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Base de Données Nomenclaturales de la Flore de France 1993 - 2010
Après cette publication, Michel Kerguélen distribuait sur demande (12 disquettes) des versions Word postérieures à 1993. Ces versions ne sont pas numérotées, chacune correspondait à l'état d'avancement de son travail.
Dans cette publication, ont été supprimées :
Le tout a été mis sous forme tabulé, avec en plus :
Ces modifications ne sont pas prises en compte dans le CIFF qui ne comprend qu'une version. H. Brisse a relié toutes ces lettres et les a transmises à B. Bock en 2001. Pour information M. Kerguélen mentionne plus de 460 références bibliographiques publiées entre 1994 et 1999 (donc postérieures à la version 1993).
Le tout a été mis en ligne sur le site de l'INRA en 1998 http://www.inra.fr/flore-france/index.htm. À partir de cette mise en ligne, M. Kerguélen n'était plus en mesure de modifier directement son travail. Il a donc envoyé à l'INRA des fichiers Word comportant les rajouts et modifications. Il a ainsi envoyé 8 addenda, transmis directement à Benoît BOCK par Jean-Pierre LONCHAMPS de l’INRA suite à la réunion du 16 juin 2000 :
L'INRA a intégré ces addenda à l'index initial. Il s’agit d’un travail très difficile qui a été nécessairement (et visiblement) entaché de nombreuses erreurs. Certaines modifications de Kerguélen ont ainsi été mal intégrées.
Entre la version de 1993 et celle de 1999, nous ne connaissons pas le nombre d'ajouts. Cependant, le CIFF comprend 17 558 noms de taxons (espèces et rangs infraspécifiques), la version normale de l'ISFF (INRA) en comprend « soit disant » environ 65 000 (dont certains comportant plusieurs auteurs et références biblio, portant ainsi le nombre de combinaisons nomenclaturales à près de 75 000).
À noter que quelques noms ont été supprimés entre le CIFF et la version ISFF-INRA.
L'ensemble des indications de Kerguélen pour les espèces a été conservé (les indications de synonymies des genres ne sont pas présentes, cependant, si des espèces sont mentionnées dans un paragraphe concernant un genre, elles ont été intégrées).
Ce traitement a conduit Ă :
Sur cette version des modifications supplémentaires ont été réalisées :
Cette version 1 a été transmise à la DIREN de Montpellier le 6 septembre 2001 sur demande du Ministère de l’Aménagement du Territoire et de l’Environnement, puis diffusée au Muséum d’Histoire Naturelle, à l’ensemble des Conservatoires Botaniques Nationaux et aux différents contributeurs du réseau Tela Botanica (une quarantaine).
Un projet de diffusion de cette version a été annoncé en juin 2002 par Tela botanica, mais suspendu à la demande du MNHN et du MATE pour des problèmes relatifs aux droits d’auteurs cédés par M. Kerguélen au MNHN et à l’INRA le 23 mars 1999, et toutes les commandes (environ 80 souscriptions) ont été annulées.
Cette version a cependant été mise en consultation sur le site Tela Botanica fin 2002 afin d’avoir le retour des utilisateurs pour continuer le travail de correction et faire profiter du travail accompli à l’ensemble des botanistes. À l’occasion de cette mise en ligne, des taxons supplémentaires ont été créés pour (les genres et les familles) conduisant à 82 062 noms et 21 409 taxons.
Article 2 : Au titre de sa contribution au projet Reftax, Tela Botanica s'engage aux tâches suivantes :
- mise à disposition des moyens techniques et humains du réseau Tela Botanica pour assurer la relecture de la Base de Données Nomenclaturale de la Flore de France par les botanistes du réseau ; notamment son dispositif de gestion de projets, de communication par internet et ses forums de discussion,
- recueil et transmission au Département Systématique et Évolution du Muséum, sous forme numérique, des propositions de corrections et de révisions nomenclaturales faisant l'objet d'un consensus des botanistes du réseau, incluant notamment le repérage des corrections afin d'en assurer la traçabilité. Les propositions transmises avant le 31 décembre 2002 porteront sur au moins quinze mille noms de taxons,
- rapprochement du référentiel de la flore de France avec le projet Euro+Med Plantbase en harmonisant dans un premier temps les modèles de données de ces deux référentiels.
