : {
    • "rang" : "Genre",
    • "nombre" : 255
  • },...
}


/noms/stats/annees
Fournit un tableau indiquant pour une année donnée le nombre de noms publiés à cette date.
Défaut (=defaut) : tableau associatif JSON. Indiquer les années des plus anciennes aux plus récentes.
{
  • 1999 : 145,
  • 2000 : 145,...
}


Divers

Nom sans correspondance
Certains noms peuvent ne pas avoir de nom retenu car la correspondance avec un nom n'a pu ĂȘtre dĂ©terminĂ©e.
Ces noms nĂ©cessite des recherches bibliographiques et/ou dans les herbiers pour pouvoir ĂȘtre attribuĂ©s Ă  un nom.
Il sont pour l'instant identifiable par un champ retenu valant "false" et un champ nom_retenu valant "null".

Formatage des noms scientifiques
Un nom scientifique doit ĂȘtre dĂ©finit par une classe sci <span class="sci">..</span>
Chaque classe doit ĂȘtre mise dans un balise <span class="gen">...</span>
Les classes qui compose un nom sont :
class Définition de l'élément Synthaxe Affichage
Aceraceae : supra-gen nom supragenerique italique
Rosa : gen nom genre italique, maj pr 1er lettre
x Rosa : hyb gen hybride nom genre 'x'genre en italique, maj pr 1er lettre
+ Rosa : chimere gen chimere nom genre '+'genre en italique, maj pr 1er lettre
Taraxacum officinale agg. : gen infra-gen abbr nom infra-générique italique
Rosa alpina : gen sp nom espĂšce italique
Rosa x alpina : hyb gen sp hybride nom espĂšce italique, espace avant le x : <span class=gen>gen</span><span class=hyb> x<span class=sp>sp</span></span>
Rosa alpina subsp. vulgaris : gen sp abbr infra-sp nom infra-spécifique infra_sp en italique comme gen et sp
Rosa alpina subsp. x vulgaris : hyb gen sp abbr infra-sp hybride nom infra-spécifique <span class=gen>gen</span> <span class=sp>sp</span> <abbr>abbr</abbr><span class=hyb> x<span class=hyb><span class=infra-sp>infrasp</span></span>
Agrostis x Polygon : formule-hyb formule d'hybridité (genre, espÚce ou infra-spécifique) <span class=formule-hyb><span class=sci>nonome...</span> x <span class=sci>nonome...</span></span>
Dracaena fragans (Deremis Gp) 'Christiane' : gen sp (abbr gp title=groupe) 'cultivar' nom cultivar (cultivar_gp Gp) 'cultivar'
Choisia ternata GOLDFINGER 'Limo' : gen sp commercial 'cultivar' nom comercial (mis en majuscule) (cultivar_gp Gp) NOM_COMMERCIAL 'cultivar'. Ap la 1er lettre, mettre des petites majuscules
Cymbidium Alexanderi gx 'Westonbirt' :gen ( abbr gp title=grex) 'cultivar' grex et cultivar cultivar_gp gx 'cultivar'

Une abbrĂ©viation doit ĂȘtre mise Ă  l'intĂ©rieur de balise abbr : <abbr class="type-epithete" title = "version non abrĂ©gĂ©e">...</abbr>

Ajout des compléments de nom :
Ces compléments seront à ajouter en fonction du paramÚtre de recherche ns.structure.
Complement de nom scientifique class
auteur_principal :auteur
annee :annee
biblio :biblio
commentaires nomenclaturaux :addendum


Correspondance champs BDNT / API
BDNT API
num_nom id
id.href
num_nom_retenu nom_retenu.id
nom_retenu.href
num_tax_sup tax_sup.id
tax_sup.href
rang rang.code
rang (intitulé du rang)
rang.href
rang.* (= rang.code + rang.href)
nom_sci nom_sci
nom_sci.* (=nom_sci.supra_generique + nom_sci.genre + ... + nom_sci.nom_commercial)
nom_supra_generique nom_sci.supra_generique
genre nom_sci.genre
epithete_infra_generique nom_sci.infra_generique
epithete_sp nom_sci.sp
type_epithete nom_sci.type_epithete
epithete_infra_sp nom_sci.infra_sp
cultivar_groupe nom_sci.cultivar_groupe
cultivar nom_sci.cultivar
nom_commercial nom_sci.nom_commercial
auteur auteur
annee annee
biblio_origine biblio_origine
notes notes
nom_addendum nom_addendum
homonyme homonyme
basionyme basionyme.id
basionyme.href
synonyme_proparte Soit "proparte.id" contenant un identifiant, soit "proparte" et contient un tableau d'id.
Soit proparte.href, soit {
synonyme_douteux douteux
synonyme_mal_applique mal_applique
synonyme_orthographique orthographe_correcte.id
orthographe_correcte.href
hybride_parent_01 hybride.parent_01.id
hybride.parent_01.href
hybride_parent_01_notes hybride.parent_01.notes
hybride_parent_02 hybride.parent_02.id
hybride.parent_02.href
hybride_parent_02_notes hybride.parent_02.notes
nom_francais nom_fr
presence presence.code
presence
presence.href
statut_origine statut_origine.code
statut_origine.href
statut_introduction statut_introduction.code
statut_introduction.href
statut_culture statut_culture.code
statut_culture.href