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Présentation faite par Nicolas Bailly et Gaël Lancelot (Nœud National France, MNHN, Paris), le 20 mars 2003 au Muséum National d'Histoire Naturelle
BioCASE est un programme européen « Biodiversity Collection Access Service for Europe » qui vise à mettre les collections au service des chercheurs et de la société à l’échelle de l’Europe
BioCASE est un projet soutenu par la Commission Européenne (5ème PCRD), qui vise à établir une interface d’interrogation de toutes les collections européennes, accessible par le web, et facile à utiliser. Pour cela, ce projet traite principalement des données sur les collections, et non pas sur chaque spécimen qui y est rangé. Ces données sont appelées métadonnées (metadata), et sont le premier pas vers la recherche d’informations précises sur les spécimens dans les collections. Un processus d’indexation, permettant l’harmonisation de l’accessibilité aux données internes des collections, et un thésaurus, permettant à l’utilisateur de préciser sa requête à partir de termes imprécis , améliorent le processus et le facilitent, y compris au niveau de la langue.
BioCASE est lui-même le produit de plusieurs années de recherche, effectuée par trois programmes européens : CDEFD, un programme d’informatisation des données en botanique dont le résultat principal est un modèle de données théorique mais très complet ; son descendant, BioCISE, ayant établi un inventaire des collections et une enquête sur les besoins des utilisateurs ; ENHSIN, clos en mars 2003, sur l’accessibilité aux informations sur les spécimens par la réalisation d’un prototype de démonstration de portail commun pour 7 bases de données de collections, dont deux du MNHN, et une de Paris 6 (publication en cours).
Ces projets ont tous trois apporté des enseignements vitaux à la conception de BioCASE. L’inventaire réalisé par BioCISE a permis de localiser plus de 5000 collections en Europe, dont 2500 ont été référencées dans une base de données, mais 500 seulement avec des métadonnées détaillées. La réalisation de cet inventaire a montré que la manière centralisée utilisée, à partir de Berlin, était très coûteuse en temps, pour trop peu de résultats. D’où l’idée de hiérarchiser le travail par l’établissement de nœuds nationaux.
EHNSIN a permis de tester des protocoles informatiques, et d’optimiser un schéma XML tiré du Darwin Core développé aux Etats Unis. Ces travaux, entre autres, ont conduit à une collaboration internationale dans le groupe ABCD (Access to Biological Collection Data) au sin de TDWG (Taxonomic Database Working Group), groupe financé par CODATA (Committee on Data for Science and Technology), pour établir un standard XML d’échange de données de collection (encore en discussion) qui sera utilisé pour la restitution des données après interrogation, le Darwin Core restant utilisé pour les requêtes.
Comme dans la majorité des projets européens, le travail est divisé en lots (9 pour BioCASE), appelés modules de travail (wordpackages ou WP), et organisés en réseau :
Dans le cadre de cette coopération, de nombreuses rencontres entre unités de travail ont lieu, voire des réunions globales de BioCASE (1ère à Oeiras, Portugal, 2002). Des réunions nationales sont aussi prévues, notamment celle des 20-21 mars organisée par le MNHN Paris (et la SFS), le Muséum faisant office de Nœud National pour la France.
Durée: 01/11/2001 au 31/10/2003
Coordinateur : Walter BERENDSOHN, BGBM de Berlin
35 institutions dont 31 Noeuds Nationaux
Budget : env. 2 M€
7 contractants principaux : FUB-BGBM (Berlin), NHM (Londres), USOTON (Southampton), UPMC/LIS (Paris 6), INPA (Tel-Aviv), UvA (Amsterdam), RBG (Kew)
Noeud National BioCASE
EHNSIN
TDWG
CODATA
CDEFD
Qu'est-ce que le projet BioCASE ?