Ce travail a été réalisé entre juin 2002 et juin 2003 et les tâches suivantes ont été entreprises (mais certaines d’entre elles restent inachevées dans la version 3) :
- recensement exhaustif des noms cités dans :
- des noms ont été rajoutés et des décisions taxinomiques ont été prises suite aux discussions sur la liste ISFF (JM Tison, R Cruon, JM Lewin, JF Leger, etc.)
- les basionymes des combinaisons ont été identifiés (s'ils étaient présents) ou recherchés. Cette recherche a conduit à faire encore des corrections supplémentaires (erreurs de citation d'auteurs, erreurs typographiques, etc.). Près de 22 000 noms possèdent actuellement un lien direct vers leur basionyme, environ 4 000 restent encore à établir.
- rapprochement du modèle de la BDNFF avec celui de Euro+Med sur la base des modèles mis en place par le BGBM (Botanischer Garten und Botanisches Museum - Berlin) et W. Berendsohn.
Tout cela a conduit Ă la version 3 avec 78 015 noms (hors genres et familles), 15 694 taxons (un peu moins que la version 2, principalement du fait des Hieracium) et environ 2 500 noms en plus par rapport au document ISFF-INRA
Entre la version 1 et la version 3, 54 599 fiches ont été modifiées au mois une fois, en particulier du fait de la recherche des basionymes.
les abréviations des titres de revues ont été harmonisées sur la base du Botanico Periodicum Huntianum
fin du dépouillement des flores dites du CNRS (Guinochet & Vilmorin), de Coste, de Fournier et Flora Helvetica.
homogénéiser le traitement des qualificatifs sensu et auct. ;
la recherche des basionymes a été largement approfondie.
La base est passée de 78 183 fiches (= noms) à 81 970. Les dernières modifications datent du 27 mai 2005. De plus, 9 518 fiches n’ont pas été modifiés depuis le 8 octobre 2004, ce qui revient à dire que 72 452 fiches ont été révisées, au moins de manière mineure, entre la version 3 et la version 4.
Par rapport à la version précédente, une série de collaborateurs supplémentaires est à signaler : Errol VELA (Ophrys p.p.) ; Frédéric ANDRIEU ; Henry MICHAUD ; James MOLINA, Jean-Luc TASSET ; Jean-Marc TISON (genres divers) ; Jean-Marie ROYER ; Jean-Pascal MILCENT ; Lucien GUERBY, Michel HOFF (taxons alsaciens) ; Patrick FLOCHE ; Peter A. SCHÄFER ; Philippe JULVE ; Rémy SOUCHE (Orchidaceae) ; Richard PANKHURST (Rosaceae) ; Thierry DELAHAYE et Yorrick FERREZ ; Bruno CORNIER (genre Prunus).
Les progrès de la phylogénie moléculaire appliquée au niveau générique puis spécifique ont permis de revoir la nomenclature botanique afin d’obtenir des genres et des familles monophylétiques. Si aujourd’hui, les familles commencent à voir leur nomenclature se stabiliser (cf. APG3), les travaux sur les différents genres et espèces sont en plein essor. C’est pratiquement quotidiennement qu’il faut en tenir compte.
En plus de cette révolution, les points de vue taxonimiques des auteurs diffèrent. Je rappelle qu’un taxon doit avoir un nom nomenclaturalement valide, mais que chaque taxon possède un nom valide à plusieurs rangs taxonimiques et que chaque auteur peut utiliser l’un de ces noms en fonction de son propre point de vue. Et les points de vue peuvent évoluer pour un même auteur. C’est le cas par exemple des Cyperaceae qui ne sont pas traités de la même manière dans la Flore Méditerranéenne (à paraître) et dans la Flore de France (à paraître) alors que la famille est rédigée au moins en partie par le même auteur. La BDNFF n’est pas seulement une base de données nomenclaturale puisqu’elle prend en compte le sens des taxons interprétés différemment selon les auteurs (sensu auct1, auct2,…) dans diverses flores, mais propose aussi une unique vision taxonimique. Nous avons privilégié dans la majorité des cas un point de vue éclaté qui pourra davantage convenir à l’ensemble des botanistes : les experts pourront détailler leur détermination jusqu’au rang variétal et les débutants pourront se contenter du rang spécifique.
