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Names are what most people use to refer to different types of organisms. We use names, both formal scientific names as well as common names to make reference to both general groups (such as "fish" or "Perciformes") as well as more specific biological units ("bluefish" or "Pomatomus saltatrix").
Names change for a number of reasons. New evolutionary insights may cause an expert to move a species to a different genus, resulting in a new bionomial name combination. For example, Hughes in 1893 described a new bacterial species, Streptococcus melitensis. Later in the same year Bruce moved it to a different genus to create Microcossus melitensis, and in 1920 Meyer and Shaw moved it to Brucella to create Brucella melitensis.
Experts may determine that two species once thought to be different are really the same. Today, for example, the bacterium Brucella canis Carmichel & Bruner 1968 is considered to be indistinguishable from Brucella melitensis (Hughes 1893) and the older name is now considered invalid. This sort of movement results in approximately 1% of scientific names become invalid per decade (Froese, Capuli, et. al). The trouble, from an information retrieval standpoint, is that all of these names still remain attached to content.
The use of names as search metadata, especially in natural science digitization initiatives with their longer historical perspective, has been impeded by the instability of names. The difficulties are further compounded by a widespread reliance on vernacular names for which no codes of nomenclature exist to prevent duplication and ambiguity. The possibility of search and indexing exercises giving false negative returns on name-based queries is very high and increases with the age of the source material. The results can be that expensive and well-crafted information delivery systems are rendered ineffective due to the lack of a contemporary context to a name or a simple mismatch between two different but legitimate name strings. This problem can be overcome if services can emulate taxonomists by mapping alternative names and organizational structures against each other.
Euzeby, List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature, [http://www.bacterio.cict.fr/]
Froese, R., E. Capuli and M.C. Rañola. 2000. Challenges to taxonomic information management: how to deal with changes in scientific names. p. 3-10 In Hideyuki Shimizu (ed.) Global environmental researches on biological and ecological aspects. Center for Global Environmental Research, Tsukuba, Japan, 84 p.
Godfray CHJ. 2002. Challenges for taxonomy Nature 417, 17 – 19
Stein L. 2002. Creating a bioinformatics nation. Nature, 417: 119-120.
Les noms changent pour un certain nombre de raisons. De nouvelles données au sujet de l'évolution du groupe peuvent entraîner les experts à changer une espèce d'un genre à un autre. Ceci conduit à une nouvelle combinaison du nom binomial. Par exemple, Hughes en 1893 a décrit une nouvelle espèce de bactérie, Streptococcus melitensis. Plus tard, la même année, Bruce a changer cette espèce de genre et créa Microcossus melitensis, et en 1920 Meyer et Shaw l'ont placé dans le genre Brucella créant Brucella melitensis.
Les experts peuvent déterminer que deux espèces considérées comme différentes sont en réalité la même espèce. Aujourd'hui, par exemple, la bactérie Brucella canis Carmichel & Bruner 1968 est considéré être indifférenciable de Brucella melitensis (Hughes 1893) et le nom le plus vieux est considéré invalide. Ces changements entraînent qu'environ 1% des noms scientifiques deviennent invalide par décade (Froese, et. al., 2000). Le problème d'un point de vue de recherche d'information est que les informations ne peuvent être dissociées des noms.
L'utilisation des noms dans une base de recherche de métadonnées, particulièrement dans les initiatives de digitalisation en science naturelle qui ont des perspectives à long terme, est ralentie et alourdie par l'instabilité des noms. Les difficultés sont de plus composées par l'utilisation répandue des noms vernaculaires pour lesquels aucun code de nomenclature existe pour empêcher leur duplication ou leur ambiguïté. La possibilité de recherche et d'indexation basées sur les noms donne un nombre de réponses incorrectes très élevées qui augmentent avec l'age du matériel source. Les causes sont que l'enrichissement des bases d'informations précises, labelisée et bien définies deviennent inefficaces dû à un manque de mise à jour des noms ou encore à une inadéquation entre le nom légitime et son synonyme. Ce problème peut être résolu si un outil peut remplacer un travail de recherche taxonomique en donnant les noms alternatifs et la relation d'organisation taxonomique qu'ils ont entre-eux.
Euzeby, List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature, [http://www.bacterio.cict.fr/]
Froese, R., E. Capuli and M.C. Rañola. 2000. Challenges to taxonomic information management: how to deal with changes in scientific names. p. 3-10 In Hideyuki Shimizu (ed.) Global environmental researches on biological and ecological aspects. Center for Global Environmental Research, Tsukuba, Japan, 84 p.
Godfray CHJ. 2002. Challenges for taxonomy Nature 417, 17 – 19
Stein L. 2002. Creating a bioinformatics nation. Nature, 417: 119-120.
Un taxon peut avoir plusieurs noms - A taxon may have many names
Names are what most people use to refer to different types of organisms. We use names, both formal scientific names as well as common names to make reference to both general groups (such as "fish" or "Perciformes") as well as more specific biological units ("bluefish" or "Pomatomus saltatrix").