Présentation faite par Nicolas Bailly et Gaël Lancelot (Nœud National France, MNHN, Paris), le 20 mars 2003 au Muséum National d'Histoire Naturelle
DĂ©finition
BioCASE est un programme européen « Biodiversity Collection Access Service for Europe » qui vise à mettre les collections au service des chercheurs et de la société à l’échelle de l’Europe
BioCASE est un projet soutenu par la Commission Européenne (5ème PCRD), qui vise à établir une interface d’interrogation de toutes les collections européennes, accessible par le web, et facile à utiliser. Pour cela, ce projet traite principalement des données sur les collections, et non pas sur chaque spécimen qui y est rangé. Ces données sont appelées métadonnées (metadata), et sont le premier pas vers la recherche d’informations précises sur les spécimens dans les collections. Un processus d’indexation, permettant l’harmonisation de l’accessibilité aux données internes des collections, et un thésaurus, permettant à l’utilisateur de préciser sa requête à partir de termes imprécis , améliorent le processus et le facilitent, y compris au niveau de la langue.
Historique
BioCASE est lui-même le produit de plusieurs années de recherche, effectuée par trois programmes européens : CDEFD, un programme d’informatisation des données en botanique dont le résultat principal est un modèle de données théorique mais très complet ; son descendant, BioCISE, ayant établi un inventaire des collections et une enquête sur les besoins des utilisateurs ; ENHSIN, clos en mars 2003, sur l’accessibilité aux informations sur les spécimens par la réalisation d’un prototype de démonstration de portail commun pour 7 bases de données de collections, dont deux du MNHN, et une de Paris 6 (publication en cours).
Ces projets ont tous trois apporté des enseignements vitaux à la conception de BioCASE. L’inventaire réalisé par BioCISE a permis de localiser plus de 5000 collections en Europe, dont 2500 ont été référencées dans une base de données, mais 500 seulement avec des métadonnées détaillées. La réalisation de cet inventaire a montré que la manière centralisée utilisée, à partir de Berlin, était très coûteuse en temps, pour trop peu de résultats. D’où l’idée de hiérarchiser le travail par l’établissement de nœuds nationaux.
EHNSIN a permis de tester des protocoles informatiques, et d’optimiser un schéma XML tiré du Darwin Core développé aux Etats Unis. Ces travaux, entre autres, ont conduit à une collaboration internationale dans le groupe ABCD (Access to Biological Collection Data) au sin de TDWG (Taxonomic Database Working Group), groupe financé par CODATA (Committee on Data for Science and Technology), pour établir un standard XML d’échange de données de collection (encore en discussion) qui sera utilisé pour la restitution des données après interrogation, le Darwin Core restant utilisé pour les requêtes.
DĂ©roulement
Comme dans la majorité des projets européens, le travail est divisé en lots (9 pour BioCASE), appelés modules de travail (wordpackages ou WP), et organisés en réseau :
- WP1 concerne la centralisation de l’information. Pour cela BioCASE va utiliser un certain nombre de nœuds chargés de rassembler les métadonnées pour les transmettre au Nœud Central, géré à Berlin. La majorité de ces nœuds sont des Nœuds Nationaux, à raison d’un pour chacun des 31 pays participant à BioCASE. Les pays de l’Union Européenne, ainsi que les pays en voie d’accession et quelques autres nations associées pour la recherche, sont tous impliqués dans le projet et organisent chacun un nœud national qui doit être le lien entre les organisations locales possédant les collections et l’organisation centrale du projet. Il existe aussi des nœuds virtuels associés au projet, qui préexistaient et fédèrent les spécialistes et amateurs de domaines ou de taxons données. Le premier module comprend ainsi une importante coordination et une animation du réseau de tous ces Nœuds.
- WP2 consiste en la réunion d’un panel d’utilisateurs pour mieux comprendre les besoins des utilisateurs des divers domaines qui peuvent avoir besoin des collections en complétant les enquêtes déjà réalisées dans BioCISE et EHNSIN. Il est question ici de recherche et d’experetise en systématique, de gestion des ressources et de conservation de la biodiversité, de recherche en parasitologie ou en virologie dans le domaine médical, d’industrie pharmaceutique, des domaines légaux, des médias, etc.. Cette connaissance des besoins est vitale pour la conception de l’interface elle même. Ce panel d’utilisateurs comprend un certain nombre de chercheurs travaillant sur d’autres aspects de BioCASE, mais surtout beaucoup d’utilisateurs potentiels étrangers à la recherche en systématique. Son développement est dirigé par l’Israël Nature and National Parks Protection Authority.