Le travail est colossal et est loin d’être achevé car beaucoup de groupes sont encore à revoir. Par exemple, un noyau de spécialistes travaille actuellement sur les Rubus de France. Nous attendons les résultats de leur étude pour les transcrire dans la BDNFF.
Bilan par rapport à la BDNFF version 4 en quelques chiffres :
- près de 12000 fiches supplémentaires
- La Version 5 comprend plus de 90 000 fiches au total
- Près de 12700 fiches modifiées rien que depuis le 1er septembre 2009 (sans tenir compte des fiches rajoutées).
- chaque taxon retenu possède une fiche de rang supérieur au rang spécifique, générique et de la famille.
- des ouvrages monumentaux comme « Les Ombellifères de France » ont été dépouillés ainsi qu’une grande partie de la future Flore méditerranéenne.
De nombreux spécialistes ont participé à ce travail :
Alain DOBIGNARD ; Alain ROYAUD ; Benoit BINSON (Eucalyptus), Bernard HILL ; Bruno CORNIER (Sorbus) ; Camille GRANGER ; Christian COULOMB (Sideritis) ; Christian LAHONDERE (Salicornia, Limonium) ; Christophe BONNET ; Daniel MATHIEU (et l’équipe de Tela Botanica) ; Eric BRUNOT (Pinus) ; Eric SCHMIDT (Paeonia) ; Errol VELA (Serapias, Ophrys p.p.) ; Frédéric ANDRIEU; Gérard DUMONT (Crassulaceae) ; Guy-Georges GUITTONNEAU (Geraniaceae) ; Henry MICHAUD; James MOLINA, Jean-François LEGER ; Jean-Luc TASSET; Jean-Marc LEWIN ; Jean-Marc TISON; Jean-Marie ROYER; Jean-Pascal MILCENT; Jean-Pierre REDURON (Apiaceae) ; Marc ESPEUT (Violaceae) ; Michel BOUDRIE (Ptéridophytes) ; Lucien GUERBY, Michel HOFF (taxons alsaciens); Pascal VIGNERON (Amaryllidaceae) ; Pierre-Michel BLAIS (Orchidaceae); Patrick FLOCHE; Patrick GATIGNOL ; Peter A.SCHÄFER; Philippe JULVE ; Raymond JEAN (Onagraceae) ; Rémy PRELLI (Ptéridophytes) ; Rémy SOUCHE (Orchidaceae); Richard PANKHURST (Rosaceae); Robert PORTAL (Festuca, Bromus, Eragrostis, Poa, Agrostis) ; Roger CRUON ; Thierry DELAHAYE; Valéry MALECOT (Caprifoliaceae), Yorrick FERREZ, …
Ainsi que de nombreux utilisateurs d’eflore qui ont ponctuellement apporter des améliorations grâce à leur remarque.
Les modifications portent sur :
- le rajout de synonymes nouveaux aux taxons déjà présents
- le rajout de nouveaux taxons issus de travaux taxinomiques récents ou correspondant à des taxons historiquement mentionnés en France ou encore correspondant à des plantes fréquemment cultivées pour l’ornement.
- la modification du nom retenu
- des compléments d’information ou des corrections dans les abréviations des noms d’auteurs et des sources bibliographiques ou de l’indication des basionymes.
- le rajout de taxons de rang inférieur (division de taxon existant)
- dans quelques cas certains taxons ont disparu suite à des regroupements (aucune fiche n’a été supprimée).