Names change for a number of reasons. New evolutionary insights may cause an expert to move a species to a different genus, resulting in a new bionomial name combination. For example, Hughes in 1893 described a new bacterial species, Streptococcus melitensis. Later in the same year Bruce moved it to a different genus to create Microcossus melitensis, and in 1920 Meyer and Shaw moved it to Brucella to create Brucella melitensis.
Experts may determine that two species once thought to be different are really the same. Today, for example, the bacterium Brucella canis Carmichel & Bruner 1968 is considered to be indistinguishable from Brucella melitensis (Hughes 1893) and the older name is now considered invalid. This sort of movement results in approximately 1% of scientific names become invalid per decade (Froese, Capuli, et. al). The trouble, from an information retrieval standpoint, is that all of these names still remain attached to content.
The use of names as search metadata, especially in natural science digitization initiatives with their longer historical perspective, has been impeded by the instability of names. The difficulties are further compounded by a widespread reliance on vernacular names for which no codes of nomenclature exist to prevent duplication and ambiguity. The possibility of search and indexing exercises giving false negative returns on name-based queries is very high and increases with the age of the source material. The results can be that expensive and well-crafted information delivery systems are rendered ineffective due to the lack of a contemporary context to a name or a simple mismatch between two different but legitimate name strings. This problem can be overcome if services can emulate taxonomists by mapping alternative names and organizational structures against each other.
References:
Agosti, D. Johnson, NF 2002. Taxonomists need better access to published data. Nature 417, 222Euzeby, List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature, [http://www.bacterio.cict.fr/]
Froese, R., E. Capuli and M.C. Rañola. 2000. Challenges to taxonomic information management: how to deal with changes in scientific names. p. 3-10 In Hideyuki Shimizu (ed.) Global environmental researches on biological and ecological aspects. Center for Global Environmental Research, Tsukuba, Japan, 84 p.
Godfray CHJ. 2002. Challenges for taxonomy Nature 417, 17 – 19
Stein L. 2002. Creating a bioinformatics nation. Nature, 417: 119-120.
Un taxon peut avoir plusieurs noms.
Les noms sont ce que la plupart des gens utilisent pour se référer à différents types d'organismes. Nous utilisons les noms, aussi bien les noms scientifique formels que les noms vulgarisés pour se référer à la fois à des groupes généraux (tels que "poisson" ou "Perciformes") que pour des unités biologiques spécifiques ("poisson bleu" ou "Pomatomus saltatrix").Les noms changent pour un certain nombre de raisons. De nouvelles données au sujet de l'évolution du groupe peuvent entraîner les experts à changer une espèce d'un genre à un autre. Ceci conduit à une nouvelle combinaison du nom binomial. Par exemple, Hughes en 1893 a décrit une nouvelle espèce de bactérie, Streptococcus melitensis. Plus tard, la même année, Bruce a changer cette espèce de genre et créa Microcossus melitensis, et en 1920 Meyer et Shaw l'ont placé dans le genre Brucella créant Brucella melitensis.
Les experts peuvent déterminer que deux espèces considérées comme différentes sont en réalité la même espèce. Aujourd'hui, par exemple, la bactérie Brucella canis Carmichel & Bruner 1968 est considéré être indifférenciable de Brucella melitensis (Hughes 1893) et le nom le plus vieux est considéré invalide. Ces changements entraînent qu'environ 1% des noms scientifiques deviennent invalide par décade (Froese, et. al., 2000). Le problème d'un point de vue de recherche d'information est que les informations ne peuvent être dissociées des noms.
L'utilisation des noms dans une base de recherche de métadonnées, particulièrement dans les initiatives de digitalisation en science naturelle qui ont des perspectives à long terme, est ralentie et alourdie par l'instabilité des noms. Les difficultés sont de plus composées par l'utilisation répandue des noms vernaculaires pour lesquels aucun code de nomenclature existe pour empêcher leur duplication ou leur ambiguïté. La possibilité de recherche et d'indexation basées sur les noms donne un nombre de réponses incorrectes très élevées qui augmentent avec l'age du matériel source. Les causes sont que l'enrichissement des bases d'informations précises, labelisée et bien définies deviennent inefficaces dû à un manque de mise à jour des noms ou encore à une inadéquation entre le nom légitime et son synonyme. Ce problème peut être résolu si un outil peut remplacer un travail de recherche taxonomique en donnant les noms alternatifs et la relation d'organisation taxonomique qu'ils ont entre-eux.
Références:
Agosti, D. Johnson, NF 2002. Taxonomists need better access to published data. Nature 417, 222Euzeby, List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature, [http://www.bacterio.cict.fr/]
Froese, R., E. Capuli and M.C. Rañola. 2000. Challenges to taxonomic information management: how to deal with changes in scientific names. p. 3-10 In Hideyuki Shimizu (ed.) Global environmental researches on biological and ecological aspects. Center for Global Environmental Research, Tsukuba, Japan, 84 p.
Godfray CHJ. 2002. Challenges for taxonomy Nature 417, 17 – 19
Stein L. 2002. Creating a bioinformatics nation. Nature, 417: 119-120.