- WP3 : BioCASE a pour but de rendre accessible les informations sur les collections, et pour cela, il faut d’une part savoir précisément ce que l’on veut connaître, et d’autre part, comment transmetre les informations en question. WP3, organisé par le NH% de Londres, doit concevoir les structures (en xml) et les protocoles permettant de transmettre les données entre Nœuds, et le dialogue entre Nœuds nationaux et institutions locales. Après vient le problème de la définition des termes.
- WP4 s’occupe de la création d’un Thésaurus, permettant à l’utilisateur de mieux définir le but précis de ses recherches.
- WP5 crée alors un index informatisé aidant à la connaissance même des informations internes aux collections. Ainsi, non seulement l’utilisateur va pouvoir trouver la ou les collections dont il a besoin, mais de plus à travers BioCASE, il va pouvoir avoir accès au moins à une partie des informations contenues dans celles-ci. Ces deux modules, très liés l’un à l’autre, ont aussi une forte composante informatique, et sont réalisés au NHM de Londres et au laboratoire LIS (Informatique et Systématique) de Paris6, respectivement.
- WP6 s’occupe de la conception informatique et de la réalisation de l’interface, produit « tangible » le plus important du projet. Ce portail web doit être d’utilisation facile pour les utilisateurs de langues et de niveaux de connaissances différents et variés, tant sur les collections que sur l’accès informatique aux données. C’est pourquoi il devra s’agir d’une structure flexible mais fiable, qui permette la mise à jour constante de l’information. Cette mise à jour, cruciale si l’on souhaite maintenir le portail au delà de la fin du projet, reste entièrement de la responsabilité des entités possédant les collections, et devra donc être facilement réalisable par le web. Il s’agit là aussi d’un module élaboré par le LIS Paris6.
- WP7 représente le Noeud central, au BGBM à Berlin (Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem, Frei Universität Berlin). Il s’agit d’harmoniser les résultats, de centraliser les données, mais aussi de régler les différents si besoin est C’est aussi le meilleur moyen d’avoir un point de vue sur l’ensemble du projet et de régler les problèmes qui surgissent, non au sein des unités de travail, mais entre elles, et dans le flux d’informations qui les relie.
- Les WP8 et 9 s’occupent du statut juridique et légal des informations passant par BioCASE, et de son aspect économique et financier, respectivement. BioCASE a vocation à continuer son existence en tant qu’entité viable après la complétion du projet et la mise en place de l’interface sur le web, et de tout le réseau d’information qui la sous-tend. Pour cela, un modèle économique et juridique doit être proposé pour une entité qu fera vivre le portail au delà de 2004. Le module 8 est développé par les Jardins Botaniques de Kew, et le module 9 par l’Université d’Amsterdam.
Dans le cadre de cette coopération, de nombreuses rencontres entre unités de travail ont lieu, voire des réunions globales de BioCASE (1ère à Oeiras, Portugal, 2002). Des réunions nationales sont aussi prévues, notamment celle des 20-21 mars organisée par le MNHN Paris (et la SFS), le Muséum faisant office de Nœud National pour la France.
Résumé du projet
Durée: 01/11/2001 au 31/10/2003
Coordinateur : Walter BERENDSOHN, BGBM de Berlin
35 institutions dont 31 Noeuds Nationaux
Budget : env. 2 M€
7 contractants principaux : FUB-BGBM (Berlin), NHM (Londres), USOTON (Southampton), UPMC/LIS (Paris 6), INPA (Tel-Aviv), UvA (Amsterdam), RBG (Kew)
Quelques liens importants pour en savoir plus
Noeud National BioCASE
EHNSIN
TDWG
CODATA
CDEFD