N° taxonomiques disparus par suite de fusion avec d’autres :
8302 / 8616 / 6733 / 3879 / 2067 / 2077 / 3537 / 10187 / 12781 / 5402 / 12827 / 1127 / 15000 / 30134 / 30258 / 30542 / 30766 / 31004 / 31162 / 31411 / 32285 / 32327
Historique de la BDNFF par : Valéry MALECOT, Benoît BOCK, Daniel MATHIEU
© Tela Botanica / 2000-2003 - Le réseau des Botanistes Francophones
Copyleft : cette Âśuvre naturaliste est libre, vous pouvez la redistribuer et/ou la modifier selon les termes de la Licence Nature Libre.
Vous trouverez un exemplaire de cette Licence sur le site Tela Botanica http://wiki.tela-botanica.org/pilotage/wakka.php?wiki=LicenceNatureLibreV1.
Historique de la BDNFF
Base de Données Nomenclaturales de la Flore de France 1993 - 2010
La source
Le document d'origine de la BDNFF est l'ISFF : « Kerguélen M., 1993 Index synonymique de la Flore de France. Secrétariat de la faune et de la Flore, Muséum National d’Histoire Naturelle, 196 pp. »Après cette publication, Michel Kerguélen distribuait sur demande (12 disquettes) des versions Word postérieures à 1993. Ces versions ne sont pas numérotées, chacune correspondait à l'état d'avancement de son travail.
Le CIFF
À partir d'une de ces versions a été publié un autre document accompagné d’une disquette au format DOS contenant toutes les données de l’ouvrage ainsi qu’un petit programme d’aide à la saisie des données : « Brisse H. et Kerguélen M. 1994. Code Informatisé de la Flore de France. Bulletin de l’Association d’Informatique Appliquée à la Botanique, 189 pp. » Cet ensemble est connu sous le nom de CIFF.Dans cette publication, ont été supprimées :
- la bibliographie,
- les indications chromosomiques, géographiques, nomenclaturales (sauf basionyme).
Le tout a été mis sous forme tabulé, avec en plus :
- des "numéros uniques par nom"
- des "codes taxinomiques" (indication du rang)
Publications sur le site de lÂ’INRA
Sur la base d'une version Word postérieure à 1993, Henry Brisse a reçu de M. Kerguélen, entre 1994 et 1999 près de 600 pages d'ajouts et de corrections. M. Kerguélen envoyait ainsi chaque semaine une ou deux lettres à H. Brisse pour lui faire part des modifications et de l'état d'avancement de son travail.Ces modifications ne sont pas prises en compte dans le CIFF qui ne comprend qu'une version. H. Brisse a relié toutes ces lettres et les a transmises à B. Bock en 2001. Pour information M. Kerguélen mentionne plus de 460 références bibliographiques publiées entre 1994 et 1999 (donc postérieures à la version 1993).
Le tout a été mis en ligne sur le site de l'INRA en 1998 http://www.inra.fr/flore-france/index.htm. À partir de cette mise en ligne, M. Kerguélen n'était plus en mesure de modifier directement son travail. Il a donc envoyé à l'INRA des fichiers Word comportant les rajouts et modifications. Il a ainsi envoyé 8 addenda, transmis directement à Benoît BOCK par Jean-Pierre LONCHAMPS de l’INRA suite à la réunion du 16 juin 2000 :
- ADD1 - Additions et corrections entre le 06-02 et le 20-02-1998
- ADD2 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 20-02-au 9-03-1998
- ADD3 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 9-03-au 23-03-1998
- ADD4 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 23-03-au .14.04-1998
- ADD5 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 14-04-au .05.05-1998
- ADD6 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 05-05-au 29-07-1998
- ADD7 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 29-07-1998 au 05-11-1998
- ADD8 - Additions, corrections Ă l'Index synonymique de la flore de France, du 05-11-1998 au ?
L'INRA a intégré ces addenda à l'index initial. Il s’agit d’un travail très difficile qui a été nécessairement (et visiblement) entaché de nombreuses erreurs. Certaines modifications de Kerguélen ont ainsi été mal intégrées.
Entre la version de 1993 et celle de 1999, nous ne connaissons pas le nombre d'ajouts. Cependant, le CIFF comprend 17 558 noms de taxons (espèces et rangs infraspécifiques), la version normale de l'ISFF (INRA) en comprend « soit disant » environ 65 000 (dont certains comportant plusieurs auteurs et références biblio, portant ainsi le nombre de combinaisons nomenclaturales à près de 75 000).
À noter que quelques noms ont été supprimés entre le CIFF et la version ISFF-INRA.
La BDNFF
Version 1 (23 janvier 2002)
À partir des fichiers HTML mis en ligne sur le site de l’INRA (pas des fichiers .doc, ni du CIFF, ni de Kerguélen 1993), Benoît Bock a mis en forme l'ensemble des données pour produire la première version de la Base de Données Nomenclaturale de la Flore de France (BDNFF).L'ensemble des indications de Kerguélen pour les espèces a été conservé (les indications de synonymies des genres ne sont pas présentes, cependant, si des espèces sont mentionnées dans un paragraphe concernant un genre, elles ont été intégrées).
Ce traitement a conduit Ă :
- créer l'ensemble des champs de la BDNFF, en fonction des données renseignées par Kerguélen.
- récupérer les rangs intermédiaires pour les taxons infraspécifiques (telle variété appartient-elle à la sous-espèce 1 ou à la sous-espèce 2 ?)
- rajouter les autonymes manquants (sous espèce type quand une seule sous-espèce différente de la sous-espèce type est présente en France)
- identifier et supprimer des synonymies circulaires
- récupérer tous les renvois de référence bibliographique (loc. cit.)
- distinguer des noms sensu lato
- ajouter un champ indiquant qu'une modification de la fiche a été réalisée,
- ajouter des champs (numéro nomenclatural, numéro taxinomique, code du rang, etc.)
- les noms d'hybrides ont été plus particulièrement étudiés (hybrides sans noms et corrections suite à la synonymie d'un des parents)
- et surtout Ă Ă©tablir des relations entre les fiches (vers le nom retenu, vers les parents 1 et 2 des hybrides)
Sur cette version des modifications supplémentaires ont été réalisées :
- des extraits ont été envoyés à des spécialistes pour corrections et commentaires. Ce travail a conduit à quelques modifications taxinomiques, marginales par rapport à l’ensemble des données.
- les abréviations des auteurs ont été homogénéisées
- les références biblio ont été rajoutées pour un bon nombre de noms qui en étaient dépourvus.
Cette version 1 a été transmise à la DIREN de Montpellier le 6 septembre 2001 sur demande du Ministère de l’Aménagement du Territoire et de l’Environnement, puis diffusée au Muséum d’Histoire Naturelle, à l’ensemble des Conservatoires Botaniques Nationaux et aux différents contributeurs du réseau Tela Botanica (une quarantaine).
Version 2 (24 juin 2002)
Entre janvier et juin 2002, le travail de correction s’est poursuivi sur la base de la version 1 diffusée aux membres du réseau et 24 juin 2002 la version 2 comprenait 76 516 noms (15 860 taxons) dont au moins 1 000 noms en plus par rapport au document ISFF-INRA et près de 22 000 corrections par rapport au document HTML initial.Un projet de diffusion de cette version a été annoncé en juin 2002 par Tela botanica, mais suspendu à la demande du MNHN et du MATE pour des problèmes relatifs aux droits d’auteurs cédés par M. Kerguélen au MNHN et à l’INRA le 23 mars 1999, et toutes les commandes (environ 80 souscriptions) ont été annulées.
Cette version a cependant été mise en consultation sur le site Tela Botanica fin 2002 afin d’avoir le retour des utilisateurs pour continuer le travail de correction et faire profiter du travail accompli à l’ensemble des botanistes. À l’occasion de cette mise en ligne, des taxons supplémentaires ont été créés pour (les genres et les familles) conduisant à 82 062 noms et 21 409 taxons.
Version 3 (24 juin 2003)
En juillet 2002, Tela Botanica recevait une réponse positive à l’appel à proposition lancé par l’IFB (Institut Français de la Biodiversité) pour le projet Reftax afin de poursuivre la révision de l’index de la flore de France dans le cadre d’une convention signée avec le MNHN le 14 août 2002. Dans le cadre de cette convention est notamment stipulé :Article 2 : Au titre de sa contribution au projet Reftax, Tela Botanica s'engage aux tâches suivantes :
- mise à disposition des moyens techniques et humains du réseau Tela Botanica pour assurer la relecture de la Base de Données Nomenclaturale de la Flore de France par les botanistes du réseau ; notamment son dispositif de gestion de projets, de communication par internet et ses forums de discussion,
- recueil et transmission au Département Systématique et Évolution du Muséum, sous forme numérique, des propositions de corrections et de révisions nomenclaturales faisant l'objet d'un consensus des botanistes du réseau, incluant notamment le repérage des corrections afin d'en assurer la traçabilité. Les propositions transmises avant le 31 décembre 2002 porteront sur au moins quinze mille noms de taxons,
- rapprochement du référentiel de la flore de France avec le projet Euro+Med Plantbase en harmonisant dans un premier temps les modèles de données de ces deux référentiels.
Ce travail a été réalisé entre juin 2002 et juin 2003 et les tâches suivantes ont été entreprises (mais certaines d’entre elles restent inachevées dans la version 3) :
- recensement exhaustif des noms cités dans :
- la grande flore de Bonnier
- la flore de Coste
- la flore de Fournier
- la flore du CNRS (vols 1 Ă 3)
- les listes départementales (projet chorologie)
- les listes de protection régionales
- conduisant à rajouter d’ores et déjà plus de 1 500 noms et à contrôler les indications de Kerguélen sur la citation ou nom d'un nom dans les "flores de référence" (dans la version 3 sont indiqués en particulier les numéros de Coste, de Flora Helvetica (sauf les synonymes pour cette dernière). Le résultat complet de ce travail devrait être disponible dans la prochaine version (version 4).
- des noms ont été rajoutés et des décisions taxinomiques ont été prises suite aux discussions sur la liste ISFF (JM Tison, R Cruon, JM Lewin, JF Leger, etc.)
- les basionymes des combinaisons ont été identifiés (s'ils étaient présents) ou recherchés. Cette recherche a conduit à faire encore des corrections supplémentaires (erreurs de citation d'auteurs, erreurs typographiques, etc.). Près de 22 000 noms possèdent actuellement un lien direct vers leur basionyme, environ 4 000 restent encore à établir.
- rapprochement du modèle de la BDNFF avec celui de Euro+Med sur la base des modèles mis en place par le BGBM (Botanischer Garten und Botanisches Museum - Berlin) et W. Berendsohn.
Tout cela a conduit Ă la version 3 avec 78 015 noms (hors genres et familles), 15 694 taxons (un peu moins que la version 2, principalement du fait des Hieracium) et environ 2 500 noms en plus par rapport au document ISFF-INRA
Entre la version 1 et la version 3, 54 599 fiches ont été modifiées au mois une fois, en particulier du fait de la recherche des basionymes.
Poursuite du travail : Version 4... puis Version 5...
Les tâches restant à accomplir sont :- homogénéiser la bibliographie (Botanico Periodicum Huntianum, Conwan & Stafleu), c'est en cours mais pas intégré dans la version 3
- finir de dépouiller les "flores de référence" (fin du CNRS, Flora Europaea, Bonnier)
- Ă©tablir les correspondances entre la BDNFF et Flora Europaea,
- dépouiller d'autres flores et index (Stace, Jauzein, Belgique, Haupler, etc.)
- homogénéiser le traitement des sensu/auct.
- retrouver les basionymes manquants
Version 4 (2005)
Les contributeurs du réseau Tela Botanica poursuivent leur amélioration de la BDNFF pour la version 4. Elle est diffusée sur le site Internet de Tela Botanica en 2005. Entre la version 3 et la version 4, une série de modifications ont été apportées, en particulier grâce à la liste ISFF et par des contacts avec un nombre non négligeable de botanistes :les abréviations des titres de revues ont été harmonisées sur la base du Botanico Periodicum Huntianum
fin du dépouillement des flores dites du CNRS (Guinochet & Vilmorin), de Coste, de Fournier et Flora Helvetica.
homogénéiser le traitement des qualificatifs sensu et auct. ;
la recherche des basionymes a été largement approfondie.
La base est passée de 78 183 fiches (= noms) à 81 970. Les dernières modifications datent du 27 mai 2005. De plus, 9 518 fiches n’ont pas été modifiés depuis le 8 octobre 2004, ce qui revient à dire que 72 452 fiches ont été révisées, au moins de manière mineure, entre la version 3 et la version 4.
Par rapport à la version précédente, une série de collaborateurs supplémentaires est à signaler : Errol VELA (Ophrys p.p.) ; Frédéric ANDRIEU ; Henry MICHAUD ; James MOLINA, Jean-Luc TASSET ; Jean-Marc TISON (genres divers) ; Jean-Marie ROYER ; Jean-Pascal MILCENT ; Lucien GUERBY, Michel HOFF (taxons alsaciens) ; Patrick FLOCHE ; Peter A. SCHÄFER ; Philippe JULVE ; Rémy SOUCHE (Orchidaceae) ; Richard PANKHURST (Rosaceae) ; Thierry DELAHAYE et Yorrick FERREZ ; Bruno CORNIER (genre Prunus).
BDNFF version 5 (Ă©tat des lieux 2008)
Les contributeurs du réseau Tela Botanica poursuivent leur amélioration de la BDNFF pour la version 5. Le travail sur l’identification des basionymes et leurs sources bibliographiques se poursuit. Des compléments sont effectués en ce qui concerne les noms rejetés et conservés en mettant à jour les indications de la base par rapport aux données publiées dans le journal « Taxon ». Les publications issues du travail d’Euro+Med ont également été prises en compte avec diverses publications de taxons ou de noms nouveaux ainsi que les noms nouveaux introduits par le MNHN dans TaxRef. L’intégration de la classification d’APG II est également prévue.BDNFF version 5 (1er mars 2010)
[Benoît Bock] Depuis la version 4 de 2004, le travail de mise à jour n’a pas cessé de se poursuivre avec plus ou moins d’intensité selon mes disponibilités qui furent variables durant ces années. Le travail de mise à jour nécessite la recherche des publications taxinomiques et nomenclaturales qui sont éparpillées dans une multitude de revues à diffusion souvent restreinte.Les progrès de la phylogénie moléculaire appliquée au niveau générique puis spécifique ont permis de revoir la nomenclature botanique afin d’obtenir des genres et des familles monophylétiques. Si aujourd’hui, les familles commencent à voir leur nomenclature se stabiliser (cf. APG3), les travaux sur les différents genres et espèces sont en plein essor. C’est pratiquement quotidiennement qu’il faut en tenir compte.
En plus de cette révolution, les points de vue taxonimiques des auteurs diffèrent. Je rappelle qu’un taxon doit avoir un nom nomenclaturalement valide, mais que chaque taxon possède un nom valide à plusieurs rangs taxonimiques et que chaque auteur peut utiliser l’un de ces noms en fonction de son propre point de vue. Et les points de vue peuvent évoluer pour un même auteur. C’est le cas par exemple des Cyperaceae qui ne sont pas traités de la même manière dans la Flore Méditerranéenne (à paraître) et dans la Flore de France (à paraître) alors que la famille est rédigée au moins en partie par le même auteur. La BDNFF n’est pas seulement une base de données nomenclaturale puisqu’elle prend en compte le sens des taxons interprétés différemment selon les auteurs (sensu auct1, auct2,…) dans diverses flores, mais propose aussi une unique vision taxonimique. Nous avons privilégié dans la majorité des cas un point de vue éclaté qui pourra davantage convenir à l’ensemble des botanistes : les experts pourront détailler leur détermination jusqu’au rang variétal et les débutants pourront se contenter du rang spécifique.
Le travail est colossal et est loin d’être achevé car beaucoup de groupes sont encore à revoir. Par exemple, un noyau de spécialistes travaille actuellement sur les Rubus de France. Nous attendons les résultats de leur étude pour les transcrire dans la BDNFF.
Bilan par rapport à la BDNFF version 4 en quelques chiffres :
- près de 12000 fiches supplémentaires
- La Version 5 comprend plus de 90 000 fiches au total
- Près de 12700 fiches modifiées rien que depuis le 1er septembre 2009 (sans tenir compte des fiches rajoutées).
- chaque taxon retenu possède une fiche de rang supérieur au rang spécifique, générique et de la famille.
- des ouvrages monumentaux comme « Les Ombellifères de France » ont été dépouillés ainsi qu’une grande partie de la future Flore méditerranéenne.
De nombreux spécialistes ont participé à ce travail :
Alain DOBIGNARD ; Alain ROYAUD ; Benoit BINSON (Eucalyptus), Bernard HILL ; Bruno CORNIER (Sorbus) ; Camille GRANGER ; Christian COULOMB (Sideritis) ; Christian LAHONDERE (Salicornia, Limonium) ; Christophe BONNET ; Daniel MATHIEU (et l’équipe de Tela Botanica) ; Eric BRUNOT (Pinus) ; Eric SCHMIDT (Paeonia) ; Errol VELA (Serapias, Ophrys p.p.) ; Frédéric ANDRIEU; Gérard DUMONT (Crassulaceae) ; Guy-Georges GUITTONNEAU (Geraniaceae) ; Henry MICHAUD; James MOLINA, Jean-François LEGER ; Jean-Luc TASSET; Jean-Marc LEWIN ; Jean-Marc TISON; Jean-Marie ROYER; Jean-Pascal MILCENT; Jean-Pierre REDURON (Apiaceae) ; Marc ESPEUT (Violaceae) ; Michel BOUDRIE (Ptéridophytes) ; Lucien GUERBY, Michel HOFF (taxons alsaciens); Pascal VIGNERON (Amaryllidaceae) ; Pierre-Michel BLAIS (Orchidaceae); Patrick FLOCHE; Patrick GATIGNOL ; Peter A.SCHÄFER; Philippe JULVE ; Raymond JEAN (Onagraceae) ; Rémy PRELLI (Ptéridophytes) ; Rémy SOUCHE (Orchidaceae); Richard PANKHURST (Rosaceae); Robert PORTAL (Festuca, Bromus, Eragrostis, Poa, Agrostis) ; Roger CRUON ; Thierry DELAHAYE; Valéry MALECOT (Caprifoliaceae), Yorrick FERREZ, …
Ainsi que de nombreux utilisateurs d’eflore qui ont ponctuellement apporter des améliorations grâce à leur remarque.
Les modifications portent sur :
- le rajout de synonymes nouveaux aux taxons déjà présents
- le rajout de nouveaux taxons issus de travaux taxinomiques récents ou correspondant à des taxons historiquement mentionnés en France ou encore correspondant à des plantes fréquemment cultivées pour l’ornement.
- la modification du nom retenu
- des compléments d’information ou des corrections dans les abréviations des noms d’auteurs et des sources bibliographiques ou de l’indication des basionymes.
- le rajout de taxons de rang inférieur (division de taxon existant)
- dans quelques cas certains taxons ont disparu suite à des regroupements (aucune fiche n’a été supprimée).
N° taxonomiques disparus par suite de fusion avec d’autres :
8302 / 8616 / 6733 / 3879 / 2067 / 2077 / 3537 / 10187 / 12781 / 5402 / 12827 / 1127 / 15000 / 30134 / 30258 / 30542 / 30766 / 31004 / 31162 / 31411 / 32285 / 32327
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